На склоне лет в селе Тихвинском Семен Иванович вел жизнь аскета и строгого мистика. Жил он очень бедно, в холодной и сырой комнате, отличался любовью к бедным, раздавал милостыню и учил Священному Писанию тех, кто к нему обращался (Библиографические записки, 1859, т. II, стр. 80, Заметка Рябова). Из писем Гамалея видно, что в этот период он иногда нуждался: при всей его скромности ему приходилось занимать деньги (т. II, стр. 63), он болел, и тогда его не покидала мысль о смерти (там же, стр. 140). Но вообще в отношении к людям он был молчалив и казался суровым философом, представляя собой контраст более живому и впечатлительному Новикову (статья Афанасьева, Библиографические записки, 1858, т. I, стр. 180). До нас дошло довольно много об удивительно высоких нравственных качествах Гамалея. Все эти отзывы подтверждаются его письмами, которые проникнуты мыслью о необходимости нравственного самосовершенствования. Но старый киевский бурсак не без труда превратился в аскета: это превращение стоило ему борьбы. Впоследствии в одном из своих писем Гамалея утверждает, на основании своего опыта, что человек способен ко всему, то есть способен и к нравственному самосовершенствованию. Так и он сам некогда был склонен к «блудодеянию», но потом нашел в себе силы побороть все это.
И на склоне лет, как и в годы кипучей деятельности в Москве, Гамалея пользовался большим уважением окружающих, и особенно мистиков. Один из его учеников, Невзоров, с большим благоговением вспоминает уже в 1818 г. о деятельности Гамалея на пользу российского масонства. Влияние Гамалея и значение его в среде мистиков отчасти можно видеть по следующему случаю: небезызвестный мистик Лохвицкий в своих записках рассказывает, что 8 марта 1810 г. он видел во сне Гамалея и радовался, что видел Семена Ивановича (Терновский. Материалы по истории мистицизма в России. Труды Киевской Духовной академии, 1863, стр. 170).
Наиболее подробные сведения об условиях жизни Гамалея на склоне лет в селе Тихвинском сообщает известный архитектор Витберг. По совету Лабзина он повез на одобрение Новикова проект плана храма Христа Спасителя. С некоторым волнением молодой архитектор ехал на свидание со старыми масонами. По рассказам Лабзина, он представлял их строгими и неумолимыми стариками, особенно Гамалея. Но эти ожидания совершенно не оправдались. В Гамалея Витберг нашел человека, исполненного любви и приветливости, хотя и говорившего мало и резко. Новиков с большим интересом отнесся к проекту храма, Гамалея — с большой холодностью. Новиков проявил живость, пламенность идеи, Гамалея — суровость мистика. «Всего лучше, — говорил архитектору Гамалея, высказывая свое суждение о проекте храма, — что вы расположили свой храм в тройственном виде; ежели удастся выработать вам, то это будет хорошо». Он несколько даже скептически относился к увлечению архитектора своим проектом, ценя личное самосовершенствование выше всего. «Ежели ваш проект будет избран, — говорил тоном строгого учителя Гамалея, — не опасаетесь ли вы тогда увлечься так вашими наружными занятиями и исполняя по совести, как верный сын отечества, сложные и трудные должности, что вы принесете им на жертву высшее, нежели чего они достойны?» В этом сказалось пренебрежение Гамалея мирскими успехами и его преклонение перед успехами духа.
Строгость Гамалея сказывалась даже в мелочах: так, например, Витберг не мог уговорить его дать разрешение написать его портрет.
Стоическая строгость Гамалея и те высокие христианские идеалы, которые он приводил в жизнь, побуждали обращаться к нему таких людей, которые сомневались в истине христианской религии. Так, Витберг рассказывает о Карамышеве, первом муже жены Лабзина, что был человеком без веры. Ему советовали поговорить с Гамалея о бессмертии души. Карамышев встретился с Гамалея, будучи уверен в бессилии Гамалея убедить его. Видя перед собой «маленького старичишку», Карамышев в начале беседы едва удерживался от смеха, но затем «презрение мое заменяется вниманием, наконец переходит в уважение и с тем вместе я ему сказал: “Довольно”. Не прошло еще пяти минут, и он уже убедил меня вполне, несмотря на все предрассудки, с коими я пришел» (Записки Витберга, Русская старина, 1872, апрель, стр. 560–568).
Таков был этот один из оригинальнейших представителей старого русского масонства.