Бегство Годунова из Кремля явилось свидетельством неудачи. Многие ожидали немедленной отставки Бориса с поста правителя.
17 февраля истекло время траура по Федору, и Москва тотчас же приступила к выборам нового царя. Патриарх созвал на своем подворье соборное совещание, принявшее решение об избрании на трон Бориса. В Земском соборе участвовали духовенство, дворяне, дети боярские, приказные люди и всех чинов люди из Москвы и всей Русской земли.
На совете присутствовали бояре Годуновы, их родня Сабуровы и Вельяминовы, некоторые младшие чины думы. Противники правителя на собор приглашены не были.
В то время как сторонники Годунова заседали на подворье патриарха, руководство думы созвало свое особое совещание в Большом кремлевском дворце. Боярская дума была высшим государственным органом России, и только этот орган мог решить вопрос о престолонаследии. Но в думе царил раздор. Не только Мстиславский и Романов, но и другие великородные бояре метили на трон. Спорам не было конца. Наконец бояре пришли к компромиссному решению. Лучший оратор думы дьяк Щелкалов вышел на Красное крыльцо и от имени бояр предложил народу принести присягу на имя думы. Попытка ввести в стране боярское правление, однако, не встретила поддержки в народе.
Раскол в верхах привел к тому, что вопрос о престолонаследии был перенесен из думных и патриарших палат на площадь. Противоборствующие партии пускали в ход всевозможные средства – от агитации до подкупа, стараясь заручиться поддержкой столичного населения.
Земский собор оказался более расторопным. 20 февраля ему удалось организовать шествие в Новодевичий монастырь. Борис благосклонно выслушал речи соборных чинов, но на все их «моления» отвечал отказом. Выйдя к толпе, правитель со слезами на глазах клялся, что и не мыслил посягнуть на «превысочайший царский чин». Мотивы отказа Годунова от короны нетрудно понять. Как видно, его смущала малочисленность толпы. А кроме того, он хотел покончить с клеветой насчет цареубийства. Чтобы вернее достичь этой цели, Борис распустил слух о своем скором пострижении в монахи. Настроения в столице стали меняться, на этот раз в пользу правителя.
Патриарх и члены собора постарались использовать наметившийся успех. По распоряжению патриарха столичные церкви открыли двери перед прихожанами с вечера 20 февраля до утра следующего дня. Расчет оказался правильным. Ночное богослужение привлекло множество народа. Наутро духовенство вынесло из храмов самые почитаемые иконы и со всей «святостью» двинулось крестным ходом в Новодевичий.
Выйдя к народу, Годунов обернул шею тканым платком и дал понять всем, что скорее удавится, чем согласится принять корону. Жест произвел большое впечатление на толпу. С еще большим усердием люди кричали: «Сжалься, государь Борис Федорович, будь нам царем-государем!» Их крики огласили все Новодевичье поле. Притворно продолжая упорствовать, правитель покинул церковную паперть и скрылся в келье сестры. Тогда некий мальчик, подсаженный взрослыми, взобрался на стену между зубцами напротив домика царицы и принялся кричать: «Пусть царица разрешит брату быть царем!» Пронзительный голос отрока, повторявшего одну и ту же фразу, покрывал голоса толпы.
Расчетливо выждав момент, Борис вышел наконец из кельи и великодушно объявил толпе о своем согласии принять корону. Не теряя времени, патриарх повел правителя в ближайший монастырский собор и нарек его на царство.
30 апреля 1598 года Годунов окончательно вернулся в столицу. За Неглинной его ждали духовенство и народ. Борис выслушал службу в Успенском соборе, затем прошел в царские палаты и там сел «на царском своем престоле».
Переезд Годунова в царские апартаменты положил конец разногласиям в стане оппозиции. Бояре начали понимать, что им не удастся остановить Годунова, если они не примут немедленных мер. Выступление боярской оппозиции возглавил Богдан Бельский. Знаменитый временщик Грозного обладал огромным опытом по части политических интриг, и ему удалось добиться бесспорного успеха. Как доносили из России литовские разведчики, в апреле «некоторые князья и думные бояре, особенно же князь Бельский во главе их и Федор Никитич со своим братом и немало других, однако не все, стали советоваться между собой, не желая признать Годунова великим князем, а хотели выбрать некоего Симеона». Как видно, Бельскому удалось примирить претендентов на трон и уговорить их действовать сообща.