На следващия ден Шарл VIII и френската армия се изтеглят от Флоренция, като просто отказват да изплатят сметките, които са натрупали, и отнасят плячка на стойност 6 000 флорина от двореца Медичи. Целият град си отдъхва облекчено.
Смелите жестове са едно, но много бързо става ясно, че гонфалониерът и неговата Сеньория вече не са истинските управници на Флоренция, тъй като сгромолясването на политическата машина на Медичите оставя структурна празнина в градската администрация. Няма кой да ги съветва за политиката и трябват няколко работещи комисии, които да я управляват. Сред тази празнина става ясно, че гражданите на Флоренция получават заповеди от друго място. Проповедите, които Савонарола изнася от амвона с разпятие в ръка, се превръщат в заповеди. Разказват, че неделните му проповеди са посещавани от 14 000 души, като паството изпълва катедралата и всички заобикалящи я площади.
Положението във Флоренция е променено както никога досега. Сега, когато Савонарола има власт, не става дума за политика, а за подчинение на диктата на духа и населението, уморено от маниакалния си материализъм, много лесно се вслушва в неговия призив: „Трябва да промените живота си!“ В действителност е извършена една безкръвна революция и с доброволната помощ на Сеньорията Савонарола се заема да установи демократично управление. То се основава доста свободно на венецианския модел, който се е доказал като много устойчив, за разлика от флорентинския, който е постигнал по ирония на съдбата спокойно управление, само когато е бил покварен, и то през по-голямата част под властта на Медичите. В миналото опитите на Флоренция за една по-широка демокрация се оказват безнадеждно неуправляеми, но този път управлението е въведено от Сеньорията под влияние на Савонарола и е всепризнато като най-демократичното, което градът е имал някога. То бързо се заема с поредица от реформи: данъчната система се променя из основи, за да бъде по-справедлива към не толкова богатите членове на обществото. Избирателно право получава всеки на възраст над тридесет години, който принадлежи към семейство, чийто представител е бил някога в управлението. Дава се широка политическа амнистия, позволяваща на много изгнаници да се върнат в домовете си, в това число и на по-маловажни представители на фракцията на Медичите. Подобна демокрация е единствена по рода си за Италия през онази епоха и може би е щяла да се окаже устойчива, ако не са й противодействали два фактора. Новата демократична Флоренция бързо започва да трупа врагове, а и Савонарола има планове, които се простират отвъд демократичните реформи.
Огласената цел на Савонарола е да създаде „Божи град“, който да предизвика „пречистването на Италия“ от всякакво лично, политическо и църковно зло. Флорентинци дълго таят вярата, че са избраният народ на Италия и граждани на новия Рим, а крясъците на Савонарола събуждат тази дълбока народна вяра. Монахът проповядва нов „световен мир“, призовава гражданите да дават милостиня на бедните и дори настоява църквите да дарят своето сребро и злато. В изблик на радостно духовно вдъхновение той обявява: „О, Флоренция, не мога да ти опиша онова, което е в сърцето ми, защото не си готова да го понесеш.“ Групи от облечени в бяло деца са изпратени по улиците да пеят химни и да събират милостиня за бедните — на тези „благословени невинни, минаващи по улиците, трябва да се дават всички украшения и бижута, всички скъпи дрехи, огледала, езически книги и идолопоклоннически картини“. Застанал на амвона с разпятие, вдигнато към небесата, Савонарола настоява всички неща, които „не са нужни за живота“, да бъдат отречени.