Правда, название это все больше вытеснялось другим: теперь рыцари ордена предпочитали называть себя «родосскими» в знак того, что они обосновались на острове всерьез и надолго — как показал ход истории, более чем на два столетия. Именно здесь до конца оформилась организационная структура ордена, который сложился в подобие аристократической республики во главе с избиравшимся пожизненно великим магистром. За редким исключением, он выбирался из среды французских рыцарей, преобладавших в ордене. Великий магистр был наделен огромными правами и отчитывался в своих действиях лишь перед римским папой. Единственная область, где его функции несколько ограничивались, — это внесение законодательных изменений в статуты ордена. По существу, на Родосе возникло суверенное государство, в котором права его главы лимитировались решениями капитула — высшего совета орденских иерархов.
В состав капитула входили главы языков, называвшиеся «столпами», заместитель великого магистра — «лейтенант» и епископ. Столпы получали титул «монастырского бальи», поскольку им вменялось в обязанность постоянное проживание в Монастыре, т.е. в основной резиденции ордена, где находился великий магистр и часть братства, несущая регулярную воинскую службу, а также размещался традиционный госпиталь. Собственно говоря, в каждый данный отрезок времени требовалось присутствие в Монастыре только четырех столпов, однако разрешение остальным покинуть его на какой-то срок выдавалось лишь капитулом. В свое отсутствие «монастырский бальи» назначал заместителя — «лейтенанта». Столпы выбирались рыцарями соответствующих языков.
К началу XIV в. в ордене было семь языков: Прованса, Оверни, Франции, Арагона, Италии, Германии и Англии. В середине XV в. в самостоятельную единицу выделился язык Кастилии, а язык английских рыцарей в дальнейшем стал называться Англо-баварским. Соответственно и столпов насчитывалось семь (а затем восемь), за каждым из которых традиционно закреплялась определенная должность. Четыре военные должности распределялись следующим образом: столп Оверни — великий маршал — командовал пехотой; столп Англии, так называемый «туркопилье» (термин заимствован у турок-сельджуков), возглавлял легкую кавалерию; столп Италии обычно назначался великим адмиралом; и наконец, столп Германии отвечал за фортификационные сооружения. Столп Франции назначался госпитальером, заведовавшим всеми благотворительными учреждениями. Административно-хозяйственными делами ведал столп Прованса — великий прецептор (наставник) или казначей ордена; столп Арагона — «дралье» (кастелян) — отвечал за имущество ордена и за его снабжение; столп Кастилии — великий канцлер был в современном значении министром иностранных дел, а также хранителем документации ордена.
Помимо «монастырских бальи» полный капитул (т.е. общее собрание всех высших должностных лиц ордена) включал и так называемых «бальи капитула», которые обязаны были являться на его заседания, но могли жить в любом поместье, принадлежавшем госпитальерам. И наконец, последним разрядом бальи, имевшим право заседать в капитуле, являлись «почетные бальи» — звание, присуждаемое особо отличившимся рыцарям по решению великого магистра и капитула. В то время как бальи капитула имели преимущественное право при назначении на выгодные должности (прецепторов, приоров), почетные бальи пользовались лишь правом голоса в капитуле.
Приблизительно в это же время орденская верхушка вырабатывает свой ритуал, призванный напоминать аналогичные церемонии при дворах европейских монархов. Заседания капитула, созываемые великим магистром, предварялись торжественной процессией, впереди которой несли штандарт главы иоаннитов; само открытие заседания сопровождалось целованием руки великого магистра всеми его участниками согласно «табели о рангах»; появляются и другие атрибуты усиления условностей и окончательного отхода от первоначальной простоты нравов ордена.
В ордене также складывается своя судебная система в виде временных выборных коллегий различного уровня. Так, вначале спорный вопрос решался рыцарским судом «эгар» (франц. egard — внимание), состоявшим из семи (затем восьми членов, представлявших семь — восемь языков), и председателя, назначаемого по усмотрению великого магистра или великого маршала (если речь шла о сугубо военных прегрешениях). Если вердикт не удовлетворял истца или ответчика, то собирался суд второй инстанции, так называемый «усиленный эгар», состоявший из вдвое большего числа членов; затем в случае повторной апелляции судебная коллегия увеличивалась втрое, и в конце концов дело поступало в «эгар бальи», решение которого уже считалось окончательным.
