Радуев снова отказался выполнять ультиматум формального Президента Чечни, хотя не понятно, совершал он какие-либо террористические акты в результате или нет. Во всяком случае за любой террористический акт, совершенный против России где бы то ни было, Радуев незамедлительно брал ответственность на себя. Радуев заявил о своей причастности к взрывам на вокзалах в Пятигорске и Армавире и даже к неудачному покушению на президента Грузии Э.А. Шеварднадзе. Что касается последнего, то зачем ему это было надо, совершенно непонятно.
В июне 1997 года Радуев организовывает захват грозненского телецентра. Он открыто выступает против нового президента Масхадова, который лишил его всех наград и званий. (Яндарбиев исполнял обязанности Президента Чечни после смерти Дудаева. На выборах нового президента, которые состоялись 27 января 1997 года, Масхадов набрал 59,3 % голосов, его соперники: Басаев 23,5 % голосов и Яндарбиев 10,1 %. После выборов Масхадов сменил свое имя Аслан на арабское Халид.)
Дело Радуева о его неповиновении новой власти передают в Верховный шариатский суд Чечни, который приговаривает Радуева к четырем годам лишения свободы. Возмущенный Радуев отказывается подчиняться и Масхадову, и решению суда.
1 октября 1997 года вновь была взорвана машина Радуева, погиб его телохранитель. Радуев получил осколочные ранения правой руки, таза, многочисленные ожоги головы. Операцию ему делали в Германии, и стоила она больших денег. Впрочем, все это опять со слов Радуева, поэтому в достоверности информации следует сомневаться. Известно, что многие операции классные хирурги грозненских больниц делали как военнослужащим российских войск, так и террористам. Как бы то ни было, после возвращения из больницы Радуев исчез из Грозного.
Вскоре он объявился в окружении Хаттаба. Вместе с Хаттабом, единственным, с кем у него на тот момент не было конфликтов, он создал в Урус-Мартане центр по подготовке диверсантов. Выпускниками центра стали в числе прочих Ачимез Гачияев и другие причастные к взрывам жилых домов в Москве, Буйнакске, Волгодонске террористы. (В период с 4 по 16 сентября 1999 года по российским городам Буйнакск, Москва и Волгодонск прокатилась серия террористических актов, в результате которых были взорваны жилые дома вместе с их жителями. Взрывы производились в основном в ночное время, когда люди спали в своих квартирах. Всего в ходе этих террористических атак погибли 307 человек, более 1700 получили ранения различной степени тяжести, многие из раненых остались инвалидами. Согласно провозглашенным приговорам террористические акты были организованы Хаттабом и Абу Умаром, исполнителями выступили боевики из повстанческого отряда, возглавляемого указанными лицами так называемого Исламского института «Кавказ». В настоящее время все исполнители террористических атак на жилые дома, по утверждению официальных представителей ФСБ, уничтожены.)
3 декабря 1997 года Радуев заявил по поводу Хасавюртовских соглашений: «Я не верю в этот мир. Это просто политическая игра. Надо немедленно и окончательно расставить все точки над «и»: или Чечня будет полностью независимым государством, или давайте не будем обманывать и российский, и чеченский народ и скажем честно: «Не будет никакого государства! Ничего не стройте: через 5 лет снова будет война, и мы все разрушим. Чем дольше мы будем вести переговоры, тем сильнее и глубже нас втянут в эту политическую игру и интриги. Поэтому я противник любого мира, если он не основан на полной независимости Ичкерии. Если мы войной не смогли добиться независимости, то никогда ее не добьемся политическими методами. Пусть гибнут чеченцы! Я, например, так считаю: или нация будет свободна, или, если мы не сумеем завоевать свободу, пусть все идет к Аллаху. Третьего пути у нас нет». Его слова словно списаны из речи Адольфа Гитлера непосредственно перед самоубийством в подземном бункере, когда советские войска штурмовали Рейхстаг.
В 1998 году Радуев был вновь тяжело ранен. Его опять подорвали в автомобиле. К нему в больницу приехали Басаев и Яндарбиев. Радуев был возмущен таким лицемерием. Он выставил их за дверь и кричал им вслед: «Сначала меня взрываете, а потом приходите узнать, умер я или нет?! Не дождетесь!!!»
Радуев был не просто в оппозиции к Масхадову, он был в военной оппозиции к нему. Он полагал, что Масхадов — слабый президент, которым в своих интересах манипулируют ваххабиты во главе с Яндарбиевым и Басаевым. Совершенно понятно, что Радуев считал себя потенциально лучшим президентом, чем Масхадов. Наверное, он полагал, что, учитывая его родственные связи с Дудаевым, пост президента должен был перейти к нему, что называется, по наследству.