Например, сегодня мы знаем, что гены — единицы наследственности — сделаны из материала, называемого ДНК. Мы знаем много о ДНК и о том, как она работает. Но увидеть, как выглядит ДНК, в подробностях, невозможно, даже в самый мощный микроскоп. Почти все, что мы знаем о ДНК, мы получили косвенным путём, путём разработки моделей и последующей их проверки.
На самом деле, задолго до того как мы услышали о ДНК, учёные уже многое знали о генах, проверяя предсказания моделей. Перенесёмся в девятнадцатый век. Австрийский монах по имени Грегор Мендель в своём монастырском саду проводил эксперименты, скрещивая в больших количествах горох. Он считал число растений, имеющих цветы определённого цвета, или зёрна морщинистые и гладкие, в каждом поколении. Мендель никогда не видел и не касался генов. Все, что он видел, были зёрна или цветы, у которых можно было подсчитывать разные типы, пользуясь собственными глазами. Он разработал модель, которая использовала то, что мы сейчас называем генами (хотя Мендель не называл их так) и он рассчитал, что, если его модель корректна, в каждом эксперименте по скрещиванию должно быть в три раза больше гладких зёрен, чем морщинистых. И именно это он обнаружил, когда их пересчитал. Если опустить детали, дело в том, что гены Менделя были продуктом его воображения: он не мог видеть их ни своими глазами, ни даже в микроскоп. Но он видел гладкие и морщинистые зёрна, и, пересчитывая их, обнаружил косвенное доказательство, что его модель наследственности была хорошим приближением к некой сущности в реальном мире. Позже учёные, работая с другими живыми организмами (плодовыми мушками) вместо гороха, внесли изменения в метод Менделя, чтобы показать, что гены вытянуты в определённом порядке вдоль нитей, названных хромосомами. (У нас, людей, сорок шесть хромосом, а у плодовых мушек восемь). С помощью тестирования моделей оказалось возможным даже выявить точный порядок, в котором гены упорядочены вдоль хромосом. Все это было проделано задолго до того, как мы узнали, что гены состоят из участков ДНК.
Сейчас мы знаем это, и знаем, как конкретно работает молекула ДНК — спасибо Джеймсу Уотсону и Френсису Крику, а также множеству других учёных, работавших после них. Уотсон и Крик не могли видеть ДНК собственными глазами. Они, опять‑таки, делали свои открытия посредством разработки моделей и их опытной проверки. В данном случае, они в буквальном смысле строили металлические и картонные модели, как могла бы выглядеть ДНК, и рассчитывали, какими должны быть некоторые определённые параметры, если модель верна. Предсказания одной из моделей, так называемой модели двойной спирали, в точности соответствовали измерениям, проделанным Розалиндой Франклин и Морисом Вилкинсом при помощи специального инструмента, пр просвечивающего кристаллы очищенной ДНК рентгеновскими лучами. Кроме того, Уотсон и Крик сразу осознали, что их модель структуры ДНК выдаёт в точности такие результаты, какие наблюдал Грегор Мендель в своём монастырском саду.
Итак, следовательно, мы можем прийти к пониманию того, что есть часть реальности, одним из трёх путей. Мы можем обнаружить это непосредственно, используя наши пять чувств; или косвенно, используя те же чувства, усиленные специальными инструментами — такими как телескопы или микроскопы; или ещё более косвенно, создавая модели того, что может быть частью реальности, и затем тестируя эти модели на предмет того, могут ли они успешно предсказать то, что мы видим (или слышим и т. д.), с инструментами или без них. В конечном счёте, все, так или иначе, сводится опять к нашим чувствам.