От купеческого прошлого здесь теперь немногое осталось. Хотя вокруг церкви еще попадаются захоронения даже первой половины XIX века. Так, например, у южной стены на одном вросшем в землю саркофаге написано: Под сим камнем погребено тело Московского Купецкого сына Петра Ивановича Кирильцова скончавшегося 1837 года в 12 часу пополудни июня 16-го. Жития его было 22 года 10 месяцев и 8 дней. Но прежних просторных родовых купеческих участков на Даниловском уже нет. А когда-то здесь был похоронен цвет московского купечества. Не найти теперь на кладбище могил известных московских купцов Солодовниковых, Голофтеевых, Лепешкиных, иждивением которых на кладбище в 1832 году была построена каменная церковь Сошествия Святого Духа по проекту известного архитектора Ф. М. Шестакова.
Но самым, пожалуй, знаменитым купеческим захоронением на Даниловском кладбище, а может быть, и во всей Москве, был участок Третьяковых, — самих братьев Павла Михайловича и Сергея Михайловича — основателей лучшей в мире галереи, и их родителей. А. Т. Саладин дает описание надгробий обоих братьев: «На могиле Сергея Михайловича — черный мраморный, довольно высокий, но совершенно простой, памятник с надписью: Сергей Михайлович ТРЕТЬЯКОВ родился 19 января 1834 г. скончался 25 июля 1892 г. Памятник Павлу Михайловичу в нескольких шагах подальше, под защитной проволочной решеткой, он почти такой же, но в несколько более изысканной обработке. Надпись: Павел Михайлович ТРЕТЬЯКОВ 15 дек. 1832 г. ум. 4 дек. 1898 г.»
Но теперь их могил на Даниловском кладбище не найти. 10 января 1948 года останки обоих братьев, а также жены Павла Михайловича — Веры Николаевны — были перенесены на Новодевичье.
Формально это перезахоронение было произведено по инициативе Комитета по делам Искусств при Совете Министров СССР, — так раньше именовалось министерство культуры. Председатель Комитета тов. М. Б. Храпченко направил управляющему трестом похоронных бюро при Моссовете письмо, в котором между прочим говорилось, почему необходимо перенести останки Третьяковых на другое кладбище: «…Несмотря на договор, заключенный администрацией Галереи об охране этих могил и их художественных надгробий, исполненных художником В. М. Васнецовым, могилы эти приходят в крайний упадок…Учитывая ходатайство Дирекции Государственной Третьяковской Галереи, а также просьбу ближайших родственников основателей Галереи, Комитет по делам Искусств при Совете Министров СССР с своей стороны ходатайствует о перенесении останков Павла Михайловича, Веры Николаевны и Сергея Михайловича Третьяковых, а также их художественных надгробий с кладбища Даниловского монастыря на кладбище Новодевичьего монастыря, где захоронены виднейшие деятели русской культуры и искусства».
Председателю комискусства вовсе не обязательно было знать, что кладбище Даниловского монастыря и Даниловское кладбище это отнюдь не одно и то же. Их до сих пор путают. Хотя первого не существует уже почти восемьдесят лет. Но странная все-таки причина перенести захоронения: потому, что, де, на прежнем месте «могилы приходят в крайний упадок». Если за могилами следить и ухаживать, они никогда не придут в упадок, где бы они ни находились. Если же могилы забросить, не интересоваться ими, то упадок их ждет, будь они хоть у самой Кремлевской стены. Дело не в месте их нахождения, а в отношении к ним. Урна с прахом Маяковского стояла в лучшем в то время колумбарии страны — на Донском кладбище. И прийти в упадок уж никак не могла. И все равно Маяковского перенесли на Новодевичье.
Причина всех этих перезахоронений была, конечно, совсем иная — и, судя хотя бы по письму тов. Храпченко, заявлять о ней открыто власти почему-то избегали: это была какая-то удивительная политика собирания по всей Москве останков, имеющих с точки зрения коммунистических верхов положительную идейную или политическую ценность, и концентрация их в главном советском пантеоне — на Новодевичьем кладбище. Причем перезахоронения делались не только с кладбищ подлежащих ликвидации, но вообще отовсюду, кроме, может быть, Ваганьковского — традиционно второго по значению некрополя. И, разумеется, такие перезахоронения не могли быть в компетенции председателя комискусства. Распоряжения на этот счет, несомненно, исходили от какого-то не в пример более высокого начальства.