Менделеев был одним из немногих, кто выступил в защиту авторских прав Пеля. Проведя тщательный анализ «спермина» Пеля и образца продукции фирмы «Шеринг», он пришел к заключению об их глубоком химическом различии, после чего обратился к фирме «Шеринг» с просьбой разъяснить природу ее препарата. Немцы не решились морочить голову всемирно известному ученому и срочно сообщили о переименовании своего препарата в «пиперазидин». Впрочем, этот инцидент протекал весьма бурно. У Пеля нашлись противники не только в Германии, но и внутри Медицинского совета при российском Министерстве внутренних дел. Менделеев дважды выступал с открытыми письмами в защиту коллеги и в конце концов вышел из состава Медицинского совета в знак протеста против проявленной несправедливости. Он писал: «Считаю А. В. Пеля деятелем и умным, и полезным, а потому вступился за него, когда напали. Вышел даже я из Медицинского совета, когда тот напал на Пеля, — не жалею, потому что приобрел истинного друга».
Покуда мы не очень далеко ушли от истории с изобретением универсального русского пороха, стоит обратиться еще к одному менделеевскому проекту этого времени, тем более что он также был профинансирован Морским министерством. На работы, связанные с пороховой тематикой, министерство выделило полтора миллиона рублей, Менделеев же смог уложиться всего в треть этой суммы. На вопрос министра Чихачева, куда истратить оставшийся миллион, Дмитрий Иванович посоветовал построить опытовый бассейн для испытаний моделей судов, чтобы обкатанные в бассейне суда еще на допроектной стадии приобретали форму, оптимальную с точки зрения быстроходности и расхода топлива. Чихачев согласился с прозорливым мнением своего ученого консультанта и послал корабельного инженера А. А. Грехнева в английский город Хаслар, где находился опытовый бассейн королевского флота, построенный двадцатью двумя годами ранее инженером.
В. Фрудом. Несмотря на возраст и на перевозку с одного места на другое (вначале он был сооружен на арендованном участке в городке Торкее, а затем, когда срок аренды истек, его разобрали и заново смонтировали в Хасларе), бассейн Фруда, длиной 120, шириной 6,7 и глубиной 3 метра, давал хорошие возможности для испытания судовых моделей. Грехнев скопировал его устройство и через два года выстроил точно такой же бассейн в Петербурге. Таким образом, Россия стала обладателем пятого в мире опытового бассейна (три действовали в Англии и один на базе итальянского флота близ города Специя), значительно обогнав Францию, Германию, Японию и Америку.
А. А. Грехнев, выполнявший приказ в точности повторить английское сооружение, без изменений воспроизвел не только сам бассейн, но и станок для обстругивания моделей, бак для плавки парафина, машину с канатной передачей для буксировки моделей и все прочие механизмы, включая линовальную машину, счетный логарифмический цилиндр и многое другое. Конечно, проект бассейна имел ряд недостатков, в первую очередь связанных с тем, что был задуман в доэлектрическую эпоху. К тому же оборудование для него заказали почему-то фирме «Kelso» в Глазго, которая специализировалась на производстве высокоточных мелких механизмов. В итоге она применила не очень подходящие в данном случае материалы и технические решения. Тем не менее русское кораблестроение получило и в полной мере воспользовалось отличным инструментом моделирования будущих судов. Знаменательно, что в 1900 году руководство опытовым бассейном было поручено другу Володи Менделеева по Морскому кадетскому корпусу, будущему академику А. Н. Крылову, который когда-то внимательнее всех слушал курс химии, читаемый Дмитрием Ивановичем для своих домашних.
Оставив университет, сменив квартиру и, до некоторой степени, образ жизни, Дмитрий Иванович ничуть не изменил своего отношения к семье и детям. Больше всего он тревожился о находившемся в плавании Володе, с нетерпением ждал его писем и устраивал из их прочтения настоящий семейный ритуал, благо сын очень интересно описывал дальние страны с их природной экзотикой и удивительными нравами жителей. Служба Владимира Менделеева шла вполне успешно: в плавании он уже получил звание лейтенанта. Письма изучались еще и с той точки зрения, насколько Володя бодр и жизнерадостен. Ведь все знали, что он пережил тяжелый и безнадежный роман: после двух лет ухаживаний его невеста нарушила слово и вышла замуж за другого. Отец хлопотал о его зачислении на корвет «Память Азова» в надежде, что напряженная служба и новые, яркие впечатления помогут сыну избавиться от мрачного состояния духа. Дмитрий Иванович устроил ему накануне отплытия очень теплые, душевные проводы в лучшем французском ресторане у Певческого моста. Вместе с Феозвой Никитичной Менделеев приехал в Кронштадт. В тот день дул сильный ветер и добраться к стоящему на рейде судну было трудно, но они все равно поднялись на борт, чтобы еще раз обнять своего Володю. Дмитрий Иванович сфотографировался с сыном на палубе корабля. На снимке он, растроганный, в шляпе и теплой тройке, сидит, опершись рукой о скамью, а сын в мундире морского офицера, довольно полный для своих лет, стоит и преданно смотрит на отца. Так выглядят очень сердечные и очень близкие между собой люди.