Страшния съд, Микеланджело
Изненадващо е обаче, че Климент VII е много добре запознат с тези идеи, а дори още по-изненадващото е, че силно им симпатизира. Знае се, че секретарят му Йоханес Видманстад запознава папата с идеите на Коперник и дори изнася лекция за новото учение за вселената в градините на Ватикана, на която присъстват Климент VII и редица от висшите му сановници. Съдържанието на лекцията е взето от „Малък коментар“ на Николай Коперник, който се разпространява от ръка на ръка и съдържа „За въртенето на небесните сфери“. Коперник изказва предположение, че движението на звездите и планетите най-добре може да бъде обяснено с едно неподвижно слънце, около което земята и другите планети се въртят, като само луната се върти около земята. Тази теория има големи последствия, тъй като означава, че земята, а следователно и човекът, не са центърът на Божието творение. Средновековното виждане, че човекът е микрокосмосът на макрокосмоса (вселената) вече не се поддържа, изобилието от тълкувания на това виждане и смисълът, който придава на човешкото съществуване, изчезват за миг. Теорията на Коперник е важна и с това, че е първото голямо предизвикателство срещу идеите на класическата епоха, които отново се появяват по време на Ренесанса. Тази нова теория отваря път към един непознат досега начин на мислене, почиващ на наблюдението и опита и поставящ основите на научното мислене.
Климент VII с лекота приема идеята за хелиоцентризма на Коперник и привидно не открива никаква заплаха за своята вяра в нейните твърдения, неговият ренесансов хуманизъм е отворен за подобни напредничави теории. По ирония на съдбата именно Лутер отхвърля Коперник, защото макар и Реформацията да представлява движение срещу потискащата хегемония на Църквата, същевременно запазва много от идеите на ранното християнство. Протестантството, което се ражда от Реформацията, запазва непокътнати много средновековни разбирания за вярата и знанието и когато идеите на Коперник се противопоставят на тези на Аристотел, Лутер твърдо застава на страната на Аристотел.
Във времето преди да стане папа, Климент VII е близък с Леонардо да Винчи. Бил е прекалено малък, за да е свидетел на предполагаемия престой на Леонардо в двореца Медичи във Флоренция, но със сигурност познава художника от времето на относително дългото му пребиваване в Рим, което започва в началото на понтификата на Лъв X през 1513 година, когато новият папа настанява Леонардо в личните си покои във Ватикана. Годините не са добри за Леонардо, който вече минава шестдесетте и се превръща в един сърдит старец. Страда от хипохондрия, която само се утежнява от силното му недоверие към лекарите. Леонардо изпитва и силно подозрение към двамата немски помощници, които Лъв X му дава, защото е убеден, че крадат идеите му. От своя страна те докладват на папата, че Леонардо се занимава с черна магия, което не е точно така, но помощниците му са убедени в правотата си. Всъщност Леонардо изучава анатомия, но дисекцията на трупове не е нещо, което Църквата би желала да насърчи, така че Лъв X забранява на художника да я извършва. Съществува вероятност Леонардо да изпитва колебания по въпроса за своя младежки, но необявен открито атеизъм. Дневниците му са изпълнени с изображенията на потопи, които са продиктувани от лошите му предчувствия, свързани с втори потоп, който „Божият гняв ще излее върху човечеството“. Дори внушителен ренесансов ум като Леонардо е уязвим, когато става дума за религия. Хуманизмът на Полициано, Пико и Ботичели е крехък и те са покорени от Савонарола. Леонардо обаче изглежда е покорен от собственото си съзнание или от чудатостите на своята психология. През този период простият огледален шифър, използван от него, за да води дневниците си, се превръща в по-сложен шифър, като същевременно дори и някои от най-ясните му записи остават двусмислени. Един особено интригуващ откъс от това време гласи „i medici me crearono edesstrussono“, който обикновено се превежда като „Медичите ме създадоха и унищожиха“. Би било доста показателно, ако това е истинското мнение на Леонардо за Медичите, а и човек се чуди как може да са го унищожили. Дали не става дума за временно раздразнение, продиктувано от забраната на Лъв X върху дисекциите, или пък е обмислена преценка? Проблемът е, че думата medici е множественото число на medico, което на италиански означава „лекар“, и това значение изглежда по-правдоподобно. Широко известното недоверие на Леонардо към лекарите като нищо може да го е накарало да си мисли, че те го унищожават, или пък, ако раждането му е било трудно, тогава може да е смятал, че лекарите са го „създали“, но дори и в този случай тълкуванието остава спорно.