Дело дошло до царя. Александр II поручил расследование этого вопроса попечителю Петербургского учебного округа И. Д. Делянову.
12 марта 1863 г. А. М. Бутлеров писал в докладной записке Делянову: «В разладах физико-математического факультета с медицинским кроется не случайный спор, возникший по поводу горячности одних и желания других провести вперед покровительствуемого во что бы то ни стало. Корень несогласия лежит глубже; дело идет о первенстве того или другого из двух принципов: принципа личного произвола, взаимной угодливости, стремления окружить себя людьми, сочувствующими защищаемым началам, и другого принципа — принципа правды и соблюдения пользы университета прежде всего» (подчеркнуто Бутлеровым, — Н. Б. и Г. К.), и далее: «... большая часть (профессоров,— Н. Б. и Г. К.) предпочитает, пока не совсем прошла молодость, пока живо чувствуется темная сторона всякой аккомодации с совестью и не дожилось до апатии, бежать из университета — дорогого и родного некоторым, но которому нельзя помочь. Вот почему многим не было здесь места при обстановке, подобной теперешней, и большей части из нас приходится также, обождав несколько для сохранения приличия, понемногу, поодиночке расстаться с университетом» (III, 6, стр. 104—105).
В 1869 г. А. М. Бутлеров покинул Казанский университет и перебрался в Петербург. С его уходом обстановка в университете еще более осложнилась. Враждебность и конкуренция между группировками разгорелись с новой силой. Следом за Бутлеровым из Казани уехал А. О. Ковалевский (перевелся в Киевский университет).
В начале 1870 г. была организована травля и обструкция П. Ф. Лесгафта. Поводом послужили созданные им женские акушерские курсы, которые проводили свои занятия в стенах университета, а некоторые слушательницы допускались к работе на кафедре анатомии. В период реакции конца 60-х годов женщины были изгнаны из университетов России, куда они пытались проникнуть во время общественного подъема в начале десятилетия. Присутствие женщин на занятиях и на кафедре П. Ф. Лесгафта было расценено как преступление «против законов и нравственности». В результате Лесгафт был уволен из Казанского университета без права преподавания в высших учебных заведениях России.
История увольнения П. Ф. Лесгафта ярко характеризует всю тяжесть обстановки, создавшейся в Казанском университете.
П. Ф. Лесгафт позже писал, что в университете нарушался принцип гласности, протесты профессоров отвергались начальством, мнения игнорировались, поддерживались незаконные действия. Все это вызвало бегство из университета передовых профессоров.
Эти события совпали с подготовкой и защитой М. Н. Богдановым магистерской диссертации и началом его педагогической деятельности.
Уход из университета Бутлерова, Лесгафта, Ковалевского сильно затруднил положение и деятельность оставшихся. Но и в этих условиях Вагнер и Богданов много делали для развития научных исследований, плодотворной работы общества естествоиспытателей, улучшения преподавания. С осени 1870 г. Модест Николаевич начал читать курс зоологии позвоночных животных на естественном отделении физико-математического факультета. Лекции его с самого начала вызвали большой интерес у слушателей и получили высокую оценку членов факультета. Уже в октябре 1870 г. совет университета специальным постановлением признал курс, читаемый Богдановым, обязательным для посещения наравне с курсами штатных профессоров, хотя он был лишь приват-доцентом.[5 Приват-доценты в дореволюционной России — внештатные преподаватели высших учебных заведений, читавшие курсы лекций по специальным предметам.]
В архиве Казанского университета сохранилась подробная программа этого лекционного курса.[6 ЦГИА Тат. АССР, ф. 977, оп. ф.-м. ф-та, д. 510, лл. 16—17.] Интересно отметить ее своеобразное построение. Большинство зоологических курсов того времени представляли собою систематические обзоры групп животных с более или менее подробной анатомо-морфологической характеристикой и краткими сведениями о распространении и образе жизни. Богданов строил свой курс по другому плану.
Систематический обзор позвоночных занимал лишь половину курса. В характеристике каждого класса большое место уделялось биологии, географическому распространению, роли животных в природе. Стремление Богданова связать изложение материала с практикой человеческой деятельности заставило его обратить особое внимание на значение отдельных классов позвоночных в жизни человека. При этом он рассматривал такие отрасли хозяйственной деятельности, как искусственное рыборазведение, акклиматизация промысловых животных, скотоводство и птицеводство. Таким образом, слушатель получал представление о классе как о естественной группе организмов, занимающих строго определенное место в экономике природы. Этот дополнительно введенный Богдановым материал значительно расширял рамки обычного зоологического курса, делал его глубже и интереснее.