Всё лето, несмотря на хлопоты и волнения, связанные с доработкой диссертации и типографией, Дмитрий Иванович был счастлив. О предстоящей свадьбе он сообщил всем родным и знакомым и теперь буквально купался в поздравлениях. «Поздравляю тебя с избранной тобой невестою, — писал брат Иван, — да» бог тебе счастья и всего, всего лучшего в жизни. Ефима Антоновиича (отца Марка Ефимовича. — М. Б.) я хорошо знаю и помню в Тобольске, они немало помогли покойным нашим родителям. Невесту твою, а теперь сестру мою Софию Марковну, я припоминаю, видал их маленькой… Так бы и посмотрел теперь На вас…» Сестра Маша вторила ему: «Поздравляю тебя, милый жених, дай Бог, чтобы ты был счастлив, родной, милый Митенька. Знавши еще Сонечку ребенком… Кто думал, что она будет мне сестра, я полюбила Софью Марковну от всей души и часто вспоминаю, давно ли ты был мальчиком…» — а ее супруг, умница Попов, приписал: «Дай тебе Бог найти в ней то, что ты ищешь в ней. А я со своей стороны очень рад, что ты женишься на немочке. Немочка всегда хорошая мать и хорошая хозяйка…»
Менделеев продолжал бывать частым гостем на мызе, привозил цветы, конфеты и самые дорогие, какие мог позволить себе, подарки, и продолжал вести со своей невестой беседы: «Что вы подразумеваете под словом любовь? — Не знаю. Мне мамаша об этом никогда не говорила. — А когда же вы будете называть меня не Дмитрий Иванович, а Митя? — Не знаю». Менделеев пытался заинтересовать ее будущей свадебной поездкой за границу: «Вы там, Софья Марковна, будете сами себе покупать всё, что вам только понравится». Эта мысль почти примирила девочку с предстоящим замужеством. Свадьба была назначена на конец августа — время возвращения Кашей с мызы. Венчание должно было состояться в церкви Второго кадетского корпуса, где уже было сделано оглашение. Дмитрий Иванович, проведший на мызе несколько дней, выехал в Петербург первым, чтобы сделать все необходимые приготовления. Когда Сонечка по возвращении вошла в свою комнату, она была поражена обилием цветов, которыми жених собственноручно украсил здесь каждый уголок. На звук ее рыданий сбежалась вся прислуга. «Если вы, барышня, не хотите, то скажите в церкви «нет», когда вас будут венчать», — посоветовала ей горничная. Наверное, Соня в это время быстро повзрослела, поскольку мгновенно обрела решимость и возможность противостоять нажиму со стороны сурового отца: «Папаша, когда нас будут венчать, я скажу «нет»». Глядя в ее глаза, Марк Семенович почувствовал, что детство его дочери кончилось, она не уступит, дело непоправимо…
«Я слышала, как в это время пришел Менделеев, веселый и радостный, я слышала его смех. Господи, как мне было тяжело. Потом всё стихло. Отец пригласил его в кабинет и, вероятно, сообщил ему мой отказ. От няни я узнала, что, выйдя из кабинета бледный и растерянный, Дмитрий Иванович ушел домой без шапки (он жил в соседнем с нами доме). Через два дня пришла его служанка к папаше со словами: «Барин, вы бы зашли проведать Дмитрия Ивановича: с ним что-то случилось — третий день никуда не выходит и всё время пьет только воду и лежит. Может, заболел чем?» Наконец, на четвертый день Менделеев пришел к нам и сказал папаше, что желает видеть меня и говорить. Раздался грозный голос отца, который всё это время не говорил со мной ни слова. «Соня, иди вниз и возврати всё, что дарил тебе Дмитрий Иванович!» Я поспешно всё собрала и, когда спустилась вниз, то спросила отца: «А эту хорошенькую коробочку можно оставить?» — «Глупая девчонка!» — ответил отец и велел мне войти в кабинет. Когда я вошла, там был только Дмитрий Иванович. Он быстро подошел ко мне, взял за руки и заплакал. Я чувствовала, как горячо целовал он руки и как они были мокры от слез. Мне никогда не забыть этой тяжелой минуты нашей разлуки. Тогда я сама в первый раз поцеловала его крепко в лоб, и в этот момент мне казалось, что он для меня дороже и ближе всех других, после мамаши, и у меня на языке уже были слова «Я люблю вас»… Но я не произнесла этих слов вслух, и наша судьба была решена. Дмитрий же Иванович сквозь рыдания и слезы тоже не мог ничего говорить, и я только помню его слова: «Если, сели вы…».