На последния ден от карнавала преди Великите пости Кладата на суетата е запалена, а събралата се Сеньория гледа от балкона на двореца. Пушекът и пламъците се издигат от огромната клада, която вече е достигнала осемнадесет метра височина и е широка почти тридесет метра, а събралата се тълпа пее „Те Deum Laudamus…“ („Тебе, Боже, хвалим…“) и други латински псалми.
По това време Флоренция вече е разделена и по думите на един съвременен хронист, флорентинския търговец на коприна Лука Ландучи, мненията „за“ и „против“ Савонарола „разделят бащи и деца, съпрузи и съпруги, братя и сестри“. Но онова, което започва като трагедия, навлиза в сферата на фарса. Малко след края на Великите пости в града се разпространява новината, че Пиеро де Медичи е напуснал Рим с благословията на папата и се е оправил към Флоренция, начело на колона от 1 300 въоръжени наемници. Пиеро вижда своята възможност да си върне властта, окуражен от новите разцепления в града и от това, че новият гонфалониер Бернардо дел Неро е таен симпатизант на Медичите. Но много грешно е преценил възможностите си, защото дори и сред онези, които са против Савонарола, малцина желаят връщане към политически по-ограниченото време на Медичите. Гонфалониерът Бернардо дел Неро правилно преценява настроенията в града и просто отказва да отвори портите пред Пиеро и хората му. Така че Пиеро решава да направи лагер пред градските стени и да чака всенародния бунт, за който уверява хората си, че ще се случи. Но наемниците решават, че са чакали прекалено дълго и просто се връщат обратно в Рим.
Унижението е твърде голямо за Пиеро, който след завръщането си в Рим се отдава на развлечения. Един някогашен негов сътрапезник описва ежедневието му така: Пиеро става по обед и се заема с дълъг и обилно полят обяд, след това пак си ляга, придружен от проститутка от мъжки или женски пол в зависимост от настроението му през деня. След енергичните удоволствия започва да играе хазарт със своите приятели и продължава до късно през нощта, когато компанията прави бурна обиколка на най-презрените пивници и бордеи в града, прибира се пиян по изгрев-слънце, когато почтените гражданите са на път за работа. През 1503 година Пиеро Злочестия е застигнат от подхождащ му злочест край — докато се опитва да прекоси река Гариляно с лодка, тя се преобръща и той се удавя. Така двадесет и осем годишният кардинал Джовани става глава на изпратения в изгнание род Медичи.
През юни 1497 година Александър VI най-накрая издава папска була, с която отлъчва Савонарола от църквата, но нито един папски пратеник не се осмелява да влезе в града, за да представи булата, а монахът не обръща внимание на отлъчването си и продължава да проповядва както досега. Мнозина са потресени до дъното на душата си, когато виждат отлъчения от църквата доминиканец да отслужва литургия в катедралата и със сигурност поне веднъж сред паството настъпват безредици, последвани от още един нескопосан опит за убийство. Сеньорията е толкова ядосана от развилите се събития, че забранява на Савонарола да проповядва.
Флоренция тъне в размирици — обявява война на Пиза и прави опит да си върне града със сила, но провалът струва скъпо. Градската хазна е празна и когато реколтата през лятото е поразена, населението започва да страда от недостиг на храна, бързо плъзват слухове, че хора умират от глад, а после, че двама души умират от чума край брега на реката в района Онисанти. Групите от пеещи химни деца сега са шпиони, бродещи по улиците и търсещи доказателства за ерес, както и разпространители на болестта. Вратите се затръшват пред тях, а въоръжените им пазачи са обсипвани с предмети и отпадъци и дори още по-мръсни неща през прозорците на горните етажи на жилищата.
В началото на 1498 година нещата стигат връхната си точка. Доминиканският помощник-абат на „Сан Марко“ е предизвикан от съперниците си францисканци, останали верни на папата. Те настояват Савонарола да докаже особените си отношения с Господ, като се подложи на изпитание чрез огън, заедно с един от техния орден. Само ако Савонарола мине невредим с боси крака по пътеката от горящи съчки, ще докаже, че е бранен от Бога. Ако успее, има пълното право да управлява града, ако се провали, тогава трябва да замине в изгнание. Сеньорията отново е бясна, защото прибягването до подобни средновековни практики е позор за цивилизован град като Флоренция, защо просто не предизвикат Савонарола да мине по река Арно. Францисканците остават непреклонни и надлежно избират един от своите събратя, но Савонарола отхвърля предизвикателството, при което един от най-ревностните му последователи Фра Доменико да Пеша се съгласява да го приеме вместо него.