Месеците се нижат и Флоренция постепенно все по-стабилно се превръща в Божи град. Една след друга съпруги и дъщери дават обет и постъпват в манастири, а на публични места никоя не се осмелява да носи перуки или дрехи с ярки цветове. Всички, които държат на общественото си положение в новото общество, правят така, че редовното им присъствие в църквата да бъде забелязано, но скоро става ясно, че не всички граждани на Флоренция подкрепят Савонарола. Групичките от облечени в бели одежди пеещи деца все по-често срещат в по-тесните улички недоволни граждани, които отказват да се отместят и да ги пуснат да минат. Някои вече не искат да се отказват повече от своите „излишни вещи“ и „суети“. Сред знатните семейства тази опозиция се съсредоточава около една група, нарекла се „arabbiati“ („ядосаните“). Представителите й наричат последователите на Савонарола „capernostri“ („кимащите“, т. е. онези, които непрестанно свеждат глави и редят молитви) и ги оприличават на „сополанковците“ от трудовата класа. Но поддръжниците на Савонарола не са само сред „малките хора“ и обикновените търговци. Както видяхме, мнозина от Сеньорията, а също и хуманистите Пико дела Мирандола и Полициано, дори художникът Ботичели са дълбоко развълнувани от проповедите му. Те със сигурност се подчиняват на призива на Савонарола да „променят живота си“, както го правят и голяма част от флорентинските граждани в началото. Много хора обаче започват да прозират, че не е толкова лесно, ако трябва да продължат да вършат ежедневните си дела и да поддържат търговията, от която зависи благоденствието на града. Изглежда невъзможно да водят духовния живот, който изисква от тях Савонарола и същевременно да продължават с належащите дела на търговията и изкарването на пари, за да живеят — двете изглеждат несъвместими.
Започват да се прокрадват и съмнения относно подкрепата на Савонарола към Шарл VIII, който се отрича от обещанието си да върне на Флоренция окупираните от него земи. Пограничните градове, които превзема, са продадени на враговете на Флоренция от другата страна на границата. Генуа и Лука с готовност плащат за укрепените градове на север, а Сиена за гарнизонните крепости на юг. Пиза просто е оставена да се оправя сама, при което тя обявява своята независимост и веднага влиза в Свещената лига, за да бъде защитена. Тосканските територии на Флоренция не са защитени, а търговията на града започва да страда.
През първите години опозицията във Флоренция до голяма степен остава скрита, въпреки че избухват шумни безредици по време на проповедите на Савонарола и има дори два несръчни опита да го убият. Същевременно „ядосаните“ изпращат делегация в Рим и умоляват папата да се намеси. През 1496 година Александър VI отговаря по начин, който владее най-добре: опитва се да подкупи Савонарола, като му предлага кардиналска шапка, на което монахът надменно отвръща, че желае само шапка, „почервеняла от кръв“. Някои виждат в това препратка към мъченическа смърт. Нима в пламенните си видения Савонарола вижда своя край? Или пожелава тази съдба за себе си? Или може би постепенно осъзнава, че това е единственото, което го очаква, което ще го превърне в светец и посмъртно ще подпомогне каузата му? Което и предположение да е вярно, тези възможности със сигурност все по-често и по-ярко изникват в съзнанието му.
През 1497 година в началото на Великите пости управлението на Савонарола достига своя зенит с прочутата „Клада на суетата“. Този път групичките от „благословени невинни“ са придружени от въоръжена стража и са изпратени из целия град, за да събират всички „суети“, които могат да открият, а после ги трупат на една голяма пирамида на площада на Сеньорията. В основата на пирамидата са поставени перуки, фалшиви бради, гърненца с руж, парфюми и дрънкулки. Следва купчината „езически книги“: произведения на древногръцките философи, книги със стихотворенията на Овидий, Бокачо и Петрарка, писания на Цицерон и Полициано. Над тях са рисунки, бюстове и картини на скверни теми, включително и няколко работи на Ботичели. По-нагоре са натрупани музикални инструменти — лютни, виоли и флейти; после идват скулптурите и картините на голи жени, а още по-високо фигурите на древни богове и герои от древногръцките легенди. Най-отгоре е поставена ужасяваща статуя на Сатаната с кози копита, остри уши и малка брадичка, макар че според един разказ Сатаната се явил в образа на венециански търговец, предложил да откупи всички произведения на изкуството за 22 000 флорина. Търговецът е прогонен, но предложената от него цена говори за стойността на произведенията на изкуството, за които става дума, защото дори по времето на Лоренцо Великолепни много малко художници получават повече от една стотна от тази сума за своя работа.