В същото време на друго място в Италия се случват бурни събития. След като напуска Флоренция, армията на Шарл VIII продължава похода си на юг към Неапол, където Алфонсо II мрачно чака в двореца си. Разкъсван от лоши предчувствия и кошмари, той започва да халюцинира, като си представя, че самите камъни под краката му плачат от страх, и накрая избягва в един манастир в Сицилия. На 22 февруари 1495 година Шарл VIII и армията му влизат без никаква съпротива в Неапол, като минават в победоносно шествие по улиците сред угоднически приветстващите ги тълпи. След три месеца, седнал на трона и хванал меча на Карл Велики, Шарл VIII надлежно е коронован за крал на Неапол. Правят всичко, за да може да се почувства като у дома си, и много скоро на него толкова му харесва, че изоставя идеята да продължи напред и да предяви претенции към трона на Йерусалим. Удоволствията му са почти детински: дворцовите художници са наети да рисуват похотливи портрети на върволицата от негови любовници, картините са подвързани в книга и кралят я преглежда, за да реши на коя или кои да спре избора си за деня.
Но не всички в Италия приемат Шарл VIII и привидно непобедимата му армия. По пътя си на юг кралят безпрепятствено минава през Папската държава, но това не означава край на папската опозиция. Плешивият и дебел Борджия под името папа Александър VI вече трупа популярност като „Нерон сред папите“ и в покварата си стига дотам, че дори го подозират в кръвосмесителна връзка с дъщеря му Лукреция. Но той е истински Борджия и в безскрупулната си непоколебимост. Възползва се от своето положение на водач на християнския свят и призовава за Свещена лига, която да се бие срещу Шарл VIII и да го прогони от Италия. Императорът на Свещената римска империя Максимилиан I обещава помощ, към него се присъединява и Алфонсо II, който вече е избягал в родната си Испания и убеждава испанския крал да подкрепи лигата. Към тях не закъснява да се присъедини Лодовико от Милано, който вече горчиво съжалява, че е поканил французите в Италия. Само Флоренция отказва да се присъедини, Савонарола не иска да чуе и дума срещу Шарл VIII, на когото все още гледа като на „Божие оръдие“, а Сеньорията от своя страна смята, че при дадените обстоятелства договорът на Флоренция с Шарл VIII е в сила. Това означава, че републиката е изолирана в Италия и че търговията й зависи от Франция, което не е чак такава пречка, защото Франция е богата и южният й бряг се намира на около сто и четиридесет километра от Тоскана през Генуезкия залив.
През лятото на 1495 година Шарл VIII напуска Неапол и поема по дългия път обратно към Франция, голямата му армия се влачи по хълмовете, следвана от кервани с мулета, натоварени с плячка, а след тях вървят разнородните групи, сподирящи войниците. Сред тях са и преносителите на загадъчна нова болест, известна в наши дни като сифилис, с която френските войници се заразяват в Неапол. Тя почти със сигурност е донесена в Европа от моряците, завръщащи се от Новия свят, открит едва три години по-рано. Войската на Шарл VIII е виновна за първоначалното разпространение на тази обезобразяваща, нелечима и предавана по полов път зараза, която по същата причина е наречена първо „френска болест.“
Дотогава Свещената лига събира могъща армия под предводителството на маркиза на Мантуа Гонзага и през юли тя се сблъсква с френската край бреговете на река Таро, под стените на Парма. Резултатът е ожесточена и кръвопролитна битка, която бързо се превръща в погром, когато френските оръдия и кавалерия обръщат в бяг наемниците. Въпреки това маркизът на Мантуа настоява, че той е победител, тъй като успява да отклони и да плени половината от кервана с плячката на Шарл VIII, включително и меча на Карл Велики. Междувременно другата половина от мародерите след френската армия тичат из изоставеното бойно поле и прерязват гърлата на ранените, докато търсят нещо ценно.
Папа Александър VI се опитва да окуражи Флоренция да се присъедини към Свещената лига и изпраща сърдечно писмо до Савонарола, в което го кани в Рим, за да разясни своите чудотворни видения и пророчества лично на своя господар папата. Савонарола може да е свят праведник, но не е свят глупак — няма желание доброволно да се предаде в ръцете на човек като Александър VI. Помощник-абатът на „Сан Марко“ благодари на понтифекса за милото му писмо, но обяснява, че не е в състояние да го посети, защото е болен.