Доставалось от Дмитрия Ивановича и его ближайшему сотруднику и другу, одному из ведущих специалистов Федору Ивановичу Блюмбаху, которого он не только высоко ценил, но очень любил за деликатную натуру и выдающиеся способности. Блюмбах действительно был крупной, незаурядной личностью. С его именем связано создание большого количества метрологических приборов. Кроме несомненного таланта, широчайшего научного горизонта и великолепной работоспособности, что роднило его с Менделеевым, он обладал также качествами, которых у Дмитрия Ивановича не было, например знанием иностранных языков. Федор Иванович бы настоящим полиглотом, поскольку, кроме русского и родного латышского, владел английским, французским, немецким, итальянским, испанским, шведским и финским языками, что делало его незаменимым помощником в переписке и деловых поездках за границу. На своего главного сподвижника и участника всенощных бесед Менделеев кричал, как пишут очевидцы, «ужасно», несмотря на то, что Блюмбах совершенно не мог к этому привыкнуть. Бывало, во время опытов у него руки тряслись от менделеевского крика, даром что тот мог в этот момент кричать не на него, а на других присутствующих, чтобы они Федору Ивановичу не мешали. За это Дмитрий Иванович, переставляя по своему частому обыкновению причину и следствие, называл сдержанного прибалта «горячкой», хотя привязывался к нему всё крепче. Но даже будучи участником такого непростого содружества, Блюмбах находил возможность быть самостоятельным и порой принимал нужные решения без согласования с грозным и не терпевшим никакого организационного самоуправства Менделеевым. Однажды, когда Дмитрий Иванович был в долгой отлучке за границей, оставленный вместо него Федор Иванович, давным-давно мечтавший приспособить для дела подвал под своей лабораторией (в нем имелись толстые стены и все условия для поддержания постоянной температуры — мечта для настоящего метролога), без всяких смет и ассигнований приказал пробить пол в лаборатории, спустить в подвал металлическую лестницу, отделать его и перенести туда часть оборудования. Можно предположить, что приезда Дмитрия Ивановича он дожидался с неспокойным сердцем, будучи готовым к любой реакции. Но Менделеев, обходя после возвращения Палату и наткнувшись на новое помещение, инициативу Блюмбаха одобрил, более того, был ею очень доволен.
При всей «взрывоопасности» Дмитрия Ивановича сотрудники, жившие с ним «на одной волне», могли рассчитывать на благожелательную оценку их поступков. Такие были способны, например, войти без стука в его кабинет и вынуть у него из-под локтя нужную книгу. Хорошо знавшие Менделеева люди понимали, что если он грозится уволить кого-то из отсутствующих, например, своего ближайшего советчика и заботливого друга Василия Дмитриевича Сапожникова, заваленного у себя на даче бесконечной корректурой менделеевских трудов, то это не означает, что управляющий действительно хочет избавиться от сотрудника, а просто ему сейчас очень не хватает именно этого человека. И действительно, стоило Сапожникову показаться, как гнев и угрозы испарялись без остатка: «Ах, это вы, Василий Дмитриевич, здравствуйте… только сегодня не уезжайте…» И в серьезных вопросах, даже если разговор уже шел вразнос и мнения совершенно не совпадали, подчиненные не зря уповали на способность шефа остыть, прислушаться к их аргументам и изменить свое мнение. Тот же Сапожников однажды едва не стал жертвой менделеевского нервного срыва, но не сробел и ответил ему ровно теми же уничижительными словами. Спор зашел относительно оценки деятельности управляющего Саратовской поверочной палаткой, за короткий срок выжившего из руководимого им учреждения 11 поверителей. Сапожников и Младенцев настаивали на увольнении самодура, Дмитрий Иванович же, имевший о нем другое мнение, вдруг неожиданно и сильно расстроился и, как пишет М. Н. Младенцев, «крайне возбужденный, сложил большой и указательный наподобие нуля и, поставив руку перед собой, повышенным голосом сказал Вас. Дм.: «Мне ваше мнение, тьфу…» Сапожников, в свою очередь, возбужденно сказал: «И мне ваше мнение, Дм. Ив., тьфу…» Вышел и хлопнул дверью». Больше они на эту тему не говорили и отношений не выясняли, но через две недели саратовский чиновник был уволен.