Самым строгим наказанием являлось исключение из ордена. Решение о лишении права носить форму иоаннитов, что было равносильно отчислению, принималось эгаром бальи и затем передавалось на утверждение великому магистру. Бывали случаи, когда раскаивавшегося в своих поступках бывшего рыцаря принимали обратно. Для этого великий магистр созывал общее собрание всех находившихся на острове членов ордена, которое и определяло дальнейшую судьбу «грешника». Сам он на такое собрание обязан был явиться в гражданском платье, а если «грех» был особенно тяжел — то в одной рубахе с веревкой на шее. Если собравшиеся выражали согласие, его вновь посвящали в рыцари с любопытным наставлением: «Прими во второй раз ярмо Господа нашего, ярмо, носить которое легко и радостно, и да поможет оно спасению души твоей!»
От рыцарей требовали безусловного послушания руководству, и прежде всего великому магистру. До наших дней дошла легенда о Родосском драконе и отважном госпитальере Теодоре, вступившем с ним в борьбу вопреки строжайшему запрету магистра. Теодор победил дракона и спас жителей Родоса, но был приговорен к суровому наказанию за непослушание. Лишь в последний момент сердце старейшины ордена дрогнуло, и отважный рыцарь не был сослан в изгнание. Человек, вступавший в орден иоаннитов, должен был как бы отказаться от своего «я» и стать винтиком в хорошо отлаженном механизме корпорации. Вероятно, на каком-то этапе это было необходимо: ведь само по себе успешное окончание военной экспедиции на Родос не устранило одним махом ни внутренних раздоров, ни внешних трудностей ордена.
На международной арене госпитальерам необходимо было на кого-то опираться, и великий магистр Фульк де Вилларэ попробовал сделать ставку на Арагоно-Каталонское королевство, где влиятельным представителям ордена при дворе Хайме II удалось втянуть последнего в брак с Мари де Лузиньян, наследницей кипрской короны. Однако реальных выгод эта интрига родосским рыцарям не принесла.
Во внутренней жизни ордена наступил тяжелый кризис. Слава завоевателя Родоса и непривычное, но ласкающее амбиции положение суверена государства вскружили голову великому магистру, который почувствовал себя новым Александром Македонским и начал вести образ жизни, вызвавший большие нарекания среди рядовых госпитальеров. Дело дошло до того, что в 1317 г. на жизнь де Вилларэ было совершено покушение. Глава ордена вынужден был бежать, а на его место братья временно выбрали столпа Арагона Мориса де Паньяка.
Конфликт взялся улаживать папа Иоанн XXII, но далеко не бескорыстно. Ему удалось повернуть дело таким образом, что в выигрыше в конце концов оказался «святой престол», усиливший влияние на свою духовно-рыцарскую паству. Иоанну XXII удалось несколько обуздать рыцарскую вольницу, где угрозами, где посулами принудить их соблюдать дисциплину, сократить непомерные расходы на содержание двора великого магистра и другие траты членов ордена и т.п. Под его давлением иоанниты в 1319 г. избрали нового магистра (Фульк де Вилларэ вынужден был подать в отставку). Им стал Элио де Вильнёв (1319—1346), правление которого отличалось стабильностью и медленным, но неуклонным упрочением позиций ордена.
Прежде всего перед великим магистром встала задача добиться от европейских государств передачи родосским рыцарям де-факто тех владений тамплиеров, которые были им дарованы папской буллой 1312 г. Вполне естественно, что монархи Англии, Франции, Арагона, Кастилии и Португалии, в руки которых неожиданно попало такое богатство, не спешили расстаться с имуществом уничтоженного ордена. Так, французские короли (Филипп IV и его сыновья, по очереди занимавшие трон) требовали от госпитальеров уплаты за передачу им земель в размере 200 тыс. ливров. Аналогичные трудности орден встречал и в других странах.