Фрунзе и Гусева как особо опасных «преступников» разместили по одиночным камерам, а следствие повел сам прокурор Владимирского окружного суда. По законам того времени, за вооруженное нападение на полицию приговаривали к смертной казни. Поэтому прокурор, желая расправиться с Фрунзе, всячески пытался вырвать у него признание в покушении на урядника Перлова. Но Фрунзе, зная, что у прокурора против него нет прямых, достаточных улик, категорически отрицал свое участие в этом покушении. Он лишь признал свою принадлежность к большевистской организации.
Уже за одно это его ожидало суровое наказание — каторга. Но прокурору этого было мало. Он надеялся сломить упорство Фрунзе, и потому следствие затянулось надолго.
В марте 1908 года состоялся суд над Гусевым. На суде Перлов сумел представить доказательства того, что в покушении на него участвовал и Фрунзе. Ввиду этого после дополнительного расследования в январе 1909 года во Владимирском военно-окружном суде вторично рассматривалось дело о покушении на Перлова.
Суд был скорый и пристрастный. Без достаточных юридических оснований, с явным нарушением правил судопроизводства, обвиняемых Фрунзе и Гусева признали виновными и приговорили к смертной казни через повешение.
Стойко, мужественно выслушал Фрунзе жестокий приговор. С возмущением он отклонил совет своего адвоката обратиться к царю с просьбой о помиловании.
Под усиленным конвоем отвели осужденных опять в тюрьму, переодели в арестантские халаты, заковали в кандалы и бросили в камеру смертников.
Гробовым, жутким безмолвием пахнуло из нее на Фрунзе. В камере были люди. Но они молчали с открытыми глазами, полными смертельного страха и тоски.
Наступили для Фрунзе тяжелые дни томительного ожидания. Здесь, среди смертников, было тяжелее, чем даже в одиночной камере. Невыносимо тяжело смотреть, как смертники судорожно и безнадежно метались по камере, потом вдруг застывали, прислушиваясь к каждому шороху: не скрипнет ли дверь и не войдет ли палач за кем-нибудь из них. И нередко тюремщики приходили и на глазах у всех уводили обреченных на казнь. Жалобно звенели в последний раз их кандалы. И больно, до жути больно было сознавать бессилие: нельзя ничем ни утешить уходивших навсегда, ни приободрить оставшихся.
Но жажда жизни у Фрунзе была неиссякаема и влекла его к деятельности. Ожидая каждую минуту вывода на виселицу, он все же имел силы и желание заниматься. По его просьбе с воли ему присылали книги, и каждую из них он внимательно прочитывал, делая пометки на полях. Среди доставленных ему книг было «Введение в изучение права и нравственности» Петражицкого. Он изучал право среди дарившего кругом бесправия, произвола и насилия. Он читал о нравственности, когда задыхался от подлости и жестокости. Среди могильной немоты он систематически изучал английский язык. Сколько же нужно было иметь сил для этого и какое самообладание!
Томительное ожидание смертельного конца затянулось. Уже многих увели из камеры, и они исчезли навсегда. Им на смену подбрасывали других смертников. И эти вскоре тоже исчезали. А о Фрунзе как будто бы забыли. Итак, в смертельном ожидании, с постоянным ощущением веревки на шее, пробыл он в кошмарной камере свыше двух месяцев. Нередко смертники от двух дней такой невыносимой пытки сходили с ума, а он, мужественный, сильный духом, сумел пережить столь долгий срок сплошных страданий и терзаний.
И вдруг пришло спасение! После суда над Фрунзе и Гусевым их защитники подали кассационную жалобу, ввиду допущения судьями многих нарушений судопроизводства. И вот, наконец-то, в главном военном суде рассмотрели эту жалобу и вынуждены были отменить смертный приговор.
Получив извещение об этом, один из защитников немедленно отправился в тюрьму, чтобы обрадовать Фрунзе и Гусева. Было уже за полночь, В эти ночные часы смертники особенно чутко, прислушивались, так как обычно именно ночью, под утро, выводили на казнь.
Вдруг открылась дверь в камеру, и тюремщики позвали Фрунзе и Гусева. Все вздрогнули, переглянулись. Большинство облегченно вздохнуло: не их черед. А Фрунзе и Гусев поднялись с нар и пошли. Они не сомневались в том, что их ведут на виселицу.
Неожиданно привели в тюремную контору. И тут-то Фрунзе и Гусева встретил защитник и сообщил им об отмене приговора. Фрунзе сначала не поверил: ему казалось, что защитник, обманывая, хочет в последнюю минуту утешить их этой ложью. Тогда защитник показал телеграмму, полученную из Петербурга. Но и это не убедило Фрунзе. И только когда стали снимать с него кандалы, он понял, что может еще жить, что, может быть, доживет и до свободы…