В то же самое время комиссия Бирилева с тем же упорством, с каким экипаж ледокола боролся за спасение «Апраксина», доказывала, что «Ермак» вообще не приспособлен для полярных плаваний. Тем не менее весной 1900 года Макаров и его сторонники взяли верх.
Было решено, что исследования Арктики на «Ермаке» будут продолжены. Однако опыт прошлых экспедиций показал, что ледокол нуждается в некоторых конструктивных усовершенствованиях. После долгих обсуждений постановили укрепить носовую часть, а также удлинить ее (предполагалось, что так будет легче раскалывать тяжелые ледяные поля). Специальная комиссия утвердила эти предложения. Летом 1900 года «Ермак» вновь пришел в Ньюкасл для соответствующих переделок. Работы потребовали довольно много времени. Только в феврале следующего года ледокол снова прибыл в Кронштадт.
Все это время Макаров оставался на Балтике — он был назначен главным командиром Кронштадтского порта, и его занимали неотложные служебные дела. Однако он непрерывно продолжал заниматься подготовкой новой экспедиции на север. Деятельность эта была самой разнообразной. В частности, Макаров подготовил к печати книгу о первых двух полярных плаваниях «Ермака». Поразительна все-таки работоспособность этого человека! Его новая книга (в двух частях) содержала более 500 страниц, включая рисунки, карты, таблицы и пр. Основную часть текста составили дневниковые записи адмирала, сделанные им во время экспедиций. Но ведь эти записи необходимо было обработать. А потом проделать весь трудоемкий цикл по превращению рукописи в печатный том. К тому же Макарову пришлось издавать книгу без чьей бы то ни было помощи и на свой счет — все соответствующие ведомства не сочли его труд достойным внимания (повторилась история с «Морской тактикой»).
И напрасно — в том нет теперь никаких сомнений. Научный материал экспедиции был представлен широко и полно. Не только своим материалом интересно это сочинение. Дневниковое построение книги дает возможность создать необычайно динамичный и колоритный рассказ о романтике полярного путешествия, содержит множество любопытнейших подробностей, которые может поведать только бывалый очевидец. Например, как охотятся на белых медведей и о том, как медведи, в свою очередь, «охотятся» на тюленей. О повадках полярных птиц, о рыбной ловле и о многом другом.
Весной 1901 года новая книга Макарова вышла из печати тиражом в 2000 экземпляров (каждый экземпляр обошелся автору почти в четыре рубля — сумма затрат набежала изрядная!). Называлась книга — «Ермак» во льдах». Заголовок получился многозначительный, хотя вряд ли сам Макаров преследовал подобную цель (всякие намеки и иносказания были ему чужды). И тем не менее так оно и есть: «Ермак», то есть дело полярных исследований на благо России, оказался затерт льдами — не столько теми, полярными, а тяжеловесными глыбами холодного казенного равнодушия.
Маршрут новой экспедиции был утвержден следующий: надо было пройти мимо северной оконечности Новой Земли и далее через Карское море к устью Енисея и обратно. 16 мая «Ермак» вышел из Кронштадта навстречу полярным льдам.
Плавание с самого начала проходило в неблагоприятных условиях. В двадцатых числах июня ледокол подошел к Новой Земле. Обычно море здесь в такое время года свободно ото льда, на сей же раз ледовая обстановка в этой части Баренцева моря оказалась необыкновенно тяжелой. Чистой воды почти не было, и «Ермак» с трудом прокладывал себе путь вперед. Однако Макаров категорически не желал отступать. Он приказал пробивать лед «с набега». Огромный корабль на полном ходу врезался в льдину. Треск, грохот… «Ермак» продвинулся на 30 метров. Новый удар — продвижение метров на 6, не больше. Еще удар — и продвижения вперед почти нет… Позднее Макаров так объяснял причину этого явления: «Лед, который изломан, обращается в песок или ворох снега и образует подушку. Вся сила удара тратится на преодоление трения об эту подушку и на ее деформацию, и когда нос приблизится к сплошному льду, то запасы силы уже почти не остается».
Что только не предпринимал Макаров в своем стремлении прорваться вперед! На лед лили горячую воду. Забивали якорь в лед впереди корабля и подтягивались на канате. Ломали льдины вручную и оттаскивали их в сторону, чтобы повернуть корабль. В этих тяжелых трудах принимала участие вся команда, включая ученых и даже самого адмирала. Но положение с каждым днем становилось хуже, и, наконец, «Ермак», израсходовав огромное количество угля, остановился среди ледяного поля. Всякое продвижение сделалось невозможным.