И казанское студенчество очень скоро на деле начало проявлять свою активность. Прежде всего это выразилось в том, что студенты стали критически относиться к характеру университетской науки.
Преподавание на естественных факультетах Казанского университета — медицинском и физико-математическом — не отличалось высоким качеством. Лекционные курсы читались из года в год по однажды составленным запискам и не могли удовлетворить запросы слушателей. Характерно в этом отношении описание манеры преподавания одного из виднейших профессоров университета, первого учителя зоологии молодого Богданова — Э. А. Эверсманна.[3 Э. А. Эверсманн (1794—1860) — один из крупнейших русских зоологов XIX столетия, фаунист и систематик, исследователь животного мира Заволжья, Южного Урала и Средней Азии. Оставил после себя многочисленные коллекции (частично вывезенные за границу, особенно в Берлин) и научные труды, главнейший из которых— «Естественная история Оренбургского края» (в 6 томах).] «Как профессор — преподаватель Эверсманн, судя по всему, мало удолетворял свою аудиторию... При чтении он строго придерживался известных немецких учебников Вигмана, Руте, Блюменбаха. Книгу последнего он, сидя на кафедре, держал перед собой и, водя пальцем, переводил с немецкого на русский язык, делая только местами добавочные примечания и вставки от себя...» (из воспоминаний об Эверсманне его ученика М. Н. Мельникова: III, 8, стр. 63).
Начало движения за обновление преподавания положили студенты медицинского факультета. В то время как на западе экспериментальная физиология уже получила значительное развитие и вызвала всеобщий интерес, профессор физиологии Казанского университета В. Ф. Верви с университетской кафедры объявил «крестовый поход» против материализма в науке. Он заявил на лекциях и в печати, что «это для общего блага страшное направление умов вменяет в обязанность каждому содействовать по силе возможности отражению идей материализма» и заставляет его, Верви, «присоединяться к подвижникам, признающим в жизни высшее назначение, нежели одну заботу о телесном бытии» (III, 3, стр. 5).
Заявление Верви вызвало взрыв негодования. в среде студенчества. Студенты написали Берви письмо, в котором просили его, ввиду преклонного возраста и научной отсталости, оставить преподавание и удалиться на покой. Под письмом подписалось 70 человек.
Дело получило широкую огласку. В защиту студентов выступил Добролюбов, писавший, что средневековые теории Берви делают его смешным в глазах всякого образованного человека.
Берви вынужден был покинуть университет и уйти в отставку. С осени 1858 г. его сменил молодой зоолог В. Ф. Овсянников, будущий академик и создатель первой в России крупной школы гистологов. Очень деятельный и энергичный, прекрасный педагог, он быстро завоевал любовь студентов и поставил преподавание физиологии на научную почву. Удаление Берви было первым успехом казанских студентов в борьбе за обновление университетского преподавания.
Хотя мы не имеем прямых свидетельств того, что Модест Богданов принимал активное участие в студенческом движении, однако несомненно, что общая атмосфера университетской жизни тех лет во многом способствовала выработке таких черт его характера, как прямота, принципиальность, независимость суждений и стойкость в защите своих убеждений.
Модест Богданов проучился на медицинском факультете Казанского университета два года. За это время он не проявил особого тяготения к медицине. Наоборот, работа над коллекциями зоологического кабинета под руководством Э. А. Эверсманна и знакомство с его трудами укрепили стремление к изучению зоологии. Он начал собирать материал по фауне Поволжья.
Плодотворному учению мешало плохое состояние здоровья. Тяжелый сердечный недуг — эндокардит, — развившийся в юношеские годы, часто заставлял прерывать занятия, приковывая к постели. Модест был вынужден остаться на второй год на первом курсе, а затем и вовсе покинуть университет. Вернулся он сюда осенью 1860 г., но уже не на медицинский, а на физико-математический факультет, решив окончательно посвятить себя изучению зоологии.
Он не застал уже профессора Эверсманна, который умер весной 1860 г. Его сменил на кафедре Н. П. Вагнер, молодой ученый, сын одного из профессоров и воспитанник Казанского университета. Ученик Эверсманна, Вагнер в научном отношении, однако, не пошел по стопам своего учителя. Большое влияние на его научные взгляды оказало длительное пребывание за границей и работа в лаборатории Лейкарта в Гессене.