Видно, что хотя он был еще в молодых летах, но уже пользовался доверием короля, как человек умный и сметливый. Несомненно, в то время он был верен польской власти. Вскоре с ним случились события, побудившие его удалиться от двора королевского и потом вовсе из Польши.
Рассказывают, что этот молодой человек, по своему времени отлично воспитанный, приобрел при королевском дворе светский лоск и притом, одаренный красивой наружностью, имел способность нравиться женщинам; он завел тайную связь с одной госпожой, но муж последней, подметив это, приказал схватить Мазепу, привязать к лошадиному хвосту и пустить в поле; эта лошадь, еще не обученная и приведенная к господину из Украины, очутившись на воле, понеслась с привязанным к ее хвосту человеком в украинские степи. Козаки нашли его полумертвым от боли и голода, привели в чувство, и он, оправившись, остался между козаками. Другой историк, Стебельский, рассказывает тот же анекдот, прибавляя, что господин, с женой которого был в связи Мазепа, раздел его донага, облил дегтем, обсыпал пухом, посадил на дикую лошадь, привязав его к ней веревками, и пустил на произвол судьбы. Подобное излагается и в истории Отвиновского. Это рассказано подробнее и правдоподобнее в записках Паска, служившего разом с Мазепою при дворе Яна-Казимира и сообщающего несколько сведений о молодости Мазепы. По его известиям, в 1661 году Мазепа, находясь при королевском дворе, оговорил перед королем своего товарища Паска, будто последний, по поручению коронного войска, находившегося тогда во вражде с королем, ездил к войску литовскому подущать его против своего государя. Паска арестовали, разобрали дело, оправдали, и король подарил ему 500 червонцев, а Мазепа был временно удален от двора, но скоро опять был допущен. В следующем 1662 году Пасек, на забывая причиненного ему оскорбления и будучи навеселе, ударил Мазепу, Мазепа схватился за оружие. Бывшие при этом свидетелями придворные не приняли сторону Мазепы, потому что не любили и не уважали его: он был «козак» и в их глазах «не слишком-то благородный» (nie bardzo nobilitowany). Драка во дворце, да еще в преддверии покоев, где находился тогда король, считалась большим преступлением, но король, услыхавши об этом, сказал: «Клевета показывается больнее раны. Хорошо еще, что не столкнулись между собою где-нибудь на дороге». Он призвал к себе Паска и Мазепу, приказал им перед своими глазами обняться и простить друг другу взаимные оскорбления.
На следующий 1663 год Мазепа вышел из Польши, по выражению Паска, со срамом. Пасек описывает в таком виде приключение с чужой женой и ревнивым мужем. На Волыни была у Мазепы деревушка, по соседству с ним жил в своем имении какой-то пан, по фамилии Фальбовский. Проживая временно в своей деревне, Мазепа втерся в дом к Фальбовскому, понравился жене его и стал бывать там часто в такое время, когда хозяина не было дома. Домашние слуги донесли пану, что Мазепа и пани Фальбовская пересылаются между собой записками, а при свидании наедине беседуют. Пан Фальбовский, не сказавши ничего жене, попрощался с нею, как будто отправляясь куда-то далеко, и выехал со двора. Отъехавши немного, он остановился на той дороге, по которой, как ему донесли, Мазепа ездил к жене его. Вдруг бежит обычный посланец с запиской от жены к Мазепе — это был тот самый слуга, который открыл пану о связи его жены с Мазепой. Пан Фальбовский взял у слуги женину записку и прочитал в ней любезное приглашение Мазепе с извещением, что муж уехал в далекий путь. Фальбовский возвратил записку посланцу и сказал: «Поезжай и проси ответа. Скажи, что пани приказала скорее!» Слуга поехал далее с запиской, а пан остался ждать на месте, так как до Мазепина двора оттуда не было и двух миль. Исполнивши свое поручение, посланец