Александр VI не отказался от идеи, что его второй сын Хуан Гандийский должен пойти по доблестным стопам своего покойного сводного брата, и, поскольку он опасается, как бы Фердинанд Католический (Арагонский) не лишил его владений, а также зная, что армия Папского государства нуждается в главнокомандующем, он призывает его в Ватикан. Хуан бросает в Валенсии свою беременную жену и первого ребенка Хуана II, третьего герцога Гандийского, который станет отцом святого Франческо Борджа, советника Карла V, вице-короля Каталонии, а затем генералом ордена иезуитов.
В совершенстве владея искусством организовывать торжественные процессии, папа отправляет Чезаре и Лукрецию встретить брата у ворот Портезе, чтобы препроводить его в папский дворец, где он должен разместиться. Рыжая лошадь Хуана сверкает золотой сбруей с серебряными колокольчиками, на герцоге темное одеяние, рукава которого расшиты драгоценными камнями, на голове его бархатная шляпа, отделанная жемчугом. «Этот принц-комедиант с головы до ног увешан драгоценностями», — насмешливо сообщает Бурхард. Римляне ошеломлены, хотя давно уже знают толк в роскоши.
За исключением донны Марии, все родные Лукреции живут неподалеку от ее дворца: герцог Гандийский — в Ватикане, Гоффредо и Санча — у кардинала д'Алериа. Хотя муж Лукреции по-прежнему постоянно находится в Пезаро, она участвует во всех праздниках, кавалькадах, боях быков на площади Святого Петра, маскарадах на Кампо деи Фьори, где несколько прелатов, сидя верхом на арабских лошадях и одевшись в венгерские костюмы, изображают настоящий поединок, размахивая кривыми турецкими саблями.
В хрониках того времени, повествующих о подобных развлечениях, нет ни намека на скандал и никакой критики по поводу личной жизни Лукреции. Она дружна с Санчей, которая настолько почувствовала себя членом семьи, что стала сначала любовницей Чезаре, а затем — герцога Гандийского и, таким образом, приходилась теперь трижды невесткой папе; и все же дочери Александра VI удалось сохранить благоразумие. Лукреция всегда находилась под пристальным вниманием современников, и если они ничего о ней не говорили, значит, им действительно еще нечего было сказать.
Пока Гоффредо продолжает свою испанскую карьеру, а Чезаре шаг за шагом поднимается по ступенькам церковной иерархии, Хуан, «правая рука папы», по всеобщему мнению, призван обеспечить величие дома Борджа.
Объявив о лишении прав римских баронов, сопротивлявшихся укреплению власти Ватикана, и конфисковав их земли, Александр VI объявляет Гоффредо гонфалоньером Церкви, то есть главнокомандующим армией Его Святейшества, и ставит перед ним задачу: уничтожение семейства Орсини. Однако поскольку он не полагается полностью на его полководческий талант, то дает ему в помощники Гвидубальдо, герцога Урбино.
Началу кампании сопутствует успех. У Орсини отняты десять замков, однако возникают трудности с осадой крепости Браччано, которую защищает супружеская пара Альвиано и Бартоломеа Орсини; наделенные воинскими талантами, они доблестно отбивают атаки Борджа и не отказывают себе в удовольствии отправить ему осла с табличкой, гласящей: «Разрешите пройти, я посланник к герцогу Гандийскому»; под хвостом животного привязано шутовское письмо. Неслыханная наглость: Орсини удается продвинуть свои войска до самых окрестностей Рима, и Чезаре, охотившийся возле Тре-Фонтане, чудом ускользает от них. Это полное поражение. Папские воины снимают осаду и вскоре натыкаются на Вителлоццо — знаменитого кондотьера, который 25 января 1497 года одерживает над ними победу, ошеломившую всех. Герцог Урбинский Гвидубальдо, который должен был поддержать Хуана, захвачен в плен. Раненому герцогу удается скрыться бегством. Он возвратится в Ватикан, где сначала на него обрушится гнев отца, а потом он получит во владение имения Беневенте, Террачино и Понте-Корво с правом наследования. Странное поведение папы, наградившего сына за поражение, будет иметь для семьи Борджа самые серьезные последствия.
С мая по декабрь 1496 года Александру VI не удалось убедить Джованни Сфорца приехать к Лукреции в Рим, но папа по-прежнему считает, что тот находится у него на службе. После напрасных просьб присоединить войска Сфорца к войскам Хуана против Орсини 5 января папа предписывает ему вернуться в Рим. Лукреция вновь обретает своего странного супруга — обычную пешку, поставленную ее отцом на шахматную доску политики.