По време на царуването на Фердинандо II Тоскана е въвлечена само в един-единствен военен конфликт — през 1641 година папа Урбан VIII окупира малката полунезависима държава Кастро по южната тосканска граница. Фердинандо II внимателно прави дипломатически сондажи и е информиран, че нито Испания, нито Франция ще се намесят, ако той предприеме действия. Така през 1643 година навлича бляскавите си доспехи и повежда многобройната войска от доброволци и наемници от утайката на обществото към Кастро, където бързо обръщат в бягство папските сили. Гражданите на Флоренция тържествуват, но изобщо не остават доволни, когато разбират, че заплатите на армията почти изпразват хазната на великото херцогство. Тоскана вече не може да си позволи да плаща лихви по държавните ценни книжа, в които голяма част от гражданите влагат своите спестявания. Изглежда, че великото херцогство ще банкрутира, но очакваната треска за продаване на държавни ценни книжа не се осъществява, икономиката е толкова бавна, че на практика няма нищо друго, в което да си струва да се инвестира. В провинцията последвалият недостиг на парични средства е преодолян със съживяването на бартерната система за изплащане на заплатите на работниците в селското стопанство, а в града нарастващият поток на пари от туристите позволява на икономиката да продължи да работи бавно.
До тогава голяма част от доходите на рода Медичи идват от църковните бенефиции и в тези оскъдни времена Фердинандо създава няколко благотворителни институции, които да се грижат за безработните. Така парите, събрани като дарения по време на църковните служби, пак се връщат при тях. Неизбежно е обаче родовото богатство на Медичите също да пострада, тъй като финансовите им средства до голяма степен са обединени с държавните. Лоренцо Великолепни бърка в градската хазна, за да финансира екстравагантните си развлечения, на Фердинандо II не се налага да прибягва до подобни кражби на обществените капитали, тъй като хазната на великото херцогство е неговата хазна. Това означава, например че продължаващите преустройства на двореца Пити се извършват от наети от държавата работници, а не от частно наети предприемачи. Отдавна са отминали дните, когато Медичите разчитат на доходите от семейната банка, именно през този период Фердинандо II преустановява и последните дейности на банка „Медичи“. Медичите са аристократи, сродени с кралските домове в Европа, и не искат да им се напомня, че водят началото си от търговията.
Фердинандо II прави смел опит да възстанови икономиката и финансира няколко програми за обществена заетост, най-амбициозната от които е големият строителен проект в Ливорно, тъй като градът отчаяно се нуждае от нови жилища. В резултат от указа на Козимо I за свобода на вероизповеданията пристанището се разширява и се превръща в процъфтяващ космополитен град, при това до такава степен, че през 1634 година е открито английско консулство в Ливорно, макар че благозвучното име е опорочено и на английски език става Легхорн. Градът привлича всякакъв вид търговци, бегълци по религиозни причини, странстващи търговци, моряци, дезертьори, бегълци от галерите и други изгнаници. Търговията тук е освободена от данъци и непряко носи на великото херцогство значителен доход под формата на многото помощни търговски дейности около пристанището. Ог друга страна, Ливорно се сдобива с недоброто име на главно пристанище за търговия с роби по северното Средиземноморие. Англичанинът Джон Ивлин, който го посещава през 1644 година, записва в своя дневник, че вижда „такова струпване на роби, турци, маври и други нации, че броят им и неразборията са удивителни; едни купуват, други продават, трети пият, четвърти играят, някои работят, други спят, бият се, пеят, ридаят и всички са полуголи и окайващо оковани.“ Като част от обществената политика на Фердинандо II започват да се строят нови домове край каналите в района, който става известен като Новата Венеция, същевременно нежеланите „елементи“ са прибирани и депортирани в Алжир.
През петдесетте години от своя живот Фердинандо II има все по-силни пристъпи на воднянка, проявява склонност и към апоплексия. През 1670 година, на петдесет и девет години, е принуден да легне на легло, където получава най-доброто медицинско лечение за своето време. Един очевидец разказва: „Лекарствата на великия херцог не действаха, така че неговият личен лекар му пусна кръв, извади още един около тридесетграмов камък от пикочния му мехур… после допряха до главата му обгорено желязо, но напразно, сложиха и прах в ноздрите му… После разкъсаха четири живи гълъба и ги наложиха на челото му.“ Не е изненадващо, че скоро след това херцогът умира. Фердинандо II не е обичан, но гражданите на Флоренция свикват с великодушното му аристократично управление и кончината му, ако не дълбоко, то поне повсеместно е оплаквана.