Аптекарский приказ занимался охраной здоровья царя, членов его семьи, а также, по его благоволению, и вельмож. Для того имелись аптека, иноземные лекари и ученики из русских. Во второй половине столетия приказ сыграл немалую роль в налаживании военно-медицинской службы.
Царская мастерская палата и Царицына мастерская палата (или Постельный приказ) имели штат мастеров и мастериц, которые шили платье и белье для царской семьи.
Внешнеполитические функции были прерогативой Посольского приказа. Он ведал сношениями с иностранными государствами, отправлял туда посольства, принимал иностранные посольства, вел дела с иностранными купцами, в том числе и судебные. Он же собирал со всей страны налоги на выкуп пленных: полоняничные деньги. Ему подчинялись донские казаки, служилые татары, перешедшие на русскую службу после присоединения Поволжья, Приуралья и Сибири и получившие поместные владения в центре Европейской России (например, в районе городов Романова-Борисоглебска, Касимова и Елатьмы, которые и подчинялись Посольскому приказу). Поскольку в приказе хранились большая и малая государственные печати, которыми заверялись грамоты к иностранным государям и акты по внутреннему управлению, его служители собирали печатные пошлины. Впрочем, иногда эти функции исполнял Печатный приказ.
Посольскому приказу подчинялись учреждения, которые власти создавали для управления присоединенными к России землями, приказы Малороссийский, Великия России, княжества Смоленского.
Обороной государства, а это тоже функция внешнеполитического характера, занималась группа военных приказов, одновременно имевших и некоторые внутриполитические функции. Разрядный приказ, главный из них, руководил военными операциями. Другие приказы — Стрелецкий, Пушкарский, Иноземский, Рейтарский и Казачий — ведали специальными родами войск. Одновременно исполняли другие функции: Стрелецкий приказ, например, распределял один из главных налогов — стрелецкий хлеб и стрелецкие деньги — на содержание стрелецкого войска; собирали его четвертные приказы (исключая 1672–1683 годы, когда это делал сам Стрелецкий приказ). Он же участвовал, вместе с Земским приказом, в организации полицейской службы в Москве (охрана порядка и спокойствия, подавление «мятежей» и др.).
Пушкарский приказ ведал производством артиллерии, пороха, имел в своем подчинении Пушечный двор, мастеров литейного и зелейного (порохового) дела, пушкарей и затинщиков (они обслуживали затинные пищали, расположенные на крепостных стенах, за тынами), кузнецов и плотников. В Оружейной палате изготовляли ручное огнестрельное, холодное оружие.
Как видим, единства в распределении дел между приказами не существовало. Вся эта громоздкая махина с трудом поддавалась контролю верховной власти. Выход она искала в организации приказов, поставленных над всеми другими приказами: Счетного, Тайного, Челобитенного; в передаче управления рядом приказов (например, Посольского и соединенными с ним учреждениями и т. д.) в руки одного начальника, обычно боярина.
Во главе приказов стояли судьи («начальные люди») из числа думных, московских чинов и дьяков. Кроме того, служили в них рядовые дьяки, подьячие, приставы (исполнявшие полицейские обязанности), сторожа. Наиболее важные приказы — Посольский, Разряд, Поместный — обычно возглавляли думные дьяки, Лишь в последней трети столетия во главе внешнеполитического ведомства назначали бояр: А. Л. Ордина-Нащокина, А. С. Матвеева, князя В. В. Голицына.
Как правило, боярин или окольничий стояли во главе более крупных и важных приказов; в других сидели судьями думные дворяне или лица из недумных чинов — стольники, дворяне московские. Финансовыми приказами ведали дьяки.
При рассмотрении дел в приказах бесспорные решались единолично судьей или дьяком. По спорным делам проводили обсуждение и выносили коллективное решение судей и дьяков. По наиболее запутанным, важным вопросам обращались к царю и Боярской думе, которые выносили окончательный вердикт.
Судьями s приказах сидели, как уже говорилось, выходцы из класса феодалов, бояр и дворян московского чина. В дьяки, помимо детей московских и провинциальных дворян, принимали отпрысков лиц духовного звания и купеческого сословия. Некоторые выходцы из торговых людей дослуживались до высокого положения в приказной иерархии: Назарий и Аникей Чистые, Аверкий Кириллов, Кузьма Борин, служившие в Приказе Большого дворца; Григорий Панкратьев, Алмаз Иванов и другие — по ведомству Казенного двора, Посольского приказа.