В конце лета 1649 года партия из 70 охотников отправилась вниз по Лене, затем вверх по Олёкме, Тунгиру, присоединяя всех желающих. На берегу последней реки остановились, дожидаясь зимы, а 18 января 1650 года двинулись дальше на лыжах, волоча нарты с припасами. Так перевалили через Становой хребет и спустились в долину реки Урки, по которой дошли до первых улусов князьца Лавкая. Однако все попадавшиеся им городки были пустыми: узнав о приближении русских, население бежало. Проведав, что даурские князьцы собирают силы для отпора, Хабаров вернулся к первому городку, укрепил его, оставил 50 человек охраны, а с остальными поспешил в Якутск за подкреплениями. Там он получил от воеводы два десятка служилых казаков, набрал ещё сотню с лишним промысловиков и 9 июля 1650 года отправился обратно на Амур. Спустившись по реке до третьего городка, прежде принадлежавшего князьцу Албазе, Хабаров встретил войско дауров, разбил их и, обнаружив в городке большие запасы хлеба, решил там зазимовать.
Так Албазин стал опорным пунктом казаков на Амуре. Оттуда они совершали набеги на окрестные даурские поселения, громили племенные ополчения, отнимали имущество, скот, продовольствие. Копья и луки дауров оказывались бесполезными против казачьих ружей и пушек. Одни городки сжигал Хабаров, едва ли не поголовно вырезая их жителей, другие предавало огню само население, укрывавшееся от набегов в окрестных лесах. Спустя год берега Амура, от устья Стрелки до устья Сунгари, были разорены. Осенью 1651 года Хабаров с сотней казаков спустился в земли ачанов (оджалов), где поставил острог и остался зимовать, отражая нападения местных жителей. 24 марта 1652 года к стенам Ачанского острога подошло маньчжуро-даурское войско, числом более 2000 человек при двух железных пушках, под предводительством Хайсэ (Изинея). Оцепив угрозу со стороны русских, впервые встреченных ими в июне 1651 года в Гуйгударовом городке, маньчжуры собирались изгнать из Приамурья нежданных конкурентов, но потерпели неудачу. Отбив приступ, казаки предприняли вылазку, захватили пушки, обернули их против прежних владельцев и переломили ход битвы. Потеряв до трети войска, маньчжуры ударились в бегство. Победа была полной и произвела впечатление на местные племена, однако она стала лишь первым актом в сравнительно непродолжительной, но ожесточённой борьбе двух государств за обладание Амуром.
Благополучно избежав встречи с другим, втрое сильнейшим маньчжурским войском, Хабаров летом 1652 года перешел из Ачанского острога к устью Зеи и остановился у Кокореевского улуса. К тому времени атаман осознал, что расходы на экспедицию превышают прибыли, и решил обыскивать амурские берега непрерывно. Не всем казакам такое решение пришлось по сердцу, и 136 человек, возглавляемых С. Поляковым и К. Ивановым, отделившись, спустились вниз по течению Амура до его устья. Оставшийся с Хабаровым отряд, несмотря на подошедшее перед тем из Албазина подкрепление, насчитывал почти столько же бойцов, сколько было перед схваткой с маньчжурами. Но после неё положение переменилось. Понимая это, атаман отправился в погоню, отыскал успевших поставить острог бунтарей, осадил и, взяв измором в феврале 1653 года, арестовал Полякова с Ивановым.
Между тем, о событиях на Амуре узнали в Москве, и задумали послать туда войско князя Н.Н. Лобанова-Ростовского, численностью 3000 человек, а для подготовки похода направили головной отряд дворянина Д.И. Зиновьева, которому поручили наградить Хабарова и вместе с тем собрать сведения о Даурии и упорядочить присоединение новых земель. Прибыв на место в августе 1653 года, Зиновьев немедля потребовал от атамана устройства острогов и распашки казённой десятины. Хабаров воспротивился было, но Зиновьев обвинил строптивца в нераспорядительности и растрате казенных средств. Затем он освободил Полякова с Ивановым и, возвращаясь в Москву, забрал всех троих с собой, назначив начальником О. Степанова Кузнеца, позднее официально утвержденного приказным человеком реки Амура. Однако Степанову, как и его предшественнику, было не до развития собственного производства. Недостаток продовольствия в опустошенных Хабаровым местностях заставлял приказчика думать только о грабеже дауров. Пять лет канаки Степанова совершали походы по Амуру, Сунгари и Уссури, собирая ясак, отнимая хлеб, сражаясь с местным населением и маньчжурами, разоряя улусы и закладывая собственные острожки, пока 30 июня 1658 года очередная маньчжурская рать на 47 судах не окружила их в Корчеевской луке, ниже устья Сунгари. В бою погибли или были пленены 270 человек, сложил свою голову и Степанов. Остальные либо вскоре пали от рук инородцев в низовьях Амура, либо разбежались. На некоторое время русские почти исчезли с берегов реки.