Постепенно становясь покровителем просвещения, Мазепа разбирался и с другими внутренними проблемами. Главной для него оставались запорожцы. Мы уже отмечали, что Мазепа имел все основания их, мягко говоря, не любить. В письмах в Москву он не скрывает своего отношения к вольной Сечи: «…они запорожцы в своих речах всегда многословны и непостоянны»[166].
Надо здесь напомнить, что только после Вечного мира Запорожье попало под юрисдикцию московского царя. Вольное рыцарство совершенно не освоилось с этой новой ситуацией, а точнее — трактовало ее по-своему. За годы Руины у запорожцев утвердилась практика постоянной смены политической ориентации. В этом же ключе они продолжали действовать и теперь. Политика Мазепы, стремившегося навести порядок в своих владениях, их совершенно не устраивала. Запорожцы постоянно требовали от царя, в лице гетмана, денег за свою «службу», кроме того, при каждом удобном и неудобном случае желали лично ехать в Москву, где надеялись получить дополнительные награды. Чтобы не ссориться с запорожцами открыто, Мазепа был вынужден выдавать приезжавшим деньги[167], отсылая их к царю. Кроме того, он отправлял им «хлебные запасы», причем запорожцы, по его словам, даже не желали сами их забирать, а требовали, чтобы подводы доставлялись в Запорожье[168]. Мазепа часто жаловался, что запорожцы писали ему «зело непотребные слова и выговоры свои…»[169].
Вообще гетман не доверял Низовому войску и, как подтвердило время, был в этом совершенно прав. Показательно, что уже в марте 1688 года, когда запорожцы спрашивали его, как будет осуществляться поход на Крым, Мазепа «ничего к ним запорожцом на то не отписал»[170].
Исполняя решение Коломакских статей, Иван Степанович приступил к строительству порубежной крепости, которая должна была служить преградой татарским набегам, базой для будущих крымских походов, а также форпостом против запорожцев. С задачей Мазепа справился блестяще, впервые проявив свои способности военного стратега. 14 июня 1688 года он с отрядом вышел из Батурина и пришел на реку Самару, где выбрал удобное место — в пяти верстах от Днепра, «с доступом кораблей, запасом дров и трав». Здесь была заложена Новобогородицкая крепость, ставшая основой современного Днепропетровска. Проект был выполнен голландским инженером полковником Вазалем. Это строительство запорожцы не без основания оценили как обиду и «убыток»[171]. Строительство шло полным ходом. Сам гетман оставался в «таборе под Самарой». В конце июля он уже докладывал, что «в первых числех августа та крепость станет в своем совершенстве»[172].
Запорожцы не сразу полностью осознали всю угрозу своей «вольности», исходившую от новой крепости. В течение лета они только роптали, а в сентябре уже «в безумии своем кричали» на воеводу Г. И. Косагова из-за строительства города[173]. Мазепа не без злорадства писал: «…учинив к Самаре поспешение прилежным поспехом тот город сделали что запорожцы и осмотретца не могли». Теперь Новобогородицкой город уже «принел свое совершенство»[174]. В октябре по подробнейше разработанному Мазепой плану компанейский полковник И. Новицкий совершил удачный поход на Очаков[175].