До нас дошло не много сведений о личности Гамалея. В распоряжении Лонгинова были довольно подробные материалы, характеризующие личность и частично деятельность Семена Ивановича.
Отличительной чертой С.И. Гамалея являлись доброта и бескорыстие в сочетании с глубокой религиозностью. Эти черты характера объясняют прозвище, данное ему друзьями: «Божий человек». Бескорыстие его доходило до такой степени, что он отказался даже от предложенных ему в качестве жалованья за хорошую работу в Белоруссии трехсот душ крестьян. Говорят, что, отказываясь от них, Гамалея сказал, что он не знает, как управиться с одной своей собственной душой, а потому не может принять на свое попечение еще триста чужих.
Этот рассказ соответствовал взглядам Гамалея на владение людьми. Их отражение, иногда в намеках, встречается в его письмах. Так, он пишет одному из своих корреспондентов: «По содержанию письма Вашего от 31 января честь имею донести, что я не отправлял никакого человека в Москву, ибо я не имею никого, кроме себя».
В Москве Гамалея сошелся с Новиковым и Шварцем. Это знакомство состоялось еще до перехода Гамалея в Москву на службу. Поселившись здесь, он полностью отдался филантропической и литературной деятельности. «Он решительно презрел все земные блага и приносил все на жертву своим чувствам и убеждениям, помышляя лишь о ближних и стремясь к тому, чтобы одерживать духовными подвигами победу над собою и страстями своими». С одной стороны, в нем проявляется стремление к аскетизму: он старается до минимума сократить свои потребности для того, чтобы раздавать остатки сбережений бедным, говоря при этом, что каждая побежденная привычка есть «шаг к свету». Отчетливо выступает в нем любовь к ближнему. Его обокрал слуга, а когда беглеца поймали, Гамалея отпустил вора и вернул ему отобранные у него деньги. Будучи бедняком, он приносил «Дружескому обществу» свой труд и свою моральную силу. Между прочим, именно он особенно заботился о первоначальном направлении и образовании питомцев «Дружеского общества» (Лонгинов, стр. 161). Отдавшись масонской деятельности, Гамалея настолько сближается с Новиковым, что становится как бы его двойником, неразлучным товарищем во всех предприятиях не только новиковского кружка, но и самого Новикова. Вот несколько фактов, которые характеризуют эту сторону деятельности Гамалея.
В 1784 г. в Москве была учреждена «Типографская компания». Среди четырнадцати ее членов мы встречаем и Гамалея (Лонгинов, стр. 217). Он не только был членом компании, но вместе с Новиковым, Лопухиным, Кутузовым, бароном Шредером и двумя князьями Трубецкими состоял в Правлении делами компании (Лонгинов, стр. 218). Очевидно, и в компанию Гамалея был введен как свой человек, на деятельность которого Типографская компания могла рассчитывать совершенно определенно. Он и князь Енгалычев стали членами компании без денежных взносов (Лонгинов, стр. 219). Гамалея выполнял еще одну очень важную функцию в компании: через него московский главнокомандующий граф Чернышев передавал компании свои пожелания об издании тех или иных книг (там же, стр. 229). Известно, что один из членов компании барон Шредер хотел купить в Москве дом, выплатил задаток, но потом запутался в делах и не смог выплатить всю сумму. Тогда компания купила этот дом от имени некоторых своих членов, и купчая была совершена на имя князя Ю.Н. Трубецкого, Лопухина, Новикова, Чулкова и Гамалея (там же, стр. 240).
Это и был известный Гендриковский дом, в котором в скором времени сосредоточились благотворительные учреждения компании и типография. Этот дом был заложен компанией в Опекунском совете (там же, стр. 241). И здесь нужно предположить, что Гамалея явился участником покупки дома, не имея средств. Активное участие в управлении всеми делами компании в известной мере подтверждается и тем, что Гамалея жил в Гендриковском доме (там же, стр. 242). Дружеское общество обращалось к Гамалея в важнейших актах своей деятельности. Так, он принимал активнейшее участие в направлении питомцев Дружеского общества. Ему же была предоставлена очень важная обязанность составить план путешествия Карамзина. И признательный ему Н.М. Карамзин во время своего путешествия постоянно переписывался с Семеном Ивановичем (Тихонравов. Сочинения, т. III, ч. II, стр. 96; Русский вестник, 1862, т. XXXVIII, стр. 747). Нам представляется очень вероятным предположение Лонгинова о том, что московский главнокомандующий Чернышев выразил свое одобрение и согласие на устройство предложенной Шварцем переводческой, или филологической, семинарии при Дружеском обществе именно по представлению Тургенева, Лопухина, Гамалея и других (Лонгинов, стр. 181). Это предположение можно еще более укрепить, приняв во внимание близость Гамалея к Чернышеву, а также то, что Гамалея не только принимал деятельное участие в переводческих трудах при Новикове, но и впоследствии постоянно возвращался к переводческой работе, переводя мистические сочинения уже не для печати, а так, по привычке. Поэтому думается, что Гамалея принимал наиболее деятельное участие в этом замысле Шварца и мог более других способствовать благосклонному отношению к этому начинанию московского главнокомандующего.