За три года работы А. Ф. Кононкова заместителем декана физфака увеличился состав студентов других народов СССР. Этого ему не простили представители т.н. "ущемлённой национальности". В 1949 году, когда А. Ф. Кононков подготовил диссертацию, Цейтлин и его команда предприняли все меры, чтобы не допустить её к защите на физфаке МГУ. Тогда в 1950 году диссертация А. Ф. Кононкова была принята к защите в Институте физики моря АН СССР. Уже был разослан автореферат, но Цейтлин и его "сподвижники", используя грязные приёмы, добились снятия защиты. Спустя несколько лет, дополненная новыми исследованиями, диссертация была представлена к защите в Институт истории науки и техники АН СССР, где в составе совета преобладали лица еврейской национальности. В итоге 13 проголосовали "за" присуждение учёной степени кандидата физико-математических наук и 13 "против" и т.о. было принято отрицательное решение.
В 1955 году издательством МГУ была опубликована книга А. Ф. Кононкова "История физики в Московском университете с его основания до 60-х годов XX века" объёмом 15 печатных листов, которая была представлена в качестве диссертации.
В связи с результатами предыдущих защит партком МГУ обратился в отдел науки ЦК КПСС с просьбой дать указание ВАКу создать для рассмотрения диссертации А. Ф. Кононкова по истории физики специальный совет из докторов, профессоров, специалистов по истории естественных наук, независимо от ведомственной принадлежности для разовой защиты. Такой совет был создан и А. Ф. Кононкову единогласно была присуждена учёная степень кандидата физико-математических наук. Но, к сожалению, трудностей пришлось пережить больше, чем за три с половиной года участия в Великой Отечественной войне 1941-1945 гг., что подорвало его здоровье и, в конечном итоге, привело к преждевременной смерти. Какие-либо комментарии здесь не требуются.
Более трагичной оказалась судьба второго по старшинству брата Александра, 1913 г. рождения. Вначале его жизнь складывалась очень хорошо, он закончил физико-математический факультет педагогического института и успешно работал в средних школах преподавателем физики, математики, алгебры, геометрии, самых дефицитных специальностей в тот период. Вскоре после начала Великой Отечественной войны он был призван в армию, закончил ускоренные курсы артиллерийского училища и в военных действиях участвовал в Мурманской области в составе элитных войск ― морской пехоты. Последнее письмо пришло с фотографией в полушубке в звании капитана.
В воинских подразделениях проводились политинформации, но в какой-то период комиссара в части не оказалось, и брату как человеку с высшим образованием, политически грамотному, поручили провести политинформацию, на тему: "О причинах временных неудач Красной Армии в войне с фашистской Германией". Брат провёл политинформацию, в которой в первую очередь указал на внезапность нападения без объявления войны и т.д., как было в нашей печати. Наряду с этим отметил, с учетом опыта войны как артиллериста, что у нас пушки устанавливались в шахматном порядке в два ряда, в связи с чем радиус обстрела по противнику уменьшался, а эффективность обстрела противника по нашим артиллерийским позициям увеличилась, ну и ряд других моментов, выявленных в ходе войны. Казалось всё прошло нормально. Однако вскоре приехал какой-то военный из особого отдела и стал расспрашивать, как он провел политинформацию. Брат подробно рассказал, как было дело, а математическими расчётами, как ему показалось, убедил "особиста" в правильности своего доклада и тот уехал. Но через некоторое время он получил приказ под конвоем явиться в военную прокуратуру. Поскольку брат не чувствовал никакой вины, то он распорядился создать конвой из одного сержанта и двух солдат и с ними отбыл в прокуратуру.
В военной прокуратуре ему предъявили обвинение в том, что он восхвалял тактику немецкого командования и умалял роль тактики наших военных. Естественно, брат не признавал себя виновным. Однако следствие затянулось, а условия содержания арестованных были такие, что в возрасте 30 лет он имел вес 45 кг. На очередном допросе следователь сказал ему, что он имеет право посадить его в карцер на 2 месяца с выдачей ежедневно 200 граммов хлеба и ограниченным количеством воды, так что никто не доживал до 2-х месячного пребывания в карцере. А если ты признаешь себя виновным, то я закончу следствие и тебя осудят, либо к 10 годам тюрьмы, либо к расстрелу, но на 50% есть шанс остаться живым. После этого брат признал себя виновным и его присудили к высшей мере наказания ― расстрелу. Целый месяц он находился в камере смертников. Вечерами все находившиеся в камере до 3 часов утра не спали, только после 3-х часов утра, когда охранники приходили и забирали очередную партию людей на расстрел, оставшиеся арестанты прямо на полу засыпали или впадали в забытье, так как сил дойти до нар уже не хватало.