— «Wilhelm Gustloff» не являлся безоружным гражданским судном: на его борту имелось вооружение, которым можно было бороться с кораблями и авиацией противника;
— «Wilhelm Gustloff» являлся учебной плавучей базой для подводного флота Германии;
— «Wilhelm Gustloff» шёл в сопровождении боевого корабля флота Германии (миноносец «Leve»);
— советские транспорты с беженцами и ранеными в годы войны неоднократно становились целями для германских подлодок и авиации (в частности, теплоход «Армения», потопленный в 1941 году в Чёрном море, вёз на своём борту более 5000 беженцев и раненых. Спаслось только 8 человек. Впрочем, «Армения», как и «Wilhelm Gustloff», нарушала статус санитарного судна и являлась законной военной целью).
Высоко был оценен подвиг А.И. Маринеско лищь за рубежом, но не у нас. С отстаиванием и борьбой за то, чтобы его подчиненных отмечали по заслугам, Александр Иванович только в этом вопросе нажил себе много неприятностей, заимел немало недругов. Когда спорил — в дипломатию не ударялся, после спора и даже ссоры вскоре о ней тотчас забывал. Но его слова и вроде бы обычные в таких случаях выражения его оппоненты помнили ему почему-то долго. Да, были у него личные недостатки. А у кого их нет? Да и эти недостатки не мешали А.И. Маринеско Родину защищать.
С годами все сплелось в один клубок — неприязнь начальства, сплетни и дрязги бытового плана, плохо скрываемая зависть некоторых из вчерашних соратников-командиров подводных лодок. Один дозавидовался до того, что в своей книге поставил под сомнение значение подвига С-13 и ее командира, написав, что потопление лайнера «Wilhelm Gustloff» не имело ровно никакого значения — война-то, мол, все равно шла к концу!.. Выходит, что по такой логике вообще не следовало штурмовать Рейхстаг!
По заключению командира Бригады подводных лодок капитана 1 ранга А.Е. Орла действия командира С-13 А.И. Маринеско в последнем Боевом походе были признаны неудовлетворительными:
1. За период нахождения в море, на позиции, в зоне интенсивного движения противника с 23.04.45 г. 7 раз обнаруживал цели, но атаковать не мог…
2. 24.04. в 23.38. по ШП обнаружил конвой, но, всплыв в надводное положение, не смог открыть люка… Атака сорвалась, так как в перископ ничего видеть в это время было нельзя.
3.26.04 в 01.35 обнаружил работу поискового прибора… Возможность атаковать упущена из-за неправильных действий командира.
4. 27.04. в 22.46. по ШП обнаружила шум ТР и работу двух УЗПН. Через 7 мин в расстоянии 35 кбт визуально обнаружил ТР в охранении двух СКР и двух СКА. Командир от атаки отказался, ввиду большой видимости. Действия командира неправильные: до этого он вывел ПЛ в светлую часть горизонта, а потом не пошел за противником, не перешел в темную часть горизонта
5.28.04. в 16.41., находясь под водой, по ШП обнаружил шум ТР и работу двух УЗПН. Командир увеличил ход до 4 узлов и через 14 мин от атаки отказался, считая себя вне предельного угла атаки. Возможность атаки упущена по вине командира, который не стремился сблизиться с противником, а берег батарею, боясь что ее придется заряжать несколько ночей подряд.
6. 28.04. в 19.23. обнаружили шум ТР… В перископ противника не видел. Через девять минут командир якобы установил, не меняя трехузлового хода, что находится вне предельного угла атаки.
7. 02.05. по ШП обнаружили шум ТР… По-видимому, командир неправильно определил сторону движения и потому с противником не сблизился.
8. 03.05. в 10.45. в перископ обнаружил ТР в охранении двух СКР, но атаковать не сумел из-за неправильного маневрирования.
Вывод: Боевую задачу ПЛ не выполнила. Действия командира неудовлетворительные…».
14 сентября 1945 года в соответствии с приказом Наркома ВМФ Н.Г. Кузнецова №-01979 «…За халатное отношение к служебным обязанностям, систематическое пьянство и бытовую распущенность командира Краснознаменной подводной лодки С-13 Краснознаменной Бригады подводных лодок Краснознаменного Балтийского флота капитана 3 ранга Маринеско Александра Ивановича отстранить от занимаемой должности, снизить в воинском звании до старшего лейтенанта и зачислить в распоряжение Военного Совета этого же флота…». 18 октября А.И. Маринеско приказом командующего Балтийским флотом №-0708 назначен командиром тральщика Т-34, а 20 ноября 1945 года приказом №-02521 был уволен в запас.