Реакционные взгляды Сергеевича были достойно оценены правительством: в 1897 году он был назначен ректором университета.
В. Р. Менжинский учился увлеченно и серьезно. Не ограничиваясь предметами юридическими, рн посещал лекции на других факультетах: высшая математика, химия, физика, анатомия, психология, иностранные языки также привлекали его внимание. Но главной темой его занятий все же оставались социально-экономические науки.
Многие дни и вечера он просиживал в университетской и публичной библиотеках, где поглощал целые кипы книг. Он читал чрезвычайно быстро и все наиболее интересные книги конспектировал.
Еще на первом курсе Менжинский изучает «Капитал» Карла Маркса. Занятия над изучением «Капитала» не прерывались даже в летние каникулы.
Студенческие годы Вячеслава Менжинского совпали с периодом острой политической борьбы и дискуссий между либеральными народниками и марксистами. Вопросы развития рынка, развития капитализма, судьбы крестьянской общины и будущность России волновали революционно настроенную студенческую молодежь.
Вместе с другими студентами Вячеслав Менжинский посещал диспуты, которые проводились в Вольно-экономическом обществе, учрежденном еще в 1765 году в целях «распространения в государстве полезных для земледелия и промышленности сведений». Общество объединяло интеллигентов из либеральных дворян и буржуазии. По свидетельству старшей сестры Менжинского, Веры, Вячеслав присутствовал на докладе легального марксиста Туган-Барановского, когда в развернувшейся после доклада дискуссии марксисты одержали верх над народниками, доказав существование капитализма в России.
Еще в 1893 году в университете возник кружок саморазвития. Его организатором был студент В. Сережников. В этот кружок входили М. Сильвин, Л. Попов, Н. Богданов, Е. Стратанович и другие — в будущем активные деятели Петербургского «Союза борьбы за освобождение рабочего класса», созданного Владимиром Ильичем Лениным. Представитель этого кружка М. Сильвин, как известно, входил в состав центральной группы Союза.
В этот нелегальный кружок вступил и Менжинский.
В кружке «изучали политическую экономию, знакомились с историей экономических учений от Адама Смита и кончая теорией прибавочной стоимости Маркса». Здесь спорили горячо и резко, раздавались и открыто революционные речи. В кружке была своя библиотека нелегальной литературы, хранителей которой сначала был студент Е. Ф. Стратанович, а затем студент Н. А. Шевалев.
В 1895 году В. Р, Менжинский становится пропагандистом студенческого марксистского кружка, тогда же он переводит на русский язык «Отчет об Эрфуртском съезде социал-демократической партии» и принятую на съезде программу.
Кроме этих материалов, в кружке изучалась вышедшая нелегально в 1894 году работа В. И. Ленина «Что такое «друзья народа» и как они воюют против социал-демократов?». Известно, что эту книгу активно распространяли студенты Технологического института и Петербургского университета. По воспоминаниям современников, в нелегальной студенческой библиотеке экземпляры «Друзей народа» назывались «желтенькими тетрадками».
По установившейся традиции 8 февраля праздновалась годовщина основания Петербургского университета. Обычно утром устраивался торжественный акт, на котором кто-либо из профессоров выступал с торжественной речью. А вечером, по словам Сильвина, «с одной стороны, пьянства и дебоши огромной массы студенчества, будущих чиновников-карьеристов, маменькиных сынков, шалопаев и просто «добрых малых», с другой стороны, «чаепитие» радикального студенчества».
В «чаепитие» 8 февраля 1896 года студенты, члены полулегальной кассы взаимопомощи, сняли большой зал общественной кухмистерской (столовой). Пригласили на него радикальных студентов, уважаемых профессоров — Кареева, Лесгафта и других, а также литераторов, общественных деятелей, всего более шестисот человек. Накануне студенты-подпольщики решили организовать на вечере продажу первых экземпляров только что вышедшей книги Волгина (Г. В. Плеханова) «Обоснование народничества в трудах г. Воронцова». За книгами прямо в типографию ездили студенты Гофман и Гольдман. Приехали они уже поздно вечером, когда «чаепитие» было в полном разгаре. Несколько студентов, в том числе и Менжинский, помогали внести эти книги.