Масонский крест (собрание П.И. Щукина)
В качестве человека, приближенного к Типографской компании, Гамалея, наряду с другими, принимает участие в переводе с немецкого мистических книг, которые печатались в тайных типографиях (Лонгинов, стр. 097). Вообще, его деятельность самым тесным образом сливается с деятельностью Новикова, настолько, что, по словам последнего, со стороны Лопухина и других масонов упреки в бездеятельности по отношению к орденским занятиям относились не только к Новикову, но и к Гамалея: «Все подозревали нас в холодности, обоих в нехотении упражняться в упражнениях Ордена и тому подобное» (Лонгинов, стр. 109). Везде, где имеет место масонская деятельность Новикова, там вместе с ним выступает и Гамалея. Так, мы видим его в числе тех людей, от которых Новикову было поручено получить подписи на прошении в Берлинский розенкрейцерский капитул для принятия русских масонов в розенкрейцерство (Лонгинов, стр. 199). Его же мы видим в числе первых розенкрейцеров после учреждения этого Ордена в Москве Шварцем (Лонгинов, стр. 176). Вообще, к Шварцу Гамалея относится с великим благоговением, считая себя, очевидно, его учеником. В одной масонской речи, посвященной Шварцу и произнесенной в Петербурге в 1820 г., ее автор припоминает слова брата С.И. Гамалея, сказанные им о Шварце еще в 1785 г.: «.Он бдением и трудами достиг, что нам даны великие познания, ручался за нас, должны мы и потомство возблагодарить за его труды и освобождение нас от тьмы и приносить моления за обрадование души его».
В среде самого масонства Гамалея был одним из старших масонских братьев и принимал участие в управлении московским масонством, входя в состав главного капитула вместе с бароном Шредером, А.М. Кутузовым, князем Н.Н. Трубецким, Н.И. Новиковым, И.В. Лопухиным, князем Ю.Н. Трубецким и И.П. Тургеневым. Гамалея был основателем и «великим мастером» масонской ложи в Туле (Записки Свербеева, т. I, стр. 30). Кроме того, судя по росписи, составленной самим Новиковым, Гамалея имел какое-то отношение к другим провинциальным ложам, по крайней мере, к некоторым из них: Новиков, отговариваясь незнанием о состоянии дел в Могилевской и Казанской ложах, ссылался на то, что сведения о них могут быть у Гамалея (Сб. И.П.И.О. II, стр. 149).
Кроме участия в главном капитуле и в управлении провинциальными ложами Гамалея управлял ложей в Москве. Находящийся в следственном деле список управляемой Гамалея ложи, вероятно, и есть список ложи Девкалиона, которая, как известно из других источников, находилась под управлением Гамалея. Эта ложа состояла, по-видимому, из пятнадцати человек, в число которых входили: Г.М. Походяшин, В.И. Баженов, А.Ф., Н.А., И.Ф. Ладыженские, Н.О. Сафонов, барон И.П. Черкасов, В.Н. Кочубей и другие. Трудно что-нибудь сказать о тех людях, которые входили в управляемую Гамалея ложу. Все они, во всяком случае, не слишком родовитые люди в невысоких чинах. Может быть, такой состав этой ложи не является случайностью. Судя по тому, что сам Гамалея был, по-видимому, рабочим элементом среди масонов, — может быть, в его ложе собрались наиболее деятельные люди, тогда как в других московских ложах сосредоточились сильные покровители масонства. К сожалению, мы мало знаем о деятельности ложи Девкалиона. Она открылась 21 октября 1782 г. При открытии ее Гамалея произнес речь о плате за работу. В этой речи, помещенной в «Магазине Вольных Каменщиков» (ч. II, стр. 92), Гамалея задается вопросом о том, как проверить истекший год. По этому поводу оратор дает ряд нравственных поучений. «Роскошь, гордость, корысть, леность — суть тираны, держащие в узах бедного человека, самоизвольно предающегося их власти. Область их пространна, весь мир порабощен ими». И только малое число мудрых ими не порабощено. Далее он озвучивает мысль о необходимости думать о будущей жизни. Другую речь он произнес в той же ложе 3 февраля 1783 г.