Постановлением СНКСССР от 24 июня 1941 года «О мероприятиях по борьбе с парашютными десантами и диверсантами противника в прифронтовой полосе». В этом документе указывалась, что на «органы НКВД возложена организация борьбы против парашютных диверсантов на территории Ленинградской области, Мурманской области, Калининской области, Карело-Финской республики, Украины, Белоруссии, Эстонской, Латвийской, Литовской и Молдавской ССР, Крымской Автономной республики, Ростовской области, Краснодарского края, западной части Грузинской ССР».
Также было указано, что при «городских, районных, уездных отделах НКВД», дислоцированных на указанных выше территориях, «создать истребительные батальоны численностью 100–200 человек из числа проверенного партийного, комсомольского и советского актива, способного владеть оружием».
Когда проект постановления прочел Иосиф Сталин, то он вписал от руки такой пункт: «Руководство истребительными батальонами возложить на заместителя председателя СНК СССР наркомвнудела т. Берия».
Фактически Иосиф Сталин назначил персонального ответственного за организацию и руководство деятельностью истребительных батальонов. Понятно, что сам нарком внутренних дел не мог лично заниматься этим вопросом, требовалось поручить это доверенному лицу, в чьих организаторских и административных способностях он не сомневался. Нужно было учитывать еще и тот факт, что на местах от центрального аппарата ждали конкретный указаний. Ведь требовалось не только сформировать истребительные батальоны, но и разработать тактику их эффективного использования.
В подписанном Лаврентием Берией 26 июня 1941 года приказе № 00894 было указано, что Штаб по организации истребительных батальонов должен возглавить начальник Оперативно-разведывательного управления Главного управления пограничных войск СССР генерал-майор Гавриил Петров. Этот пост он занимал до 1944 года. А его заместителем был назначен Павел Судоплатов.
С 1941 по 1943 год в подчинении у наркома внутренних дел Лаврентии Берии находились органы военной контрразведки. Если в советское время о работе военных чекистов говорили мало и только хорошо, то после распада СССР — много и часто плохо.
Если верить опусам отдельных отечественных журналистов и сценаристов современных фильмов «про войну» — военные контрразведчики постоянно пьянствовали в тылу, спали с ухоженными и чисто одетыми юными медсестрами, а когда в медсанбате заканчивался спирт и хотелось новизны, то отправлялись на передовую. Сфабриковав несколько уголовных дел и собственноручно расстреляв из нагана в затылок жертв, «военные контрразведчики» возвращались обратно в тыл, где их уже ждало спиртное и похотливый медперсонал. Периодически им вручали боевые награды. Наверно за победы на сексуальном фронте и успехи в сражениях с зеленым змием. И так на протяжении всей Великой Отечественной войны. Непонятно, правда, кто ловил немецких агентов и ухаживал за ранеными. А что вы еще хотели от подчиненных «сексуального маньяка и палача» Лаврентия Берии? Они во всем брали пример со своего начальника.
В жизни все было по-другому. Так получилось, что из всех оперативных подразделений Лубянки (не считая пограничников и военнослужащих внутренних войск) военные чекисты первыми вступили в бой с врагом и у них (из всех подразделений госбезопасности) были одни из самых больших потерь. Достаточно сказать, что за период с 22 июня 1941 года по 1 марта 1943 года военная контрразведка потеряла 3725 человек убитыми, 3092 пропавшими без вести, 3520 ранеными. Осенью 1941 года на Юго-Западном фронте попал в окружение и погиб бывший начальник 3-го Управления НКО А. Н. Михеев.
С другой стороны, именно военные контрразведчики приняли на себя основной удар немецких спецслужб, которые организовали массовую засылку в прифронтовую зону своих разведчиков, провокаторов и диверсантов. Достаточно сказать, что в зону ответственности (прифронтовую полосу) военных чекистов с 1941 по 1943 год противник забрасывал до 55 % своей агентуры. А к началу 1945 года этот показатель возрос до 90 %. К этому надо добавить «транзитников» — тех, кто пересекал линию фронта в пешем порядке, а не на самолете. А многие из немецких агентов заранее знали, что в случае ареста сотрудниками советских правоохранительных органов их ждет расстрел. Поэтому при задержании часто оказывали вооруженное сопротивление.