ворочался назад с ответною запискою Мазепы, в которой было обещаниеприехать тотчас. Немного прошло времени, как едет и сам Мазепа. Встретились, повидались как добрые знакомые. «Куда едете, ваша милость?» — спрашивал пан Фальбовский. Мазепа назвал какое-то иное место. «Ко мне прошу заехать!» — сказал пан Фальбовский. Мазепа отговаривался тем, что ему надобно спешить в названное им место, и при этом заметил: «Да ведь и вы, пане, я вижу, также куда-то едете». Тут пан Фальбовский хватает Мазепу за шиворот, показывает его записку к своей жене и говорит: «А это что?» Мазепа стал ни жив ни мертв. Он уверял, что едет к нему в дом в его отсутствие в первый раз. «Хлоп! — сказал Фальбовский слуге, который недавно возил к Мазепе записку. — Сколько раз этот господин бывал в моем доме без меня?» Служитель отвечал: «Столько раз, сколько у меня волос на голове». Фальбовский сказал Мазепе: «Выбирай теперь себе род смерти!» Мазепа просил не убивать его и во всем признался. Фальбовский приказал ему раздеться донага, посадил на собственном коне без седла, оборотивши лицом к хвосту, а затылком к голове лошади, приказал связать ему руки назад, а ноги подвязать веревками под брюхо лошади, потом велел коня, пылкого по натуре, напугать криком и ударами плети да вдобавок произвести у него над самыми ушами несколько выстрелов. Испуганный конь понесся во всю прыть домой по узкой тропинке, которая шла зарослями посреди шиповника, диких груш и терновых кустов. Даже и тот, кто бы держал поводья в руках, должен был, едучи по этой тропинке, беспрестанно нагибаться и уклоняться от колючих растений, иначе могла задеть его по голове ветка или разодрать платье, а каково то было, говорит описатель, голому, посаженному задом к конской голове, сидеть на коне, когда тот от испуга и боли летел что есть духу!.. Мазепу, когда он выехал из дома, провожало двое или трое служителей, но пан Фальбовский не пустил их с господином, чтоб они не могли спасать его. Конь донес Мазепу до ворот его двора еле живого. Мазепа кричит, зовет сторожа; сторож, послышавши голос хозяина, отворил было ворота, но как увидал на коне пугало, тотчас затворился и спрятался. Мазепа зовет дворню: дворня выглядывает из-за дверей и только крестится. Мазепа уверяет людей, что он их господин, но они ему не верят, и с большим трудом мог он объясниться с ними, пока его впустили во двор, прозябшего и исколотого до крови.
Пасек, личный недоброжелатель Мазепы, говорит, что именно после этого происшествия он покинул навсегда Польшу от стыда. Но летопись Величка, сообщающая между прочим, что Мазепа поступил ко двору Яна-Казимира уже после того, как обучался в Киеве риторике, а потом где-то философии и при своих природных способностях получил всестороннее образование («яко был беглец во всяких речах»), говорит, что Мазепа оставил придворную службу тогда, когда король Ян-Казимир предпринял поход с войском налевую сторону Украины под Глухов и на пути остановился в Белой Церкви, следовательно, в конце 1663 года. Здесь Мазепа отклонился от войска короля и остался при своем старом отце, жившем в своем имении, в селе Мазепинцах. Когда Павло Тетеря, считавшийся с польской стороны козацким гетманом, убежал в Польшу, а козацким предводителем стал Петро Дорошенко, Иван Степанович Мазепа пристал к последнему и тотчас обратил на себя его внимание своими способностями и ловкостью («для своей росторопности и цекавости»). Сперва он сделан был ротмистром гетманской надворной компании, потом получил чин писаря. Будучи у Дорошенка, Мазепа вступил в брак с богатою вдовой Фридрикевич, у которой от первого брака был сын по имени Крыштоф. Брак этот совершился в Корсуне. Нам неизвестно, какое имя носила его жена по родителям, но она была родственница прилуцкому полковнику Горленку.