Несмотря на способности и разностороннее образование, Екатерина Дмитриевна не смогла добиться успеха в жизни. Научные степени и высокооплачиваемые должности обошли ее стороной. Внучка Д. И. Менделеева всю жизнь проработала рядовым научно-техническим сотрудником в знаменитой Кунсткамере, Музее антропологии и этнографии, изучала историю и культуру народов Полинезии. «Она могла, — пишет Д. И. Мустафин, — часами рассказывать о генезисе культуры, об особенностях мифологического сознания, которое, как она утверждала, представляет собой не низшее сознание, предсознание, а иную форму сознания, по-своему не менее высокую, чем научное… Когда она увлекалась… ее речь становилась особенно красивой, манеры — изысканными, а выражение лица — покровительственным и царственным…»
После войны она вышла замуж за горного инженера Евгения Каменского, родила сына Александра, но затем супруги разошлись. Вскоре мужа надолго посадили. Саша воспитывался у бабушки и дедушки по отцовской линии, с матерью виделся нечасто, поэтому особой душевной близости между ними так и не возникло. Екатерина Дмитриевна занимала одну комнату в многонаселенной коммунальной квартире с длинными коридорами, темными чуланами и очень высокими потолками. Комната была выгорожена из огромной залы, имела непропорционально вытянутую форму и упиралась в постоянно разбитое окно.
Саша вырос удивительно похожим на своего великого прадеда, каким его рисовали на парадных портретах Репин и Крамской: большим, высоким, барственным и аристократичным. Судьбу единственного правнука Дмитрия Ивановича Менделеева вряд ли можно назвать счастливой. Д. И. Мустафин пишет: «Лишенный родительского внимания, Саша сумел закончить только десятилетку, а потом оказался в тюрьме. Однажды у меня дома он рассказал мне, что первый раз угодил в тюрьму, когда вступился за девушку, к которой приставал милиционер… Когда Александр… вышел из тюрьмы, его дедушка и бабушка уже умерли, их квартира отошла государству, и он остался без крова и без прописки. Потом ему удалось прописаться к матери, но жить вместе было сложно, они отвыкли друг от друга, так как всю жизнь прожили порознь…»
Екатерина Дмитриевна получала крохотную пенсию, которая почти вся уходила на папиросы — она, как и дед, курила очень много. Содержать сына ей было не на что. Александр пошел работать экспедитором на завод монументальной скульптуры, куда его устроила подруга матери, скульптор Г. П. Левицкая. Но от этого ситуация в семье почти не улучшилась. Они явно мешали друг другу. Екатерина Дмитриевна хотела уехать из Ленинграда, который считала враждебным городом, мечтала вырваться из опостылевшей коммуналки, освободить жилплощадь для сына.
Д. И. Мустафин рассказывает: «Мы стали думать о переезде, и, наконец, решение подсказала сама Екатерина Дмитриевна, заговорив о Московском доме престарелых, а точнее, Доме-пансионате ветеранов науки Академии наук СССР около станции метро «Коньково», в котором она бывала… Однако отсутствие московской прописки и наличие сына делали этот проект практически нереальным. В пансионат принимали только москвичей и только одиноких, не имеющих детей и внуков. Сразу два ректора Менделеевки (имеется в виду Российский химико-технологический университет имени Д. И. Менделеева. — М. Б.) подключились к решению проблем внучки Д. И. Менделеева: бывший ректор Геннадий Алексеевич Ягодин, который в те годы был министром высшего и среднего специального образования СССР, и нынешний ректор Павел Джибраелович Саркисов… В Доме ветеранов науки Екатерину Дмитриевну встретили доброжелательно, предоставили отдельную комнату с просторной лоджией, туалетом и душем, которые ей не нужно было делить с соседями, как это было на протяжении почти всей ее жизни. Она искренне радовалась тому, что теперь ей не придется бегать за продуктами по магазинам и она может спокойно сидеть у окна, наблюдая за белками… Она знала, что у нее рак, но относилась к этому спокойно и даже равнодушно, опухоль не очень беспокоила ее. Умерла она не от рака, а примерно так же, как и ее гениальный дед: простудилась на сквозняке, провожая кого-то в холле пансионата. По просьбе Екатерины Дмитриевны ее кремировали, прах передали сыну, который должен был захоронить его на Волковом кладбище в Петербурге, рядом с могилами ее знаменитого деда и матери… Говорят, что прах внучки Менделеева и по сей день лежит безымянным: у сына Саши нет денег на надгробную плиту, а больше, как оказалось, никому это не нужно…»