Козимо и съветникът му Гучардини са твърдо решени това да не се повтаря и започват да преследват всички врагове в изгнание. След седем години Лоренцино де Медичи е промушен с намазан с отрова кинжал във Венеция, а останалите членове на родовете Строци, Паци и други изгнаници започват непрестанно да се страхуват за живота си. Във Флоренция Козимо бързо установява своята неограничена власт. Не му трябва много време, за да реши, че вече не се нуждае от съветите на Гучардини и съветникът е насърчен да се оттегли в провинциалната си вила край Арчетри на юг от столицата. През остатъка от живота си Гучардини написва произведението, с което се помни и в наши дни — „История на Италия“ е един от основните ни извори за историята на епохата, в която е живял. В него авторът изненадващо се разкрива като патриций, който вероятно в основата си вярва в демократичното управление по древногръцки модел, такъв, какъвто го познава от хуманистическото си образование. Заключенията на Гучардини носят в себе си белезите на прозрения, натрупани от човек, служил като посланик и близък съветник на двама папи (Лъв X и Климент VII), както и съветвал двама владетели (Алесандро и Козимо). Поради това „Историята на Италия“ е не само по-достоверна, но преценките й далеч превъзхождат тези на Макиавели, който е негов съвременник. Гучардини не е съвсем съвестен, нито в живота си, нито в своята „История“, но пък съветите и произведението му не са макиавелиански. Въпреки това Козимо решава да възприеме макиавелианския подход, независимо от съветите, които е получавал от своя някогашен наставник. Флоренция се нуждае точно от това, ако иска да оцелее в света на италианската политика от шестнадесети век.
Козимо е твърдо решен да се наложи като владетел на Флоренция, а не просто да управлява града — едва доловима, но съществена промяна. В миналото онези, които управляват града, добре или зле, се очертават по-скоро като водачи, отколкото като владетели. Те са глави на ефективен партиен апарат, който ги поддържа. Херцогът на Флоренция Козимо се налага като суверенен владетел, подкрепян от изпълнителен и професионален административен апарат, състоящ се от учреждения, а не от съвети. И тук промяната е едва доловима, но е огромна. В миналото управлението е съставено от крила, които се борят за власт, а сега се превръща в един монолитен административен апарат. Преди управниците на Флоренция делегират, а Козимо има силен и изострен за подробностите интерес към делата на своята администрация. В началото управлението му е белязано от студена пресметливост. Той не се бои да внушава страх, защото смята, че стои над обществената популярност, а и изглежда, че е назряло времето за подобно управление. Гражданите на Флоренция понасят големи страдания — посрамени са, смутени и унижени — Христовата република е последвана от обсада, а след нея идва и упадъчен деспотизъм. Умореното население приема едноличната власт на Козимо — републиканският дух от миналото е изчерпана сила.
Още преди да бъде помолен да се оттегли, Гучардини има пререкания с Козимо. Последната капка е готовността на Козимо да приеме, че Флоренция не е нищо повече от васално владение на император Карл V, тъй като защитата му и дори управлението зависят от испанските войски във Фортеца да Басо, които получават заповедите си от друг. Младият Козимо обаче е достатъчно мъдър, за да прозре, че за момента няма друга алтернатива и просто ще чака да му дойде времето — владетелят, възкачил се като неопитен млад мъж, бързо съзрява. Описанието на венецианския посланик показва Козимо като човека, в който бързо се превръща: „Необичайно висок е, много енергичен и силен. Държи се изискано, но когато поиска, може да е ужасяващ. Когато се труди или спортува, е неуморим и изпитва удоволствие от занимания, изискващи издръжливост, сила или ловкост… не признава никого, притежава обичайната суровост на характера… никога не фамилиарничи и се държи настрана, освен когато делата налагат противното.“