Уже самые первые полеты показали, что, несмотря на внедренные в конструкцию Ме 163 полсотни изобретений, защищенных патентами, самолет не был лишен многочисленных недостатков. Прежде всего, это касалось отсутствия закрылков — без них самолет при посадке, даже на лыже, мог скользить по бетонке практически целый километр. Дальнейшие безмоторные полеты показали, что на скорости 360 км/ч возникает флаттер руля направления, а на 520 км/ч — флаттер элевонов. Правда, справиться с этими неприятными явлениями удалось довольно быстро — путем перебалансировки управляющих поверхностей. Стоит отметить, что именно схема управления самолетом бесхвостой схемы, защищенная патентом № 55811, по мнению Липпиша, являлась самым важным изобретением, внедренным на Ме 163. Она позволяла управлять самолетом, не прилагая чрезмерных усилий, и обеспечивала хорошую курсовую устойчивость машины. В дальнейших испытаниях в планерном варианте Диттмар смог развить на Me 163V4 скорость 850 км/ч (в пикировании).
Ме 163A V4 в полете. В начале августа 1941 года самолет еще не был оснащен ракетным двигателем.
Ме 163А V6 (CD+IK), Ме 163А AV8 (CD+IMI и Ме 163А AV10 (CD+IO) готовятся к полету.
Удачный в целом ход программы Ме 163 едва не был сорван победами германской армии. Успехи, достигнутые летом 1941 г. в ходе операции «Барбаросса», позволяли предполагать, что конец войны не за горами. В связи с этим Гитлер отдал распоряжение о сокращении финансирования разработок оружия, не имеющего шансов принятия на вооружение в течение ближайших 18 месяцев. Поэтому рейхсминистерство авиации сократило заказ на постройку прототипов Me 163, причем только V4 и V5 предполагалось испытать в полете, а ещё два экземпляра предназначались для наземных испытаний.
Куратором «Проекта Х» со стороны рейхсминистерства авиации был генерал-флюгцойгмейстер Эрнст Удет. Летом 1941 г. он посетил завод в Аугсбурге с целью ознакомления с прогрессом в работах. На аэродроме Хаунштеттен Удет наблюдал скоростные испытания Ме 163А. Между ним и Липпишем состоялся интересный разговор. Удет, пораженный скоростями, достигаемыми самолетом и его пилотажными качествами, допытывался — что за бесшумный двигатель установлен на Ме 163? Когда Липпиш сообщил, что на самолете силовая установка вообще отсутствует, Удет не поверил, пока лично не осмотрел Me 163V4.
Дававший пояснения пилот Х. Диттмар сообщил генералу, что Ме 163 должен получить ракетный двигатель. Это буквально вывело Удета из себя — после фиаско с Не 176 он считал, что ракетная авиация не имеет перспектив для развития. Однако генерал быстро остыл, и под влиянием увиденного пообещал свою поддержку «Проекту Х». Надо сказать, свое слово Удет сдержал, дважды спасая группу Липпиша от урезания бюджета, грозившего закрытием программы. Это привело к охлаждению отношений между Липпишем и Мессершмиттом — ведь судьба программы создания Ме 262 вообще повисла на волоске из-за постоянных проблем с доводкой ТРД BMW 003. Вилли Мессершмитту, чтобы пробить хоть какое-то финансирование для своего проекта, пришлось начать не особо полезные испытания Me 262V1, оборудованного поршневым двигателем Jumo 210G. Липпиш, заинтересованный в дальнейшем сотрудничестве с Мессершмиттом, предложил было переделать этот самолет под два ЖРД, но предложение было отвергнуто — оно требовало полной переделки мотогондол, а значит, и выигрыш во времени по сравнению с турбореактивным вариантом мог оказаться нулевым. Как раз в то время на Мессершмитта обрушился шквал упреков, связанных с невысокими эксплуатационными характеристиками Bf 109 (при эксплуатации в полевых условиях на Восточном фронте эти самолеты страдали от многочисленных поломок шасси), а создание нового «церштерера» Ме 210 также сопровождалось массой проблем. В такой ситуации приоритет в финансировании «сторонней» программы Me 163 перед собственной Me 262 отнюдь не способствовал нормальным отношениям Мессершмитта с Липпишем, и вскоре общение между двумя конструкторами практически прекратилось.