По сохранившимся свидетельствам самого Кустоса, инквизиторы сначала допрашивали его в заботливо-душеспасительной манере, однако ответы их явно не устроили. В конце концов он предстал перед главным инквизитором, который предельно равнодушным тоном зачитал обвинения:
За нарушение указов Святейшего Папы, за состояние в секте франкмасонов, которая являет собой отвратительный сплав из святотатства, содомии и других страшных преступлений, что подтверждают окружающая сию секту нерушимая тайность и недопущение к оной женщин, — и таким образом за тягчайший проступок перед королевской властью вышеозначенный Кустос, отказавшийся раскрыть перед изыскателями подлинные намерения и замыслы франкмасонов и даже стоявший на противном, называя деяния секты благими, должен быть предан самому строгому суду, который намерен употребить всю свою власть и в случае необходимости даже прибегнуть к пытке.
Кустоса перевели в квадратную комнату без окон, находившуюся в башне. Дверь была обита тканью, чтобы снаружи не было слышно криков. Освещали помещение лишь две свечи, стоявшие на столе секретаря, который уже был готов записать признание. Из темного угла на заключенного смотрели доктор и хирург.
Кустоса схватили четверо дюжих молодцев и уложили его на горизонтальную дыбу, закрепив голову железным ошейником. Ноги и руки продели в специальные кольца, приладили веревки и резким рывком растянули все конечности до предела. Затем веревки накрутили на валики, а их концы оказались в руках у мучителей. Сначала Кустос почувствовал, как натянулись веревки, затем они начали врезаться в кожу все глубже и глубже. Вскоре пол под ним был весь забрызган кровью. Как ему было сказано, если в ходе пытки он умрет, то виной тому будет только его упрямство. На фоне собственных криков Кустос слышал голос инквизитора и вопросы, которые ему задавались уже много раз: «Кто такие франкмасоны? Кто входит в секту? Что происходит на собраниях лож?» Через какое-то время он потерял сознание, его отнесли обратно в темницу.
Спустя два месяца Кустосу устроили второй допрос, на этот раз решив прибегнуть к жуткому методу страппадо («подвешивание»). Руки связали сзади так, что тыльные стороны ладоней касались друг друга, и затем веревку, переброшенную через кольцо, тянули вниз, поднимая таким образом руки вверх. В итоге плечи вылетали из суставов, кровь текла ртом. Кустос молил небеса даровать ему терпения, а инквизиторы тем временем продолжали опрос: «Масонство — это религия? Почему в ложи не допускаются женщины? Это потому, что вы содомиты?»
Доктора вправили кости, и Кустосу было дано два месяца на восстановление. Затем допрос продолжился. На этот раз вокруг его тела обвязали цепь, которую затем закрепили на запястьях. Посредством блоков цепь постепенно затягивалась, сжимая все внутренности и выворачивая запястья и плечи. «Почему все собрания франкмасонов проходят тайно? Что вы скрываете?»
По свидетельству Кустоса, он провел почти полтора года в застенках дворца Эстауш, претерпевая пытку девять раз. В конечном итоге 21 июня 1744 года он вместе с другими несчастными должен был быть провезен по улицам города и затем сожжен на костре. Однако ему повезло. Восьмерых его товарищей по несчастью действительно сожгли, в то время как Кустоса приговорили к четырем годам рабского труда на галерах. До того, как приговор был приведен в исполнение, ему удалось связаться с друзьями, которые подключили британское правительство. В итоге Кустос был освобожден.
Добравшись до Лондона 15 декабря 1744 года, он принялся за мемуары. Но не успел он начать, как в 1745 году вспыхнуло якобитское восстание. «Красавчик принц Чарли» из дома Стюартов поднял знамя над горами Северной Шотландии, намереваясь вернуть трон своего деда и возродить в стране католицизм. Якобитская армия дошла до Центральной Англии, так что даже в самом Лондоне начали паниковать. Впрочем, вскоре мятеж был подавлен, но в народе проснулся вкус к книгам, живописующим изуверства католической церкви. Таким образом, «Страдания Джона Кустоса за дело масонства» (The Sufferings of John Coustos for Free-Masonry), дополненная гравюрами с изображением всех перенесенных автором пыток, вышла в свет в самый подходящий момент. Кустос стал знаменит. Книга была переведена на множество языков и печаталась вплоть до середины XIX века. Неудивительно, ведь это был первый мученик за «нерушимые тайны» франкмасонов.