При други обстоятелства, но по същите причини, правнукът на Хуана — дон Карлос, също е лишен от властта, която му се полага и която очаква да получи като престолонаследник на испанската империя. Но историята на дон Карлос е много по-различна от тази на прабаба му и поради това привлича вниманието както на неговите съвременници, така и на следващите поколения. Тя става неразделна част от така наречената Черна легенда (leyenda nigra), чрез която неговите противници се опитват да очернят името на бащата на дон Карлос — крал Фелипе II, за който се пускат слухове, че е тираничен крал, чийто син става жертва на неговата нетолерантност и гняв. Романистите и драматурзите са силно привлечени от темата. В своята драма „Фелипе ІІ“ Алфиери използва конфликта между баща и син — дон Фелипе и дон Карлос, за да изобрази борбата между доброто и злото, силите на мрака и на светлината, между идеите на либерализма, които той вижда — макар че греши — въплътени в образа на дон Карлос, и тези на деспотизма, представлявани от Фелипе II. Шилеровият „Дон Карлос“ — звучащ по-задълбочено със своите трагически полутонове — представя Карлос като привърженик на либералния протестантизъм и безнадеждно влюбен в своята красива и възвишена мащеха, Елизабет дьо Валоа, третата съпруга на Фелипе II. Тяхната жертва — защото в пиесата и двамата са екзекутирани по заповед на жестокия владетел — е представена като жертва в името на любовта и свободата.
Реалността обаче е далеч по-прозаична и въпреки това не е по-малко драматична, защото краткият живот на дон Карлос е сякаш илюстрация на това как един от най-богатите и могъщи принцове може да преживее лична трагедия, с дълбок политически и обществен отзвук. Кралица Хуана е лишена от възможността да упражнява кралската си власт. Дон Карлос пък никога не става крал, но през целия си живот е престолонаследник на най-голямата и богата империя на света. Хуана е поставена под домашен арест в Тордесиляс, за да бъде сигурно, че никога няма да бъде истинска кралица, а животът на дон Карлос завършва трагично, защото един ден би могъл да стане крал.
Дон Карлос вероятно никога не е бил напълно умопомрачен, но очевидно още от рождение страда от сериозно психическо разстройство. Това състояние се задълбочава от един инцидент през 1562 г., при който той наранява главата си. Не можем да бъдем напълно сигурни, но е възможно Карлос да е наследил предразположението си към психическа неустойчивост от неговата прабаба Хуана Лудата посредством нейния син, император Карл V (крал Карлос I Испански), макар че внукът ѝ Фелипе II, който е баща на дон Карлос, не проявява никакви признаци на умопомрачение. Така или иначе, наследствеността в този случай не може напълно да се изключи. Майката и бабата на Карлос са португалски принцеси, в чиито семейства от време на време е имало прояви на лудост. Все пак по-убедително е предположението, че неговата лудост се дължи на органично увреждане. Възможно е също така, макар и малко вероятно, Карлос да е бил аутист като дете. Много по-вероятно е, въпреки че сведенията за това също са крайно оскъдни, мозъкът на Карлос да е пострадал при неговото раждане. Знае се, че раждането му е било трудно и е помагала неопитна акушерка (тъй като придворните дами на кралицата отсъстват заради едно аутодафе). Майката на Карлос — Мария Португалска, умира четири дни след раждането на принца. Макар че не разполагаме с преки доказателства за неговото мозъчно увреждане вследствие от раждането, моделът на поведението му и като малко дете, и когато пораства, отговаря много точно на критериите, характерни за хора, пострадали от мозъчно увреждане, обикновено като следствие от недостиг на кислород и кръвна захар по време на раждането. При такива случаи се засягат някои функционално свързани невронни структури на мозъка, които имат отношение към емоциите, и ако обстоятелствата го допуснат, се стига до безумни прояви на насилие и ирационалност. Детето с такова увреждане обикновено проявява „импулсивна хиперактивност и съпротива срещу опитите за социален контрол“, освен това то проявява „безразборна агресивност и импулсивно насилие“, отказва да си учи уроците и има безразсъдно поведение. Макар да е напълно спекулативна, тази хипотеза все пак помага да бъдат обяснени някои от ексцентричните черти в характера на дон Карлос, ясно различими още от най-ранната му възраст. При него психическата нестабилност и физическата уязвимост вървят ръка за ръка, в резултат на което израства един нещастен млад човек, чиито характер и действия създават големи проблеми както за баща му, така и за цялата империя.