Несмотря на трудности, связанные с первыми месяцами войны, особые отделы действовали решительно и эффективно. Один из первых итогов работы военной контрразведки был подведен 10 октября 1941 года заместителем начальника Управления особых отделов Соломоном Мильштейном: «Особыми отделами НКВД и заградительными отрядами НКВД по охране тыла задержано 657 364 военнослужащих, отставших от своих частей и бежавших с фронта. Из них оперативными заслонами особых отделов задержано 249 969 человек и заградительными отрядами войск НКВД по охране тыла— 407 395 военнослужащих…
Из числа задержанных особыми отделами арестовано 25 878 человек, остальные 632 486 человек сформированы в части и вновь направлены на фронт…
Шпионов — 1505; диверсантов — 308; изменников — 2621; трусов и паникеров— 2643; распространителей провокационных слухов — 3987; самострельщиков — 1671; других — 4371».
В декабре 1941 года по представлению НКВД ГКО принял решение об обязательной «фильтрации» военнослужащих, бежавших из плена или вышедших из окружения. Их направляли в специальные сборно-пересыльные пункты, созданные в каждой армии.
В июле 1941 года ГКО предоставил особым отделам право внесудебного расстрела изменников и дезертиров. Мера эта была вынужденная. Однако в октябре 1942 года, после стабилизации фронта, ГКО отменил внесудебные расстрелы и обязал особые отделы передавать дела об изменниках и дезертирах в суды военных трибуналов.
В качестве особой меры укрепления дисциплины при исключительных обстоятельствах допускался расстрел перед строем осужденных трибуналами дезертиров, уличенных в бандитизме и вооруженном грабеже. Хотя во фронтовых частях эта мера применялась крайне редко. К борьбе с дезертирством привлекались агентурно-осведомительные кадры как в действующих, так и в запасных частях. Осведомители сообщали в особые отделы о военнослужащих, которые, по их мнению, могли стать изменниками или дезертирами. Если данных для ареста было недостаточно, то подозреваемые лица не допускались в наряды, выполнявшие задания на переднем крае, или переводились в тыл. Заградительные отряды и воинские подразделения, приданные особым отделам для поиска дезертиров, прочесывали в прифронтовой полосе местность, выставляли заслоны.
О результативности работы особых отделов НКВД СССР можно судить по докладам НКВД СССР в ЦК КВП(б) и ГКО 8 августа 1942 года, согласно которым чекистами было задержано 11 765 вражеских агентов.
Эти агенты немецкой разведки и диверсанты, действовавшие на фронте и в тылу Красной Армии, в первый период войны, в основном были белоэмигрантами, мечтавшими о реванше; вербовались и попавшие в плен красноармейцы. Еще 15 июня 1941 года германское командование приступило к переброске на территорию СССР разведывательно-диверсионных групп и отдельных разведчиков, переодетых в советскую военную форму, владеющих русским языком, с заданиями после начала военных действий проводить диверсионные акты — разрушать линии телеграфно-телефонной связи, взрывать мосты и железнодорожные коммуникации, уничтожать воинские склады и другие важные объекты, захватывать в тылу Красной Армии мосты и удерживать их до подхода передовых частей вермахта.
Значительная часть немецких агентов, которых спецслужбы Третьего рейха вербовали из военнопленных и жителей оккупированных районов, добровольно сдавались сразу же после перехода линии фронта органам НКВД и военному командованию. Те же, кто собирался выполнять задание немцев, почти всегда попадали в руки «особистов» или сотрудников органов госбезопасности.
В первые часы войны система правительственной ВЧ-связи была частично парализована. Понятно, что произошло это в западной части Советского Союза.
Отступление советских войск привело к потере большинства узлов связи, расположенных на западе страны. Времени на развертывание новых стационарных станций не было, а мобильные еще не были созданы. Другой уязвимый элемент — связь осуществлялась по проводам. Поэтому во многих местах кабель был поврежден во время авианалетов или стараниями диверсантов.
Поэтому не вызывает удивление тот факт, что к вечеру 22 июня 1941 года Генштаб не смог получить от штабов фронтов, армий и ВВС точных данных о местоположение войск РККА и вермахта. Достаточно сказать, что штаб Западного фронта 24 июня 1941 года не сумел установить никакую связь с двумя (3-й и 10-й) из трех своих армий.
Маршал Георгий Жуков вспоминал: «Чуть позже нам стало известно, что перед рассветом 22 июня во всех западных приграничных округах была нарушена проводная связь с войсками и штабы военных округов и армий не имели возможности быстро передать свои распоряжения. Заброшенная немцами на нашу территорию агентура и диверсионные группы разрушали проволочную связь, убивали делегатов связи и нападали на командиров. В штабы округов из различных источников начали поступать самые противоречивые сведенья, зачастую провокационного характера. Генеральный штаб, в свою очередь, не мог добиться от штабов округов и войск правдивых сведений, и, естественно, это не могло не поставить на какой-то момент Главное Командование и Генеральный штаб в затруднительное положение».
В дело пришлось вмешаться чекистам во главе с Лаврентием Берией. Используя возможности Особого тех-бюро, входящего в структуру центрального аппарата и региональных отделений Отдела правительственной связи НКВД СССР, Лубянке удалось наладить собственными силами телефонную засекреченную ВЧ-связь с действующими фронтами. Затем начали создаваться при крупных оперативных штабах Красной Армии подвижные группы связистов для «обеспечения маневренности в использовании телефонной связи по высокой частоте во фронтовой полосе».
В августе 1941 года при главных командованиях войск Северо-Западного, Западного и Юго-Западного направлений были учреждены должности уполномоченных по правительственной связи НКВД СССР. Они обладали широкими полномочиями по организации правительственной ВЧ-связи. Например, они могли использовать в интересах НКВД провода, цепи и каналы всех наркоматов (связи, путей сообщений, речного флота и др.). Также их указания должны были выполнять руководители республиканских и областных управлений НКВД и других ведомств. Фактически ведомству Лаврентия Берии поручили организовать и обеспечивать бесперебойное функционирование системы правительственной связи.
Постепенно ситуация улучшалась, хотя чекисты, которые обслуживали систему правительственной ВЧ-связи в звене «фронт-армия», обнаруживали множество нарушений правил ведения разговоров по этим телефонным линиям. Вот цитата отчета начальника Управления войсками правительственной связи НКВД СССР генерал-майора войск связи Угловского: «…Переговоры по ВЧ осуществляются без всякого рода ограничений, т. е. переговоры совершенно секретного содержания о перегруппировки войск осуществляются без применения хотя бы простейших переговорных таблиц».
Также он предлагал ряд мер организационного и технического характера. Начиная от осуществления военными контрразведчиками или чекистами «закрытой проверки состояния скрытого управления войсками с целью выявления наиболее опасных звеньев в этой работе» и заканчивая использованием «шифровальных машин по примеру иностранных армий».
За годы войны 7 научных организаций страны провели 22 разработки аппаратуры засекречивания телефонных переговоров. Несмотря на успехи в создании нового оборудования, проблема защиты от несанкционированного прослушивания все же не была решена.
С 1943 по 1946 год группа специалистов Шестого управления НКВД — МГБ СССР под руководством А. Пе-терсона занималась проверкой используемой аппаратуры. В итоговом отчете, утвержденном 28 декабря 1945 года, констатировалось, что «вся аппаратура мозаичного типа дешифруема». Только через полтора года удалось создать устройство, «автоматически анализирующее засекреченную передачу и дешифровать ее вслед разговору без лабораторной обработки».