В уречения ден по цялото протежение на площада на Сеньорията е направена пътека от горящи съчки, членовете на съвета с неохота се събират на балкона, докато тълпата изпълва площада, а от всеки прозорец надничат глави, докато двамата свещеници се приготвят за изпитанието. Настъпва известно забавяне, когато двете страни започват да спорят дали двамата участници имат право да носят в ръцете си дървени разпятия, тъй като се страхуват да не би да бъде извършено светотатство, ако кръстовете бъдат обгорени. Тогава посред напрегнатия теологичен спор, небето се отваря и порой изгася пламъците. Изпитанието се превръща във фарс и всички с нежелание се прибират по домовете си.
Нещата достигат връхна точка на следващия ден, когато е Цветница. Един от учениците на Савонарола се опитва да изнесе проповед в катедралата и е прогонен от разгневената тълпа. Ученикът и последователите му сред паството побягват и се барикадират в манастира „Сан Марко“, а преследвачите им се събират отвън. С напредването на деня тълпата, заобиколила „Сан Марко“, става все по-многобройна и по-разгневена. Водачите й настояват да бъде предаден помощник-абатът Савонарола, за когото знаят, че е вътре. Тогава „ядосаните“ вадят някакви изстрелващи съоръжения и обсадни стълби, за да се прехвърлят през стените. Вътре Савонарола заповядва на свещениците да се въздържат от насилие, но напразно. Със свещници и тежки разпятия монасите отчаяно удрят онези, които се изкачват по стълбите. Един ядосан немски монах започва да стреля с аркебуз по тълпата, което само още повече вбесява обсаждащите. Грубиянските сблъсъци продължават и след спускането на нощта, като стават все по-неконтролируеми, докато към два сутринта тълпата най-после не изгаря дървените врати на манастира и не нахлува, Откриват Савонарола в килията си да се моли. Няколко въоръжени мъже веднага го залавят и го измъкват навън. След това го превеждат през дюдюкащата и оплюваща го тълпа към площада на Сеньорията, където го повличат по стъпалата на кулата и го заключват в „малката странноприемница“. Изминали са само шестдесет и пет години, откакто същата съдба е сполетяла Козимо де Медичи, събитие, дало началото на златната ера, чийто горчив край предстои.
На следващия ден преместват Савонарола в печално известното Барджело и тъй като той не може да върви заради тежките окови на краката и ръцете си „двама мъже кръстосват ръце и го пренасят“. След като го вкарват в Барджело, го подлагат на изкусното и болезнено флорентинско мъчение, известно като „стрападо“. Китките на жертвата са вързани зад гърба й с каиши, които пък са завързвани с въже, прекарано през скрипец. После той е вдигнат от земята, а цялата му тежест е поета само от китките, извити силно зад гърба му. Тогава отпускат въжето, така че измъчваният да падне главоломно почти до пода. Сътресението от болката е ужасяващо, като съществува възможност ръцете му да се извадят от ставите.
След четири пускания със „стрападото“ Савонарола не издържа и признава ересите, в които го обвиняват. Но щом го освобождават от каишите и го изправят на крака, незабавно се отказва от признанията. Ужасяващото мъчение е повторено няколко пъти, докато Савонарола вече не е в състояние да се откаже от своите признания. Тогава го осъждат на смърт заедно с двама от учениците му, в това число и верния Фра Доменико, който винаги е бил готов да умре за него.
Тъй като Савонарола е свещеник, официално може да бъде съден и осъден само от църковен съд, така че флорентинските власти искат от Рим разрешение да изпълнят присъдата. Папа Александър VI решава, че е време със закъснение да наложи властта си, и настоява Савонарола да бъде съден от негови представители. Двама папски пълномощници заминават за Флоренция, за да водят процеса, макар че по-късно един от тях споделя, че „пристигат във Флоренция с присъдата в гърдите си“. Савонарола надлежно е подложен на мъчения и отново осъден, трябва да бъде обесен с двамата си ученици, а телата им провесени на вериги на площада на Сеньорията, после труповете да бъдат изгорени. Това се случва на 23 май 1498 година сутринта, на същото място, където само година преди това Савонарола осъществява своята Клада на суетата. По думите на свидетеля Ландучи, „когато обесиха и тримата, запалиха огън на платформата, която бе посипана с барут, и го подпалиха, така че огънят избухна с пукане и свистене. След няколко часа бяха изгорели, краката и ръцете им постепенно падаха. Част от телата им останаха да висят на веригите и бяха замеряни с камъни, за да паднат, тъй като се страхуваха някой да не ги прибере.“ След това изгарят костите на пепел. „После докараха каруца и хвърлиха и последната прашинка в река Арно през Понте Векио, за да няма останки, които да бъдат открити. Независимо от това няколко добри хора имаха толкова силна вяра, че въпреки страха тайно събраха част от носещия се по реката прах, защото той струваше колкото човешки живот, затова и властите бяха твърдо решени да унищожат всяка реликва.“ Но това не е последният път, в който Флоренция чува за Божия град.