По потопленному тоннажу судов противника А.И. Маринеско является первым среди подводников отечественного подводного флота времен Великой Отечественной войны. Однако из-за истории, случившейся с ним перед самым выходом в героический поход, ни он, ни его экипаж не получили ожидаемых высших наград.
Вопиющая несправедливость надломила офицера. Последний, шестой, поход подводной лодки С-13 в апреле-мае 1945 года был охарактеризован начальником отдела подводного плавания КБФ как мало результативный, действия командира признаны неудовлетворительными. Вскоре последовали приказ Наркома ВМФ о снижении Маринеско в воинском звании на две ступени и понижении в должности. Всего месяц А.И. Маринеско служил командиром тральщика Т-34 в Таллиннском морском оборонительном районе. 20 ноября 1945 года по приказу наркома ВМФ №-02521 старший лейтенант А.И. Маринеско был уволен в запас. После войны в 1946–1949 годах Александр Иванович работал старшим помощником капитана на судах Балтийского государственного торгового пароходства, ходил в порты Бельгии, Голландии, Англии. В 1949–1950 годах он — заместитель директора института переливания крови. Во время работы А.И. Маринеско в институте возникший конфликт с директором института привел к тому, что против него было возбуждено уголовное дело, финалом которого стал суд с вынесением приговора — три года исправительных работ в лагере порта Ванино. Досрочное освобождение состоялось в 1952 году. В ноябре 1960 года Приказом Министра Обороны СССР Маршала Р.Я. Малиновского А.И. Маринеско был восстановлен в воинском звании, ему была определена пенсия. Перипетии жизненного пути отразились на здоровье, что привело к тяжелому заболеванию пищевода. 25 ноября 1963 года Александра Ивановича не стало. При пересмотре его дела в Ленинградском городском суде подсудимый посмертно был полностью оправдан.
5 мая 1990 года за мужество и героизм, проявленный в борьбе с немецко-фашистскими захватчиками в Великой Отечественной войне 1941–1945 гг., капитану III ранга А.И. Маринеско Указом Президиума Верховного Совета СССР присвоено звание Героя Советского Союза (посмертно). 25 ноября 2001 имя командира Краснознаменной подводной лодки С-13 занесено в Листы Памяти Золотой Книги Санкт-Петербурга.
До сих пор не умолкают споры, кто же он — герой или разгильдяй, жертва обстоятельств или преступник? Не нам его судить… Да и в год 100-летия со дня рождения А.И. Маринеско пора прекращать все эти никому не нужные споры, обычно затеваемые людьми, далекими от подводного флота. С окончания Великой Отечественной войны и до смерти имя Маринеско было под запретом. Но в неписаной истории отечественного флота он был и остаётся самым известным подводником-легендой! Ведь в истории нет черно-белых красок. И уникальность Александра Ивановича в том, что его личность не оставляет никого равнодушным. Его легендарной личности уготовано бессмертие. Он стал человеком-легендой и останется ею…
В честь Александра Ивановича Маринеско стоит в Херсонском сквере в Одессе памятник великому одесситу — командиру подводной лодки С-13 Александру Маринеско, существует Музей Подводных Сил России им. А.И. Маринеско — в настоящее время единственный в России музей Подводных Сил. Создан в 1997 году распоряжением губернатора Санкт-Петербурга, был расположен на первом этаже жилого дома по адресу Кондратьевский проспект, дом 83. Постоянная экспозиция размещена в трех залах и на открытой площадке около музея. Фонды музея содержат около 17000 экспонатов. Ранее, в 80-е годы, в Ленинграде существовал музей «Действия подводных лодок тип «С» на Балтике в 1941–1945 гг. имени А.И. Маринеско», который располагался в доме №-24 по Литейному проспекту. Музей размещался в переоборудованной квартире на третьем этаже дома, с окнами во двор. Несмотря на то, что это был школьный музей, в нем были выставлены подлинные экспонаты, связанные с С-13, проводились частые экскурсии, в которых принимали участие в том числе ветераны — члены экипажа С-13. После распада СССР музей был расформирован, коллекция передана в созданный в 1997 году Музей подводных сил России имени А.И. Маринеско). Памятники А.И. Маринеско установлены в Калининграде, Кронштадте и Одессе.