Хуана без съмнение е невротизирана и много напрегната жена, но тези нейни предразположения явно са максимално използвани от жадния ѝ за власт баща и от нейния неверен и нехаещ за достойнството ѝ съпруг.
Независимо от душевния ѝ смут, тя продължава да отстоява правото си да управлява наследеното от майка си кралство, но се колебае кого да привлече за съвместно царуване — дали съпруга или баща си. Двамата мъже, които не престават да твърдят, че Хуана е луда, започват да се отчуждават един от друг. Тя пък, от страх, че мъжът ѝ ще я постави под домашен арест в град Когесес, „скача от седлото и се хвърля на земята… отказва да прекрачи градските порти и прекарва нощта, яхнала едно муле, яздейки насам-натам до зори.“ По-късно, когато пристигат в Бургос, съпругът ѝ Филип тежко заболява от вариола или морбили и на 25 септември 1506 г. умира. Хуана, която всеотдайно се грижи за болния си съпруг и „никога не го оставя сам — ни денем, ни нощем“, е смазана от скръб. Тя напуска Бургос в края на декември същата година с намерението да погребе покойния си съпруг в далечна Гранада, където почива майка ѝ Изабела. Пътьом тя на два пъти се отбива в картузианския манастир „Мирафлорес“, като нарежда ковчегът да бъде отворен в нейно присъствие. „Тя гледаше и докосваше тялото без никакъв признак на вълнение и не пророни нито една сълза“, твърдят очевидци. Предполага се, че Хуана прави това от страх да не би фламандците тайно да отнесат тленните останки на Филип в Нидерландия, тъй като сърцето му вече е балсамирано и пренесено именно там. Кралицата никога не достига целта на безрадостното си пътуване — когато пристигат в Торкемада, тя усеща родилни болки и е принудена да спре; дъщеря ѝ Катерина се ражда там на 14 януари 1507 г.
По онова време бащата на Хуана — Фернандо, се намира в италианските си владения и там научава за кончината на своя зет, което, разбира се, не го натъжава. Той заповядва на кастилците да се подчиняват на Хуана, но съвсем открито показва, че няма намерение да я допусне до реално държавно управление. Когато по-късно се завръща в Испания, той без особено желание я убеждава да го придружи до Тордесиляс — на около тридесет и шест километра от Валядолид. Този укрепен град ще стане неин дом — ако въобще може да се нарече място за живеене — за следващите четиридесет и шест години от живота ѝ. Когато разбира, че е затворена там по заповед на собствения си баща, Хуана изпада в дълбока депресия. Най-накрая съпругът ѝ е погребан в двора на близкия манастир „Санта Клара“, който затворената кралица може с тъга да наблюдава само от прозореца си. Постепенно тя затъва все по-дълбоко в своята меланхолия. „Кралицата не може нито да се храни, нито да спи; тя не се облича подобаващо и изглежда крайно изтощена и объркана… Заради начина ѝ на живот и нейното облекло — толкова жалко и неподобаващо на кралското ѝ достойнство, а и защото ежедневието ѝ беше толкова ограничено, едва ли щеше да преживее още дълго време“ — се съобщава през ноември 1510 г.
Но тя оцелява, затваряйки се в безвремието на своята наранена психика. Баща ѝ Фернандо управлява Кастилия от нейно име. Той се оженва втори път за една френска принцеса — Жермен дьо Фоа, с надеждата да се сдобие с наследник, но техният син, роден през 1509 г., не оцелява. А що се отнася до билковата отвара с екстракт от тестиси на бик, която му приготвят за укрепване на половата му потентност, не само не му помага, но го разболява. Фернандо и неговата нова съпруга посещават Хуана през януари 1513 г. Три години по-късно баща ѝ умира, оставяйки своите владения във властта на най-големия ѝ син Карлос. „Аз самата съм кралица, а синът ми Карлос не е нищо повече от принц“ — възмущава се Хуана, но никой не ѝ обръща внимание, защото Карлос няма никакво намерение да се откаже от престола. Новият владетел не е виждал майка си от дете и когато най-сетне се решава да я удостои с вниманието си, е шокиран от изтощението, което издава нейната външност и от дрипавото ѝ облекло. Той все пак отбелязва потискащата атмосфера в замъка на Тордесиляс и предлага на сестра си Катерина, която живее с майка им от рождението си, да се премести да живее другаде. Това докарва Хуана до истерия.
Изолирана от външния свят, Хуана е държана в пълно неведение за всичко, което се случва. Освен това е поставена под постоянно наблюдение и не ѝ разрешават дори да ходи на служба в манастира „Санта Клара“. „По един или друг начин — пише нейният пазач, маркиз Де Дения — и занапред ще възпрепятствам нейното излизане извън замъка и независимо че понякога е трудно да бъдат намерени смислени оправдания за действията ми, аз все пак ще измислям нещо, за да спазвам приличие.“ Умопомрачената жена губи апетит, напълно занемарява облеклото си, невинаги си ляга да спи и онова, което според Дения е най-тревожният симптом — без желание посещава дори църковните служби.