В сопровождении всего лишь нескольких дам и небольшого эскорта надежных слуг она едет верхом к цирку Максима, проезжает мимо дворца Септимия Севера, затем направляется к развалинам Терм Каракаллы. Напротив остатков этих сооружений эпохи Римской империи находится доминиканский монастырь Сан-Систо, его колокольня возвышается среди приморских сосен и пышной растительности. В этом оазисе тишины и покоя, предназначенном для девушек из благородных семейств, отказавшихся от мирской жизни, дочь Александра надеется вновь обрести душевное равновесие и безмятежность.
Лукреция просит у матери-настоятельницы не пропускать к ней никого, включая папу, и с огромным облегчением входит в свою келью, где стены выбелены известью, где стоит кровать со столбиками, накрытая покрывалом из белого полотна, а пол, выложенный шестиугольной терракотовой плиткой, застлан циновкой из конопли. Монашеская бедность очищает ее от роскоши, лжи, интриг и слухов, эхо которых разбивается о стены Сан-Систо. Здесь она чувствует себя в гораздо большей безопасности, чем в самой неприступной крепости.
Уже к полудню римляне увлеченно строят предположения о ее бегстве. По их мнению, Лукреция захотела вырваться из-под влияния отца и брата. По мнению других, будучи женщиной набожной и устав от придворной жизни, она решила посвятить себя Богу. Две недели спустя Донато Аретино пишет кардиналу Ипполите д'Эсте о своих подозрениях относительно подлинных намерений Лукреции: «Некоторые говорят, что она хочет стать монахиней, тогда как другие рассказывают такое, о чем нельзя поведать в письме». Когда Асканио Сфорца спрашивает у папы римского о причине этого заточения, Александр VI отвечает, что он лично велел своей дочери уединиться в Сан-Систо, «поскольку это место весьма почтенное». Что не мешает ему 12 июня отправить отряд вооруженных людей, чтобы уговорами или силой вернуть беглянку. Сестра-привратница вовремя успевает опустить решетки. И если бы не вмешательство и авторитет настоятельницы Джироламы Пики, солдаты осквернили бы обитель.
Довольно было приезда Лукреции, чтобы нарушить спокойное течение повседневной жизни монастыря, а «когда папа прислал вооруженных людей, чтобы увезти ее, — пишет Каттанео, — многие сестры попадали в обморок». В свою очередь, не ставя в известность отца, Чезаре безуспешно предпринимает такую же попытку, но настоятельница, по совету Лукреции, потребовала у него папскую печать, которую он не смог предъявить. После этого поражения усилилась ненависть Чезаре к брату Хуану Гандийскому, виновному, по его мнению, в добровольном заточении Лукреции. У него начинает проявляться почти болезненная ревность по отношению к сестре, о чем Лукреция пока не догадывается или делает вид, что не догадывается. Впрочем, разве он не выбрал в любовницы куртизанку — знаменитую Фьяметту, по слухам, очень похожую на дочь папы?