Тем временем «независимая» прокуратура Чечни в ходе следствия установила, что все покушения явились следствием незаконной деятельности Радуева по контрабанде бензина из республики. Наверное, целью такой дискредитирующей кампании было лишить Радуева даже малейшего влияния в Чечне. Это удалось. О нем забыли. Даже во время нападения террористических чеченских отрядов на Дагестан в 1999 году Радуев от операции был отстранен. Радуев снова был вовлечен в орбиту вооруженного противостояния только после начала Второй Чеченской войны. При этом он не входил ни в одну группировку, подконтрольную Масхадову, и действовал сам по себе. Дни его были сочтены.
Будучи вне боевых террористических операций, Радуев на свой страх и риск начал планировать серию диверсий в российской глубинке. Он не мелочился — объектом его атак должны были стать ядерные реакторы. Радуев создал несколько мобильных групп по 15 человек в каждой. Они проходили усиленную подготовку в специальных лагерях Хаттаба, но до боевых операций дело не дошло. Никто не стал спонсировать откровенно авантюристические замыслы вконец потерявшего связь с реальным миром Радуева.
С ноября 1999 года Радуев включился в самостоятельные боевые действия против Вооруженных Сил РФ, которые он ни с кем не согласовывал. Просто ставил в известность Масхадова и Басаева, чтобы случайно не вступить в бой против них. Ни тому ни другому это не нравилось, но поделать они ничего не могли. Более того, своими анархистскими действиями Радуев вносил дезорганизацию в боевые операции террористов, что было на руку федеральным войскам. Таким образом, как это ни парадоксально, Радуев помогал Вооруженным Силам России сломить сопротивление мятежников. Может быть, в том числе и поэтому сами террористы «сдали» информацию о местонахождении Радуева специальным службам. Они наивно полагали, что тем самым сумеют сплотить свои ряды.
12 марта 2000 года Радуев был арестован в поселке Новогрозненский сотрудниками ФСБ в ходе спецоперации. Никакого сопротивления он оказать не успел. Выглядел при этом абсолютно растерянным. Позже Радуев говорил, что его предали чеченские командиры высокого ранга, намекая на Масхадова и Басаева, что, как теперь известно, было правдой. В августе 2000 года уголовное дело Радуева было передано из ФСБ в Главное управление Генеральной прокуратуры России по Северному Кавказу. Радуев был помещен в СИЗО № 1 города Махачкалы. 2 октября того же года в Институте психиатрии им. В.П. Сербского Радуеву была проведена экспертиза, которая установила отсутствие у него патологий и его вменяемость.
Радуев тут же заявил о готовности сотрудничать со следствием. В частности, в обращении на имя генерального прокурора он писал: «Обладая информацией об источниках и способах финансирования боевых подразделений реакционного религиозного течения “ваххабизм”, могу оказать помощь администрации Кадырова и спецслужбам России в их выявлении и прикрытии». И это говорил человек, который всего несколько месяцев назад грозил России ядерной катастрофой!!! Письма аналогичного содержания были отправлены всем, кто мог оказать влияние на его судьбу.
То, что суд было решено провести в Дагестане, отнюдь не было случайностью. Но не потому, что Радуева могли освободить боевики, как может кому-то показаться. В то время Радуева в Дагестане ненавидели. Пропагандируя фундаменталистские ценности, Радуев вполне искренне, как уже говорилось, не понимал, что в действительности занимался оккупацией территории соседней отнюдь не братской республики. Внутри народов Северного Кавказа существуют многовековые споры и противоречия, скорее не только не решенные, а усугубленные за годы существования советской власти. Вторжение Радуева в Кизляр было оценено именно как захват. Его идеи простыми дагестанцами воспринимались только как прикрытие агрессии. Все это подтвердилось, кстати, действиями Хаттаба и Басаева.
26 апреля 2001 года было сформулировано обвинительное заключение, в котором Радуеву инкриминировались следующие преступления: ч. 2 ст. 1261, ч. 3 ст. 2181 УК РСФСР, а также ч. 1 ст. 209, ч. 1 ст. 208, ч. 3 ст. 222, ч. 1, 3 ст. 205, п. «а, е, ж, н» ст. 105 УК РФ (похищение человека, нарушение правил учета, хранения, перевозки и использования взрывчатых, легковоспламеняющихся веществ и пиротехнических изделий, бандитизм, организация незаконного вооруженного формирования или участие в нем, незаконные приобретение, передача, сбыт, хранение, перевозка или ношение оружия, его основных частей, боеприпасов, взрывчатых веществ и взрывных устройств, террористический акт, убийство с квалифицирующими признаками). Уголовное дело составило 129 томов. Следует отметить, что Радуева судили на основании двух уголовных кодексов — нового Уголовного кодекса Российской Федерации и старого Уголовного кодекса Российской Советской Федеративной Социалистической Республики.