В конце своей философской деятельности Кант обратился к вопросам религии. В 1793 году он издал сочинение, озаглавленное «Религия в границах чистого разума»; последним его трудом был «Спор между факультетами» (1798). В предисловии к этому последнему сочинению сам Кант изложил историю гонений, возбужденных против него придворными ханжами, во главе которых был новый прусский министр Вёлльнер.
При Фридрихе Великом никому не пришло бы в голову преследовать Канта. Фридрих-Вильгельм II был монарх совсем другого рода, слабохарактерный, способный подчиняться всяким влияниям, особенно дурным. В первые годы своего правления он благоволил к Канту. В 1786 году он прибыл в Кенигсберг для коронации, и Кант, бывший в то время ректором университета, должен был встретить короля приветственной речью. Король благодарил и в своем ответе упомянул о философских заслугах Канта. Но склонность короля к мистицизму делала из него скорее поклонника Сен-Жермена или Калиостро, чем почитателя Канта. Духовидцы и прорицатели, гадатели и маги были тогда в моде; эта мода вполне соответствовала духу политической и церковной реакции, которая стала свирепствовать с удвоенной силой, когда во Франции вспыхнула революция, грозившая подорвать монархический принцип во всей Западной Европе. Во всех немецких землях принимались чрезвычайные меры для предохранения добродушных немцев от якобинской заразы.
Насколько изменились времена, видно из следующего. В 1781 году Кант посвятил свою «Критику чистого разума» прусскому государственному министру фон Цедлицу, одному из своих ревностных почитателей. Этот Цедлиц доставал тетрадки с записанными лекциями Канта и писал последнему, что, находясь за сотни верст, считает себя в числе его слушателей. Через два года по восшествии на престол Фридриха-Вильгельма II министерство Цедлица пало, и место Цедлица занял честолюбивый богослов, бывший проповедник Вёлльнер, обскурант в полном смысле этого слова. Его поддерживали многие придворные, особенно королевский генерал-адъютант, известный ханжа фон Бишофсвердер. Не успел новый министр взять в руки бразды правления, как начались всякого рода стеснения свободы печати, свободы преподавания, даже свободы проповеди. 9 июля 1788 года, в то время когда Кант работал над своей «Критикой практического разума», Вёлльнер издал пресловутый религиозный эдикт, в котором всем учителям и священникам было повелено строго держаться официального катехизиса. Всякое уклонение от буквы правоверного протестантизма влекло за собою потерю должности и другие кары. 19 декабря того же 1788 года была отменена свобода печати. Внутренняя печать была подчинена предварительной цензуре, иностранные книги стали подвергаться строжайшему пересмотру. Это произошло накануне Французской революции. Два года спустя были придуманы еще более суровые меры: учрежден особый комитет из трех советников оберконсистории, надзиравший за печатью, церковью и школой. Триумвират этот состоял из Гермеса, Вольтерсдорфа и Гилльмера, людей честолюбивых, грубых и невежественных. Им были предоставлены широчайшие полномочия относительно всех церковных и школьных должностей, все кандидаты на учительские и проповеднические кафедры подвергались в этом комитете особому экзамену с целью удостовериться в их совершенной благонадежности. Триумвиры объезжали провинции, указывали метод преподавания и учебники, которые писали сами или поручали писать людям особо благонадежным. Все подозрительные люди провозглашались врагами религии, атеистами, якобинцами и демократами; даже слово «просветитель» стало бранной кличкой в устах этих обскурантов. Одним словом, это была своего рода инквизиция.
В то время философия Канта уже получила значительное распространение в Германии; кое-где ее стали преподавать даже с кафедр. Рано или поздно реакционное течение должно было столкнуться с разрушительной критикой, посягнувшей на святыни школьной метафизики. Ведь недаром эта метафизика считалась опорою официальной религии. В самом начале царствования Фридриха-Вильгельма II один из триумвиров, Вольтерсдорф, подал королю докладную записку, в которой содержалось неслыханное в истории немецкой философии предложение: жалкий невежда требовал, чтобы первому философу Германии было вовсе запрещено писать. Это показалось неуместным даже королю и его главному министру, и в 1788 году король послал в Кенигсберг Кизеветтера с целью ближе ознакомиться с философией Канта. Быть может, прусское правительство при этой миссии руководствовалось задними мыслями, но Кизеветтер возвратился из Кенигсберга горячим поклонником Канта и дал о его учении самый лестный отзыв. 3 марта 1789 года Кант получил подписанный Вёлльнером королевский декрет, в котором содержались лестные выражения по адресу философа, его жалованье было увеличено, он назван «приятным, бескорыстным, искусным и прямодушным мужем».