Оставалось одно щекотливое обстоятельство, и дофин Людовик, который, без сомнения, участвовал вместе с отцом в этом деле, осознал его серьезность. Базельский собор, находившийся под покровительством императора, состоял из множества более или менее признанных «богословов», монахов различных орденов, отобранных неизвестно по какому принципу, каноников, представленных в разном качестве, — то есть людей, провозгласивших самих себя уполномоченными, но среди них было мало кардиналов, епископов и аббатов. Собор уронил себя в глазах многих христиан, особенно в Италии, провозгласив низложение папы Евгения IV — венецианца, законно избранного в 1431 году римским конклавом; затем он провозгласил папой Амедея VIII, герцога Савойского, находившегося тогда в монастыре, который взял себе имя Феликса V. Всего через четверть века после долгожданного окончания Великого западного раскола (Констанцский собор 1415 года), в тот момент, когда папство, вернувшееся в Рим, силилось утвердиться приличествующим образом и поддержать единство Церкви в городе-зачинщике беспорядков и интриг, такие нападки со стороны людей из Базеля были плохо восприняты даже в рядах некоторых «галликан».
Карл VII отправил торжественное посольство (1447) в Лозанну к сторонникам Феликса V, чтобы убедить их отказаться от своей затеи. В следующем году другое представительное посольство, возглавляемое архиепископом Реймсским Жаном Ювеналом дез Юрсеном и Жаном Дове, генеральным прокурором Парижского парламента, отправилось в Рим на одиннадцати великолепных судах, нагруженных коврами и тканями, подарками и невероятным количеством съестного, чтобы поздравить и подбодрить нового, только что избранного папу Николая V. Феликс V отрекся в 1449 году, и весь народ в Риме и Италии почел французского короля Карла настоящим ревнителем веры.
Людовик XI пошел еще дальше. Вскоре после своего восшествия на престол, в ноябре 1461 года и в марте 1462 года, он отменил Прагматическую санкцию — вероятно, чтобы проявить в этом отношении, как и во многих других, свое желание перечить отцу, но также и чтобы лишить французских князей присвоенного права назначать своих людей на церковные должности. Его решение, хорошо воспринятое папой, было, разумеется, сильно раскритиковано многочисленными архиепископами и епископами Франции, а еще больше парижским Университетом и палатами Парламента; все они в один голос осуждали короля. Тот слегка уступил и издал один за другим, в 1463 и 1464 годах, ордонансы об исполнении законов галликанской направленности. Но отказался полностью восстановить Прагматическую санкцию 1438 года и остался глух к увещеваниям Парижского парламента, представленным в 1465 году в длинном и объемистом меморандуме из восьмидесяти девяти статей. Наоборот, он запретил в 1467 году то, что до сих пор разрешал, и французская Церковь во многом утратила свободу действий.
Подавляя воинствующее галликанство, выставляя себя врагом «соборных» теорий, он, однако, не собирался подчинить французскую Церковь Риму. Он поддерживал папу в противовес соборам и епископам, но собирался сам распоряжаться Церковью в своем королевстве и не упустил ни одного случая показать это на словах и на деле. Он больше всех своих предшественников вмешивался в назначения, сообщая о своем выборе, навязывая его недвусмысленным образом, без всякого удержу, и пуская в ход все средства, чтобы добиться своей цели. Он говорил, что речь идет о безопасности страны и о поддержании общественного порядка, так как опасно назначать епископом человека, связанного с врагом через отношения родства или подданства. При таком подходе завоевание новых территорий должно было вызвать многочисленные отставки. Следуя политике «францизации» и более тесного присоединения новых провинций к владениям короны, он потребовал от папы весной 1477 года восстановить в должности аббата Турнюса Франсуа Савойского, брата королевы Шарлотты, некогда смещенного герцогом Бургундским, который заменил его Жаном де Тулонжоном. Но король ничего не добился: Сикст IV подтвердил полномочия Тулонжона.
7 января 1478 года кафедральный капитул Камбре получил приказ принять в епископы Жака Минутоли, уроженца Лукки, епископа Агды (с 1476 года), вместо Иоанна Бургундского. Оставить в Камбре человека, в свое время поставленного там бургундцами, разумеется, было немыслимо: «Поелику мы ни за что на свете не потерпели бы, чтобы держатель сей должности по-прежнему проживал в оном городе Камбре, лучше бы пожрал его огонь, нежели он прожил там хоть день своей жизни». В Руссильоне король отдал аббатство Арль-сюр-Тек племяннику Бофиля де Жюжа, но папа, еще до получения соответствующего уведомления, назначил другого аббата. Чтобы убедить своего господина вмешаться и принудить папу отменить это назначение, Бофиль напомнил, что монахи сами избрали его племянника, а главное — что это аббатство находится на границе с вражескими территориями, так что лучше иметь там надежного человека.