Некоторые из заявленных целей позволили отдельным современным историкам и журналистам записать почтенного профессора в шпионы и похитители военных секретов. Причем первыми эту ошибку сделали не авторы таблоидов, а составители первого тома «Очерков истории российской внешней разведки», подготовленного Службой внешней разведки Российской Федерации (главный редактор — академик Е. М. Примаков) и выпущенного в 1995 году издательством «Международные отношения». В 23-й главе этого тома, написанной А. Н. Ицковым и озаглавленной «Россия — США: попытки сближения», рассказывается, как Менделеев выполнял особые миссии российского правительства сначала на Американском континенте, когда раскрывал секреты тамошнего нефтяного производства, а затем в Европе, выкрадывая тайну французского и английского порохов.
Вообще Менделеев, являющий собой едва ли не архетип русского ученого человека, еще при жизни притягивал к себе самые невероятные байки, слухи и сплетни. Писали, что он фабриковал дорогие вина, что несколько раз кряду не мог поступить в университет, что чемоданы выделывал, что страдал алкоголизмом и не давал проходу женщинам… Так что и анекдот о Менделееве-разведчике, конечно, имеет право на существование. К тому же факт «рассекречивания архивной информации об агенте Менделееве» сам по себе превращается в жемчужину коллекции шуток о Дмитрии Ивановиче.
Наверное, нет смысла вновь подробно писать о том, что все нужные ему материалы об американской нефти Дмитрий Иванович легко собрал из открытых источников и столь же открытых бесед с американцами. Очень показательно, что еще до поездки в Америку в 1867 году Менделеев, опираясь на данные специальной литературы, опубликовал статью с точным и разносторонним аналитическим обзором американской нефтяной отрасли. Еще не было ни самоходной военной техники, ни двигателей внутреннего сгорания, пароходы только переходили с угля и дров на мазут и сырую нефть, пушки чистили в основном салом, а русских промышленников и чиновников интересовала только одна проблема: почему качественный американский бензин, даже после перевозки через океан, оказывается дешевле бакинского? Чтобы разобраться в этом вопросе, Менделееву было достаточно знакомства с американскими законами, промышленной статистикой и технологией нефтепереработки. И он прекрасно справился с задачей, представив русскому правительству экономическое решение — отмену акциза — и вдобавок предсказав скорый кризис американской «нефтянки».
«Пороховой шпионаж» Менделеева не то чтобы более правдоподобен — скорее, он менее защищен от историков, любящих в себе беллетристов. Их можно понять, поскольку впервые эта версия появилась в воспоминаниях Ивана Дмитриевича Менделеева: «Я был послан за границу нашим военным ведомством с секретной миссией, — говорил отец. — Во Франции Бертло, к которому я обратился, хранил, конечно, полное молчание. Кое-что внешним образом мне показал на заводе. Но отсюда ничего нельзя было заключить. Мне показывают и укрепленные патроны. — Можно мне несколько штук взять с собою? — спросил я. — О, пожалуйста, будьте любезны, — отвечал с изысканной вежливостью служащий. — Но я должен буду после этого застрелиться… И что же? Это ни к чему не привело! Патронов я достал сколько угодно от сына квартирохозяйки, отбывавшего воинскую повинность и приносившего мне из казармы патроны, не видя в этом ничего дурного. Секрет же изготовления французского пороха я тоже быстро раскрыл, воспользовавшись особенно тем, что пороховой завод стоял на отдельной железнодорожной ветке. Взяв годовой отчет железнодорожной компании о движении грузов, я нашел нужное мне соотношение входящих в производство пороха веществ… Когда я рассказал потом обо всем Бертло, он только развел руками». Сколь ни убедительно выглядит этот отрывок, не стоит забывать, что Ивану Дмитриевичу в 1890 году было всего семь лет, при жизни отца он никаких записей о нем не делал, а воспоминания о Дмитрии Ивановиче написал через 20 лет после его смерти. Вплотную знакомясь с его безусловно ценными мемуарами, можно встретить в них довольно много несоответствий и косвенных наслоений, связанных с антипатией между двумя семьями, уверенностью в исключительной близости к отцу и другими субъективными мотивами.