У Булгакова и в самом деле было немало конфликтов с домовладельцем и в юности, и в более зрелом возрасте, и в «Белой гвардии» он отыгрался на этом образе на славу. Что ж, наверное, хороших домовладельцев не бывает, особенно если он сам занимает квартиру в том же доме, только на первом этаже. Булгаковы, жившие на втором этаже, однажды даже залили семейство Листовничих, что, понятно, восторга не вызвало и привело к неприятному выяснению отношений. О том, что отношения с семьей домовладельца были плохие, вспоминала и первая жена Булгакова Татьяна Николаевна Лаппа: «Они Булгакова терпеть не могли и даже побаивались. Говорили про него: „Неудавшийся доктор“. Все время жаловались: „Нет покоя от вас…“». Естественно, семье Василия Павловича не понравилось, как он был изображен в «Белой гвардии», тем более что судьба прототипа Василисы была темна и трагична: В. П. Листовничий то ли погиб при попытке бежать с баржи, на которой большевики, отступая из Киева в конце августа 1919 года, эвакуировали заложников, то ли сумел благополучно добраться до берега Припяти, а потом и до Константинополя, где якобы просил одного общего знакомого передать семье, чтобы она не пыталась его найти. В любом случае жена и дочь о его судьбе ничего достоверно не знали и больше его никогда не видели.
Впрочем, грозы над «Домом Турбиных» проносились и в мирные — довоенные и дореволюционные — годы. Осенью 1906 года смертельно заболел отец — у него обнаружился нефросклероз. Коллеги Афанасия Ивановича в беде его не оставили. Уже 11 декабря 1906 года он был удостоен степени доктора богословия. Одновременно совет академии возбудил ходатайство перед Священным синодом о присвоении ему звания ординарного профессора, которое было удовлетворено 8 февраля 1907 года. На следующий день А. И. Булгаков подал прошение об увольнении со службы по болезни, а 14 марта скончался. Дочь Надя так запомнила смерть отца и его похороны: «Когда отец умер, мне было 13 лет. Мне казалось, что мы, дети, плохо его знали. Ну что же, он был профессором, он очень много писал, он очень много работал. Много времени проводил в своем кабинете. И тем не менее… оглядываясь на прошлое, я должна сказать: только сейчас я поняла, что такое был наш отец. Это был очень интересный человек, интересный и высоких нравственных качеств. <…> Над его гробом один из студентов, его учеников, сказал: „Ваш симпатичный, честный и высоконравственный облик“».
Семье была назначена пенсия 3000 рублей в год. Будучи доцентом, Афанасий Иванович получал 1200 рублей и столько же в должности цензора. После смерти отца положение Булгаковых в материальном отношении даже улучшилось, что, конечно, не могло и в малой степени облегчить боль утраты.
Горько сознавать, что лишь смерть кормильца позволила семье без особого напряжения сводить концы с концами. Разумеется, Булгаковы не бедствовали, но и к числу людей богатых отнести их было нельзя. Вся недвижимость состояла из дачного участка в Буче, существенных сбережений не было, прислуживала семье только одна горничная, а в наемной квартире из семи комнат проживало более десяти человек Обычное интеллигентное семейство.
Каким же человеком был отец, и какое влияние он мог оказать на будущего писателя? Профессор Булгаков за 20 лет службы в Академии не имел размолвок ни со студентами, ни с коллегами-преподавателями. В некрологе профессор В. П. Рыбинский писал: «Когда в Киеве несколько лет тому назад образовался кружок духовных и светских лиц, имевший целью обсуждение церковных вопросов и уяснение основ назревшей церковной реформы, Афанасий Иванович был одним из усерднейших членов этого кружка и принимал самое горячее участие в спорах». При этом «почивший профессор был очень далек от того поверхностного либерализма, который с легкостью все критикует и отрицает; но в то же время он был противником и того неумеренного консерватизма, который не умеет различить между вечным и временным, между буквой и духом и ведет к косности церковной жизни и церковных форм». В надгробной речи близкий друг Афанасия Ивановича Д. И. Богдашевский вспомнил беседу с ним незадолго до смерти: «Беседовали мы с тобою о разных явлениях современной жизни. Взор твой был такой ясный, спокойный, и в то же время такой глубокий, как бы испытующий. „Как хорошо было бы, — говорил ты, — если бы все было мирно! Как хорошо было бы!.. Нужно всячески содействовать миру“. И ныне Господь послал тебе полный мир… „Отпусти“, — вот последнее твое предсмертное слово своей горячо любящей тебя и горячо любимой тобой супруге. „Отпусти“!.. И ты отошел с миром! Ты мог сказать: „Ныне отпущаеши раба Твоего, Владыко, по глаголу Твоему с миром (Лук 2:29)“».