За происходящим пристально следили король, епископ-канцлер и горожане. Как-то раз студенческая потасовка у некоего кабатчика, прихожанина церкви Сен-Марсель в одноименном предместье, переросла в более серьезное столкновение: королевские сержанты и лучники (полиция того времени), применив силу при наведении порядка, ранили и убили нескольких студентов, что послужило началом острого конфликта между университетом и горожанами и королевской властью в лице Бланки Кастильской, которая, пользуясь поддержкой папского легата, была весьма строга к студентам. Занятия прекратились, началась забастовка — первая известная нам настоящая забастовка в Западной Европе. Как уже случалось, дело дошло до раскола: преподаватели и студенты ушли в другой город, однако прежде такие события не были связаны с прекращением всех занятий, — это тот случай, когда многие государи и города узнали на собственном опыте, что такое подлинная утечка мозгов интеллектуальной парижской элиты. Английский король пытался привлечь парижан в недавно открывшийся Оксфордский университет, а граф Бретонский мечтал основать при их содействии университет в Нанте. Тулузские власти надеялись с помощью парижан наладить работу университета, открыть который только что поклялся Раймунд VII, обещая позволить комментировать книги Аристотеля, запрещенные в Париже. Однако большинство диссидентов хотело вернуться в Париж, где имелись прекрасные условия для жизни и получения образования, — зарождающаяся университетская власть нуждалась в поддержке со стороны парижских властей. Поэтому большинство перебралось в Орлеан и в Анжер.
Впрочем, на улаживание конфликта ушло два года. Каждая из сторон настаивала на своем: университет хотел иметь независимость и юридические привилегии; королевская власть — авторитет и право наводить общественный порядок в Париже. Урегулирование началось с вмешательства Григория IX, радеющего о том, чтобы Церковь обрела крупный богословский центр за пределами территорий, непосредственно подвластных императору: он настаивал на переговорах и призывал парижского епископа, папского легата и Бланку Кастильскую начать их.