Менделеев пробыл в Тобольске неделю. Съездив в Аремзянку, он попытался вернуться к делам экспедиции — начал разбираться, как на его родине обстоит дело с лесной таксацией. Особого материала не добыл, поскольку тайгу в Сибири рубили кто сколько хотел, что же касается учета запасов, то этим интересовались мало. Он сам скорее, нежели местные власти, мог бы сосчитать количество общих запасов деловой древесины; однако, господа, «вы мне сначала цифирьку дайте!» (это была его любимая фраза при решении любой проблемы). Но никакой статистики обмеров и вырубки тайги в Тобольске, по все видимости, не велось. Вопросы по поводу таксации лесов задавать было некому. Между тем здоровье Менделеева не улучшалось, всё больше мучили кашель и боли в груди. После того как он разыскал могилу отца и заказал ее фотографирование, делать ему в родном городе было нечего, да и экспедиция должна была продолжаться.
Восьмого июля Менделеев уже был в Екатеринбурге, 11-го — в Билимбае, потом успел посетить еще Шайтанский, Верхне- Уфалейский и Кыштымский заводы. Любовался мастерством местных умельцев, разбирался в технологии, собирал образцы бурого железняка. В Миассе у него впервые за долгие годы по-настоящему хлынула горлом кровь. Как в юности. Попытался отлежаться в Златоусте, но болезнь таким образом перехитрить не удалось. Пришлось возвращаться в Боблово. Но и дома он продолжал считать себя действующим членом экспедиции, занимался ее материалами, собирал недостающую статистику — составил письмо-анкету к заводчикам Урала с вопросами относительно численности рабочих и служащих на предприятии, площади приписанной земли, мощности двигателей, объема производства, близости железных дорог и многого другого. Он разослал 27 анкет, и 12 заводчиков добросовестно ответили на все вопросы.
Общая картина горнозаводского производства у него сложилась еще в Екатеринбурге, недостающие данные, включая материалы, добытые коллегами по экспедиции, были подготовлены в течение лета. В августе он закончил докладную записку о поездке на имя Витте и тогда же приступил к написанию фундаментального труда «Уральская железная промышленность в 1899 году». Большая часть книги была написана Менделеевым лично, остальные материалы, предоставленные Вуколовым, Егоровым, Земятченским и Блюмбахом (незаменимый Федор Иванович обработал и изложил результаты магнитных измерений), были им отредактированы. Главные выводы докладной записки и книги детально обосновывали и развивали положения, уже высказанные в документе, поданном Витте в марте.
Оценивая общие запасы уральских лесов, углей, торфа и нефтяных остатков, ученый приходит к выводу, что уральские заводы могут выплавлять 300 миллионов пудов чугуна в год и самостоятельно перерабатывать чугун в конечную продукцию — «до машин включительно». При этом Менделеев выступает не за модернизацию старых мощностей, а за постройку новых предприятий, причем не по западным образцам, а опираясь преимущественно на отечественную металлургическую науку. Для этого он предложил открыть на Урале специальный высший Политехникум с особым вниманием в нем к металлургическим наукам. Возвращаясь к транспортной проблеме, Дмитрий Иванович теперь конкретно указывал, откуда и куда должны следовать уральские железнодорожные линии. Экономические выкладки Менделеева и его товарищей были тесно переплетены с проблемами социального устройства. Они писали, что «неизбежно, необходимо с особой настойчивостью закончить все остатки помещичьего отношения, еще существующего всюду на Урале в виде крестьян, приписанных к заводам», а также укротить всевластие местной бюрократии, препятствующей возникновению средних и мелких предприятий.