Жажда мести д'Эсте еще не была утолена. Оставалось казнить Джулио и Ферранте. 12 августа во дворе замка в присутствии государя, именитых граждан и магистратов два одноглазых брата, закованных в цепи, были доставлены к подножию эшафота. Однако, вопреки ожиданиям, Альфонсо подал знак и милостиво простил виновных, выбрав им иное наказание: пожизненное заключение в темницах Кастель Веккьо. С этих пор, кажется, никто из членов семьи больше не волновался о их судьбе. Спустя несколько недель после процесса, не беспокоясь о том, что поблизости находится Львиная башня, где томятся ее братья, Изабелла Мантуанская приезжает в Феррару, чтобы танцевать, петь, играть комедию, в которой речь идет о нежной и робкой любви.
Тридцать четыре года спустя смерть принесла освобождение Ферранте. Что касается Джулио, то он был освобожден в 1559 году, пробыв в заключении более пятидесяти трех лет. И освободил его внук Лукреции, Альфонсо II, по просьбе своей матери Рене Французской. Когда он вышел из тюрьмы, феррарцев больше всего изумило то, как он был одет. Одежда на нем была с того времени, когда его заключили в тюрьму. Все увидели, что за полвека под влиянием Карла V и испанцев итальянская мода сильно изменилась.
Приговор, вынесенный двум братьям, не положил конец трагедиям и насилию. Юлий II, придя к власти, нападал на феодалов, которым удалось ускользнуть от Чезаре Борджа. В качестве вассала Церкви Альфонсо д'Эсте должен был оказать понтифику поддержку своими войсками. Он не сделал этого, в отличие от Гвидубальдо Урбинского и Франческо Мантуанского, связанных с семьей делла Ровере. 13 сентября Бальони сдались без битвы и вручили ключи от Перуджи Юлию II, который два месяца спустя триумфально вошел в Болонью. Людовик XII заверил его в своей покорности и предложил ему войска и пушки, чтобы покорить город. Так Бентивольо-Джованни, его жена Джиневра и их дети были изгнаны, и д'Эсте, вынужденные теперь войти в Папскую Лигу, не могли, под угрозой отлучения от Церкви, проявлять теплые чувства к изгнанному семейству. Альфонсо пришлось отказать в гостеприимстве своей сестре Лукреции д'Эсте Бентивольо и ее пяти дочерям. То, что болонцы охотно приняли папу, тревожило феррарских правителей, тем более что это еще больше укрепляло позиции Юлия II в его захватнических планах, к несчастью, весьма похожих на планы Чезаре Борджа четырехлетней давности.
26 ноября Лукреция узнала о побеге герцога Романьи. Двумя месяцами ранее умер король Кастилии Филипп Красивый, зять Изабеллы. Чезаре счел, что момент выдался благоприятный, и при помощи графа Бенавенте, главы партии сторонников Филиппа Красивого, он смог бежать из своего заточения, воспользовавшись канатом. В конце ноября он уехал в Памплону, столицу Наварры, где правил брат его супруги Шарлотты. Согласно хроникам, он «примчался туда, как демон». Сразу по приезде он начал писать Франческо Гонзага, еще сохранившему остатки верности семье Борджа, чтобы уведомить его о своем побеге. В послании, отправленном со вторым гонцом, он давал Ипполито, хранителю его собственности и движимого имущества, поручение собрать то, что еще оставалось от его состояния. 28 декабря Лукреция, в свою очередь, приняла посланника Чезаре, однако тот был арестован по приказу Юлия П. Тщетно уверяла она, что гонец прибыл лишь для того, чтобы сообщить ей новости об освобождении брата, и что он ничего не собирался предпринимать против святого отца, но тот был убежден в обратном. Вне стен Медина дель Кампо Валентинуа его тревожил, находясь в Наварре, он был опасен. Народ Романьи, похоже, предпочитал его тиранию тирании Церкви.