Но вече върви по опасен път, тъй като властите във Ватикана започват да проявяват все по-голям интерес към революционните нови идеи на Галилео. Нищо обаче не може да го спре. През 1611 година е поканен в папския двор, за да покаже своя нов телескоп, а идеите му правят изненадващо добро впечатление. Галилео е окуражен от това и решава да разкрие всичко, което е открил, като веднъж завинаги покаже на всички истината за хелиоцентричната система. Написва книга, в която описва слънчевите петна, оборва идеята, че земята е център на вселената, и доказва как науката може да обясни небето. Произведението му бързо се разпространява из цяла Европа, а идеите му започват да трупат поддръжници сред студентите в университетите.
Аристотелианците най-после съзират огромната заплаха, която представлява Галилео, и доста късно подемат унищожителната си контраатака. Посочват, че Коперниковите идеи на Галилей не само противоречат на учението на Църквата, но и категорично отричат написаното в Библията. Църквата решава, че е време да действа — несъмнено е, че идеите на Галилей са еретични.
Дори на това ниво на развитие на нещата той все още има приятели и защитници сред представителите на Църквата. Папи и кардинали изиграват своята роля в подкрепа на идеите на Ренесанса, а много влиятелни прелати запазват своята благосклонност към развиващия се интелектуален прогрес. Показателно е, че великолепният нов купол на „Свети Петър“, гордостта на католическата църква, завършен само преди двадесет години, се смята за продукт на изкуството и науката. Сред онези, които се интересуват от последните научни идеи, е и неговият събрат флорентинец, влиятелният кардинал Матео Барберини, който съобщава на Галилео, че докато се ограничава да говори само като математик, няма да има никакви проблеми. Съветът несъзнателно е ироничен, тъй като Църквата гледа на математиката в Платоновски смисъл, като основно идеалистична и абстрактна материя, която няма отношение към истинския свят. Главното научно прозрение на Галилео е да приеме точно обратното.
От гледна точна на нашето време конфликтът между Църквата и науката може да бъде разгледан в контекст — той е едновременно неизбежен исторически, а в интелектуален смисъл — напълно ненужен. Корените му се крият в ролята, изиграна от християнството за запазване на западната цивилизация. През Ранното средновековие след падането на Римската империя древното познание оцелява само в отдалечени християнски общности. С установяването на по-мирни времена през Средновековието това познание се разпространява в страните от Западна Европа, но остава прерогатив на Църквата. Процесът достига своя зенит в относителния интелектуален застой от Зрялото средновековие, когато Църквата все още смята, че цялата философия, познание и учения са изцяло нейни — знанието и ученията на Църквата са едно. С възраждането на интелектуалното любопитство, предизвикано от Ренесанса, Църквата се оказва в трудно положение. Не желае да се откаже от монопола си върху знанието, но същевременно постановява, че всяко ново знание трябва да е в съответствие с нейните учения, което на практика представлява парадокс и означава, че новите открития в науката са приемливи за Църквата само когато съвпадат с онова, което е вече известно! Прогресивното мислене е обуздано и доведено до пасивни интелектуални занимания, но с нарастване на напрежението е неизбежно нещо да не поддаде. Нещастието на Галилео е, че се оказва в центъра на този все по-разрушителен процес.
През 1616 година Църквата поставя произведенията на Коперник в „Списъка със забранените книги“, а Галилей е предупреден, че не трябва да поддържа или защитава подобни виждания или ще бъде изправен пред Инквизицията. Органът е създаден като част от Контрареформацията и вече дейно се бори с всякаква опозиция срещу католическата църква. Целта на Инквизицията е да изкорени ереста дори ако трябва с мъчения, и по този начин всички семена на протестантството на територията на католицизма скоро да бъдат премахнати.
Галилео отчаяно изпраща писма до кардинал Барберини, великия херцог на Тоскана и други влиятелни приятели. На вдовствуващата велика херцогиня Кристина пише настоятелно: „Да се забрани Коперник сега, по моя преценка означава да се противоречи на истината.“ Но молбите му са напразни и той се оттегля във вилата в Белосгуардо, където остава под опеката на великия херцог Козимо II.