27 июня 1899 года в возрасте двух с половиной лет умер их сын Норман. Дети были отравлены. Лишь благодаря усилиям доктора-голландца девочка, Нон, выжила. Но в результате из-за последствий Жанна-Луиза прожила немного – всего двадцать один год, хотя и пережила мать, поскольку умерла в 1919 году. В смерти Нормана обвинили местную прислугу, которая будто бы отравила малыша в отместку за то, что Рудольф наказал ее мужа за какую-то провинность. Впрочем, тут существуют две версии. По одной из них, Маклеод ударил солдата-аборигена, который был то ли мужем, то ли любовником няньки, ухаживающей за детьми. Та из мести отравила детей четы Маклеодов. Служанка отравила пищу детей. Мальчик умер в мучениях, но девочка выжила, хотя отравление и подорвало ее здоровье. Согласно же другой версии, которую исследователи считают гораздо менее вероятной, Рудольф Джон был любовником этой няньки, а детей отравил из ревности ее любовник-индонезиец.
Некоторое время казалось, что смерть мальчика вернет любовь супругов друг к другу. Но и на этот раз семейная идиллия продлилась недолго. Рудольф очень любил сына, чья смерть стала для него тяжелейшим потрясением. Рудольф винил в смерти сына свою жену. Отношения между супругами стали хуже некуда. К тому времени Маклеода перевели назад на Яву. В том, что его убрали из Медана, майор обвинял своего начальника, генерала Диеса. Маклеод полагал, что генерал воспрепятствовал его производству в подполковники.
Маклеоды переехали в Банджу Биру. Маргарета теперь настаивала на разводе. Но в колонии он был сопряжен с большими трудностями. В середине марта 1900 года Маргарета заболела тифом. Надо сказать, что и сам Рудольф был отнюдь не подарок. Будучи алкоголиком, он к тому же иной раз поколачивал молодую супругу и имел любовниц. Впрочем, Маргарета тоже не отличалась супружеской верностью и одно время жила с другим голландским офицером, но потом вернулась к мужу. В письме к подруге она жаловалась: «Мой муж отказывает мне в каких бы то ни было нарядах, потому что боится, что я буду слишком красива. Это невыносимо! Тем временем за мной волочатся влюбленные молодые лейтенанты. Мне очень трудно вести себя так, чтобы у мужа не возникало повода для упреков».
В конце мая 1900 года, когда Маргарета лежала в тифозном бреду, Джон написал своему двоюродному брату в Гаагу письмо на 24 страницах. Подробно описав политическую и военную ситуацию в Восточной Индии, он рассказал и о семейной жизни: «Два с половиной месяца назад Грит заболела тифом. Ее положение становилось все хуже. Забота о маленькой девочке легла на меня. Наше положение было полным убожеством. Десять дней назад Грит наконец-то смогла встать на ноги. Теперь для восстановления здоровья она уехала на кофейную плантацию Крувук, близ Улинги. Достаточно сказать тебе, что нам в день нужно пять бутылок молока, а каждая стоит 30 центов, и ты поймешь, какие тяжелые последствия для наших финансов имела ее болезнь… А потом еще путешествие в Улинги. Малышку я оставил здесь, у себя. Она чудный ребенок, но она постоянно напоминает мне о моем мертвом любимом сыне.
Дорогой кузен, потеря этого прекрасного маленького мальчика сломала что-то во мне, что навсегда останется сломанным. Он любил военную музыку, особенно „Марш Монте-Карло“. И теперь каждый раз, когда его играют, я чувствую боль в моей груди, а мои глаза горят».
Будучи произведенным в майоры еще в 1897 году и потеряв надежду на производство в следующий чин, Маклеод решил выйти в отставку, что и произошло 2 октября 1900 года. За двадцать восемь лет беспорочной службы ему полагалась пенсия в 2800 гульденов. Супруги переехали в Синданглайю, городок между Бейтензоргом (нынешним Богором) и Бандунгом. Там был здоровый горный климат, а цены были низкие. Жить здесь было дешевле, чем в Голландии, но Маргарета стремилась в Амстердам. Ее не привлекала перспектива прозябать в богом забытой индонезийской деревне.
Отношения между супругами дошли до точки кипения. Ни дня не проходило без ссор. Доктор Рулфсема, который с марта 1900-го по июнь 1902 года был военным врачом в той местности, где жили Маклеоды, описал одну из ссор, которую наблюдал в их доме. Маргарета вновь завела речь об Амстердаме и вообще о Европе. Ей очень хотелось в Париж. Маклеод разнервничался и рыкнул на жену: «Черт побери! Если тебе так хочется уехать в Париж, то почему же ты ничего для этого не делаешь, не уедешь и не оставишь меня одного?». Позднее Маргарета так объясняла, почему выбрала именно Париж: «Я думаю, что все много пережившие женщины направляются в Париж».
В марте 1902 года майор наконец поддался уговорам жены, и семья вернулась в Голландию. Они путешествовали на грузовом пароходе, так как Джону приходилось все сильнее экономить. Он снова переехал к своей сестре, тетушке Лавис, которую Маргарета не выносила. Поэтому Маклеодам вскоре пришлось снять себе жилье в Амстердаме, на улице ван Бреестраат, 198, в достаточно зажиточном районе. Но однажды вечером Джон внезапно переехал к другу в Фельп близ Арнема, захватив с собой дочь. Маргарета тотчас отправилась следом. Она поселилась в доме одного из многочисленных кузенов Джона. 27 августа 1902 года Маргарета подала официальное прошение о временном расторжении брака, когда супруги живут раздельно, но юридически остаются мужем и женой. Через три дня суд города Амстердам удовлетворил ее просьбу, нисколько не ограничив ее в правах. Дочь осталась с матерью, и Маклеод должен был выплачивать ей сто гульденов в месяц в качестве алиментов. Но когда 10 сентября настал срок первого платежа, Рудольф вдруг заявил, что денег у него нет. И так ничего и не заплатил бывшей жене и дочери.